[日本語] English
![](img/lk-miru.gif)
- EMDB-31968: Cryo-EM structure of Ultraviolet-B activated UVR8 in complex with COP1 -
+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Ultraviolet-B activated UVR8 in complex with COP1 | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | COP1 / UVR8 / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() anthocyanin-containing compound metabolic process / shade avoidance / positive regulation of flavonoid biosynthetic process / skotomorphogenesis / photoperiodism, flowering / red, far-red light phototransduction / photomorphogenesis / regulation of stomatal movement / nuclear ubiquitin ligase complex / entrainment of circadian clock ...anthocyanin-containing compound metabolic process / shade avoidance / positive regulation of flavonoid biosynthetic process / skotomorphogenesis / photoperiodism, flowering / red, far-red light phototransduction / photomorphogenesis / regulation of stomatal movement / nuclear ubiquitin ligase complex / entrainment of circadian clock / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear body / protein ubiquitination / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Wang YD / Wang LX | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into UV-B-activated UVR8 bound to COP1. 著者: Yidong Wang / Lixia Wang / Zeyuan Guan / Hongfei Chang / Ling Ma / Cuicui Shen / Liang Qiu / Junjie Yan / Delin Zhang / Jian Li / Xing Wang Deng / Ping Yin / ![]() 要旨: The CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1-SUPPRESSOR OF PHYA-105 (COP1-SPA) complex is a central repressor of photomorphogenesis. This complex acts as an E3 ubiquitin ligase downstream of various light ...The CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1-SUPPRESSOR OF PHYA-105 (COP1-SPA) complex is a central repressor of photomorphogenesis. This complex acts as an E3 ubiquitin ligase downstream of various light signaling transduced from multiple photoreceptors in plants. How the COP1-SPA activity is regulated by divergent light-signaling pathways remains largely elusive. Here, we reproduced the regulation pathway of COP1-SPA in ultraviolet-B (UV-B) signaling in vitro and determined the cryo-electron microscopy structure of UV-B receptor UVR8 in complex with COP1. The complex formation is mediated by two-interface interactions between UV-B-activated UVR8 and COP1. Both interfaces are essential for the competitive binding of UVR8 against the signaling hub component HY5 to the COP1-SPA complex. We also show that RUP2 dissociates UVR8 from the COP1-SPA4-UVR8 complex and facilitates its redimerization. Our results support a UV-B signaling model that the COP1-SPA activity is repressed by UV-B-activated UVR8 and derepressed by RUP2, owing to competitive binding, and provide a framework for studying the regulatory roles of distinct photoreceptors on photomorphogenesis. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 79 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 79.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 468 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vggMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.827 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : UVR8-COP1 complex
全体 | 名称: UVR8-COP1 complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: UVR8-COP1 complex
超分子 | 名称: UVR8-COP1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #2: COP1
超分子 | 名称: COP1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: UVR8
超分子 | 名称: UVR8 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|
-分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase COP1
分子 | 名称: E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 79.731203 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM EEISTDPVVP AVKPDPRTSS VGEGANRHEN DDGGSGGSEI GAPDLDKDLL CPICMQIIK DAFLTACGHS FCYMCIITHL RNKSDCPCCS QHLTNNQLYP NFLLDKLLKK TSARHVSKTA SPLDQFREAL Q RGCDVSIK ...文字列: MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM EEISTDPVVP AVKPDPRTSS VGEGANRHEN DDGGSGGSEI GAPDLDKDLL CPICMQIIK DAFLTACGHS FCYMCIITHL RNKSDCPCCS QHLTNNQLYP NFLLDKLLKK TSARHVSKTA SPLDQFREAL Q RGCDVSIK EVDNLLTLLA ERKRKMEQEE AERNMQILLD FLHCLRKQKV DELNEVQTDL QYIKEDINAV ERHRIDLYRA RD RYSVKLR MLGDDPSTRN AWPHEKNQIG FNSNSLSIRG GNFVGNYQNK KVEGKAQGSS HGLPKKDALS GSDSQSLNQS TVS MARKKR IHAQFNDLQE CYLQKRRQLA DQPNSKQEND KSVVRREGYS NGLADFQSVL TTFTRYSRLR VIAEIRHGDI FHSA NIVSS IEFDRDDELF ATAGVSRCIK VFDFSSVVNE PADMQCPIVE MSTRSKLSCL SWNKHEKNHI ASSDYEGIVT VWDVT TRQS LMEYEEHEKR AWSVDFSRTE PSMLVSGSDD CKVKVWCTRQ EASVINIDMK ANICCVKYNP GSSNYIAVGS ADHHIH YYD LRNISQPLHV FSGHKKAVSY VKFLSNNELA SASTDSTLRL WDVKDNLPVR TFRGHTNEKN FVGLTVNSEY LACGSET NE VYVYHKEITR PVTSHRFGSP DMDDAEEEAG SYFISAVCWK SDSPTMLTAN SQGTIKVLVL AA UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase COP1 |
-分子 #2: Ultraviolet-B receptor UVR8
分子 | 名称: Ultraviolet-B receptor UVR8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 50.226488 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH SDEVDAHMMA EDMAADEVTA PPRKVLIISA GASHSVALLS GDIVCSWGRG EDGQLGHGDA EDRPSPTQL SALDGHQIVS VTCGADHTVA YSQSGMEVYS WGWGDFGRLG HGNSSDLFTP LPIKALHGIR IKQIACGDSH C LAVTMEGE ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH SDEVDAHMMA EDMAADEVTA PPRKVLIISA GASHSVALLS GDIVCSWGRG EDGQLGHGDA EDRPSPTQL SALDGHQIVS VTCGADHTVA YSQSGMEVYS WGWGDFGRLG HGNSSDLFTP LPIKALHGIR IKQIACGDSH C LAVTMEGE VQSWGRNQNG QLGLGDTEDS LVPQKIQAFE GIRIKMVAAG AEHTAAVTED GDLYGWGWGR YGNLGLGDRT DR LVPERVT STGGEKMSMV ACGWRHTISV SYSGALYTYG WSKYGQLGHG DLEDHLIPHK LEALSNSFIS QISGGWRHTM ALT SDGKLY GWGWNKFGQV GVGNNLDQCS PVQVRFPDDQ KVVQVSCGWR HTLAVTERNN VFAWGRGTNG QLGIGESVDR NFPK IIEAL SVDGASGQHI ESSNIDPSSG KSWVSPAERY AVVPDETGLT DGSSKGNGGD ISVPQTDVKR VRI UniProtKB: Ultraviolet-B receptor UVR8 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.55 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 170284 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |