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万見
- EMDB-32100: STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF Allochromatiu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32100
タイトルSTRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF Allochromatium tepidum
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Allochromatium tepidum
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 16種
生物種Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Tani K / Kobayashi K / Hosogi N / Ji X-C / Nagashima S / Nagashima KVP / Tsukatani Y / Kanno R / Hall M / Yu L-J ...Tani K / Kobayashi K / Hosogi N / Ji X-C / Nagashima S / Nagashima KVP / Tsukatani Y / Kanno R / Hall M / Yu L-J / Ishikawa I / Okura Y / Madigan MT / Mizoguchi A / Humbel BM / Kimura Y / Wang-Otomo Z-Y
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101116 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H04174 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05153 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05086 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02856 日本
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: A Ca-binding motif underlies the unusual properties of certain photosynthetic bacterial core light-harvesting complexes.
著者: Kazutoshi Tani / Kazumi Kobayashi / Naoki Hosogi / Xuan-Cheng Ji / Sakiko Nagashima / Kenji V P Nagashima / Airi Izumida / Kazuhito Inoue / Yusuke Tsukatani / Ryo Kanno / Malgorzata Hall / ...著者: Kazutoshi Tani / Kazumi Kobayashi / Naoki Hosogi / Xuan-Cheng Ji / Sakiko Nagashima / Kenji V P Nagashima / Airi Izumida / Kazuhito Inoue / Yusuke Tsukatani / Ryo Kanno / Malgorzata Hall / Long-Jiang Yu / Isamu Ishikawa / Yoshihiro Okura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Yukihiro Kimura / Zheng-Yu Wang-Otomo /
要旨: The mildly thermophilic purple phototrophic bacterium Allochromatium tepidum provides a unique model for investigating various intermediate phenotypes observed between those of thermophilic and ...The mildly thermophilic purple phototrophic bacterium Allochromatium tepidum provides a unique model for investigating various intermediate phenotypes observed between those of thermophilic and mesophilic counterparts. The core light-harvesting (LH1) complex from A. tepidum exhibits an absorption maximum at 890 nm and mildly enhanced thermostability, both of which are Ca-dependent. However, it is unknown what structural determinants might contribute to these properties. Here, we present a cryo-EM structure of the reaction center-associated LH1 complex at 2.81 Å resolution, in which we identify multiple pigment-binding α- and β-polypeptides within an LH1 ring. Of the 16 α-polypeptides, we show that six (α1) bind Ca along with β1- or β3-polypeptides to form the Ca-binding sites. This structure differs from that of fully Ca-bound LH1 from Thermochromatium tepidum, enabling determination of the minimum structural requirements for Ca-binding. We also identified three amino acids (Trp44, Asp47, and Ile49) in the C-terminal region of the A. tepidum α1-polypeptide that ligate each Ca ion, forming a Ca-binding WxxDxI motif that is conserved in all Ca-bound LH1 α-polypeptides from other species with reported structures. The partial Ca-bound structure further explains the unusual phenotypic properties observed for this bacterium in terms of its Ca-requirements for thermostability, spectroscopy, and phototrophic growth, and supports the hypothesis that A. tepidum may represent a "transitional" species between mesophilic and thermophilic purple sulfur bacteria. The characteristic arrangement of multiple αβ-polypeptides also suggests a mechanism of molecular recognition in the expression and/or assembly of the LH1 complex that could be regulated through interactions with reaction center subunits.
履歴
登録2021年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2022年6月8日-
現状2022年6月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32100.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32100.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 325.6 Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 325.6 Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 325.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.814 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0134
最小 - 最大-0.05139761 - 0.10136426
平均 (標準偏差)6.802941e-05 (±0.002903585)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 325.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacter...

全体名称: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Allochromatium tepidum
要素
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Allochromatium tepidum
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center L subunit
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center M subunit
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center H subunit
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein LH1 alpha2
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein LH1 beta1
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein LH1 alpha1
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein LH1 beta3
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein LH1 alpha3
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: Ubiquinone-8
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: MENAQUINONE 8
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacter...

超分子名称: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Allochromatium tepidum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)

+
分子 #1: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 43.659016 KDa
配列文字列: MNLGKQLTLP AVAVVASVVL LGCERPPPEV VQKGYRGVAM EQNYNPRLLE ASLKQNLPVE SLPAAAPGGP KVSDVYQNVQ VLKDLSVAE FTRTMVAVTT WVSPKEGCNY CHVPGNWASD DIYTKVVSRR MFEMVRAANS DWKQHVAVNG TGVTCYTCHR G NPVPKYVW ...文字列:
MNLGKQLTLP AVAVVASVVL LGCERPPPEV VQKGYRGVAM EQNYNPRLLE ASLKQNLPVE SLPAAAPGGP KVSDVYQNVQ VLKDLSVAE FTRTMVAVTT WVSPKEGCNY CHVPGNWASD DIYTKVVSRR MFEMVRAANS DWKQHVAVNG TGVTCYTCHR G NPVPKYVW VTDPGPNQPS GVKPTGQNYA SSTVAYAALP FDPYTPFLDQ TNEIRVIGQT ALPAGNTTSL KQAEWTYGLM MQ ISDSLGV NCTFCHNSRA FYDWKQSTPQ RTTAWYAIRH VRDINQNYIW PLNDVLPASR KGPYGDPFKV GCMTCHQGAY RPL YGAQMA KDYPALYASA PAEAEVAAPA EAAPVEDVAA APVEEAAPAE AASAEEAPAA EEVAPAPVEE APAAEAAPVE DAAP APQQL

+
分子 #2: Photosynthetic reaction center L subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center L subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 31.098203 KDa
配列文字列: AMLSFERKYR VRGGTLIGGD LFDFWVGPFY VGFFGVTGFF FALLGVLLIV WGATIGPNAE LQTYNIWQIS IAPPDLSYGL GMAPLTEGG LWQIITICAI GAFVSWALRE VEICRKLGIG FHIPFAFAFA IGAYLVLVVV RPILMGAWGH GFPYGILSHL D WVSNVGYQ ...文字列:
AMLSFERKYR VRGGTLIGGD LFDFWVGPFY VGFFGVTGFF FALLGVLLIV WGATIGPNAE LQTYNIWQIS IAPPDLSYGL GMAPLTEGG LWQIITICAI GAFVSWALRE VEICRKLGIG FHIPFAFAFA IGAYLVLVVV RPILMGAWGH GFPYGILSHL D WVSNVGYQ FLHFHYNPAH MLAITFFFTN CLALSMHGSL ILSVTNPQKG EEVKTSEHEN TFFRDIVGYS IGALAIHRLG LF LALSAVF WSAVCIVISG PFWTRGWPEW WNWWLELPLW

+
分子 #3: Photosynthetic reaction center M subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center M subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 36.292117 KDa
配列文字列: PEYQNIFTAV QVRAPAYPGV PLPKGHLPRI GRPIFSYWLG KIGDAQIGPI YLGFTGTLSI IFGFIAIFII GFNMLASVDW NIIQFVKHF FWLGLEPPAP QYGLSIPPLS EGGWWLMAGF FLTMSIILWW VRTYKRAEAL GMSQHLSWAF AAAIFFYLSL G FIRPVMMG ...文字列:
PEYQNIFTAV QVRAPAYPGV PLPKGHLPRI GRPIFSYWLG KIGDAQIGPI YLGFTGTLSI IFGFIAIFII GFNMLASVDW NIIQFVKHF FWLGLEPPAP QYGLSIPPLS EGGWWLMAGF FLTMSIILWW VRTYKRAEAL GMSQHLSWAF AAAIFFYLSL G FIRPVMMG SWAEAVPFGI FPHLDWTAAF SIRYGNLYYN PFHMLSIAFL YGSALLFAMH GATILAVSRF GGDREIDQIT DR GTAAERA AIFWRWTMGF NASMESIHRW AWWCAVLTVI TAGIGILLTG TVVENWYLWA IKHGVAPAYP EVVTAVDPYA TAT GVTQ

+
分子 #4: Photosynthetic reaction center H subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center H subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 28.19634 KDa
配列文字列: MSAAITEYMD VAQLTIWAFW FFFAGLIIYL RREDKREGYP LDSDRTERSG GRVKVVGFPD LADPKTFVLP HNAGTVMAPR VEAPTSINA TPVAPFPGAP FEPNGDPMLS GFGPAASPDR AKHCDLTFEG LPKIVPMRVA TDFSIADKDP DPRGMTVVGL D GEVAGTIS ...文字列:
MSAAITEYMD VAQLTIWAFW FFFAGLIIYL RREDKREGYP LDSDRTERSG GRVKVVGFPD LADPKTFVLP HNAGTVMAPR VEAPTSINA TPVAPFPGAP FEPNGDPMLS GFGPAASPDR AKHCDLTFEG LPKIVPMRVA TDFSIADKDP DPRGMTVVGL D GEVAGTIS DIWVDRSEPQ IRYLEVDVSA TKKKVLLPIG FSRFDKKAGK VKVAAIKAAH FANVPALSKP DQITLYEEDK VC AYYAGGK LYATAERAGP LL

+
分子 #5: Light-harvesting protein LH1 alpha2

分子名称: Light-harvesting protein LH1 alpha2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.136131 KDa
配列文字列:
(FME)HKIWQIFDP RRTLVALFGF LFVLGLLIHF ILLSSPAFNW LSGS

+
分子 #6: Light-harvesting protein LH1 beta1

分子名称: Light-harvesting protein LH1 beta1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.269103 KDa
配列文字列:
MANSSMTGLT EQEAQEFHGI FVQSMTAFFG IVVIAHILAW LWRPWL

+
分子 #7: Light-harvesting protein LH1 alpha1

分子名称: Light-harvesting protein LH1 alpha1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 7.330739 KDa
配列文字列:
(FME)SPDLWKIWL LIDPRRVLIA VFAFLTILGL AIHMILLSTT EFNWLEDGIP AAKVQQVTPV VPQR

+
分子 #8: Light-harvesting protein LH1 beta3

分子名称: Light-harvesting protein LH1 beta3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.504446 KDa
配列文字列:
MADQKSMTGL TEDEAKEFHG IFTQSMTMFF GIVIIAHILA WLWRPWL

+
分子 #9: Light-harvesting protein LH1 alpha3

分子名称: Light-harvesting protein LH1 alpha3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 7.323753 KDa
配列文字列:
MMPQQLYKIW LAFDPRMALI GLGAFLFALA LFIHYMLLSS PGFDWLLGPD HAPVALSAGM SALPAGR

+
分子 #10: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #13: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #14: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 12 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #15: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 36 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #16: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #17: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 3 / 式: UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8 / ユビキノン8

+
分子 #18: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 8 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #19: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #20: MENAQUINONE 8

分子名称: MENAQUINONE 8 / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: MQ8
分子量理論値: 717.116 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

+
分子 #21: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 17 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

+
分子 #22: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 18 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #23: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #24: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE

分子名称: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: LDA
分子量理論値: 229.402 Da
Chemical component information

ChemComp-LDA:
LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / LDAO, 可溶化剤*YM

+
分子 #25: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 48 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細This sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 309706
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 156992
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 158474 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5y5s

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 62 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7vrj:
STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF Allochromatium tepidum

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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