+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31945 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Phycocyanin rod structure of cyanobacterial phycobilisome | ||||||||||||
マップデータ | postprocess_masked.mrc | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus vulcanus NIES-2134 (バクテリア) / Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kawakami K / Hamaguchi T / Hirose Y / Kosumi D / Miyata M / Kamiya N / Yonekura K | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Core and rod structures of a thermophilic cyanobacterial light-harvesting phycobilisome. 著者: Keisuke Kawakami / Tasuku Hamaguchi / Yuu Hirose / Daisuke Kosumi / Makoto Miyata / Nobuo Kamiya / Koji Yonekura / 要旨: Cyanobacteria, glaucophytes, and rhodophytes utilize giant, light-harvesting phycobilisomes (PBSs) for capturing solar energy and conveying it to photosynthetic reaction centers. PBSs are ...Cyanobacteria, glaucophytes, and rhodophytes utilize giant, light-harvesting phycobilisomes (PBSs) for capturing solar energy and conveying it to photosynthetic reaction centers. PBSs are compositionally and structurally diverse, and exceedingly complex, all of which pose a challenge for a comprehensive understanding of their function. To date, three detailed architectures of PBSs by cryo-electron microscopy (cryo-EM) have been described: a hemiellipsoidal type, a block-type from rhodophytes, and a cyanobacterial hemidiscoidal-type. Here, we report cryo-EM structures of a pentacylindrical allophycocyanin core and phycocyanin-containing rod of a thermophilic cyanobacterial hemidiscoidal PBS. The structures define the spatial arrangement of protein subunits and chromophores, crucial for deciphering the energy transfer mechanism. They reveal how the pentacylindrical core is formed, identify key interactions between linker proteins and the bilin chromophores, and indicate pathways for unidirectional energy transfer. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31945.map.gz | 1.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-31945-v30.xml emd-31945.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31945_fsc.xml | 5.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31945.png | 65.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31945 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31945_validation.pdf.gz | 381.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_31945_full_validation.pdf.gz | 380.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31945_validation.xml.gz | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31945_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31945 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vebMC 7veaC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | postprocess_masked.mrc | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome
全体 | 名称: Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome
超分子 | 名称: Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus vulcanus NIES-2134 (バクテリア) |
-分子 #1: C-phycocyanin alpha subunit
分子 | 名称: C-phycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 |
分子量 | 理論値: 17.456631 KDa |
配列 | 文字列: MKTPITEAIA AADTQGRFLS NTELQAVDGR FKRAVASMEA ARALTNNAQS LIDGAAQAVY QKFPYTTTMQ GSQYASTPEG KAKCARDIG YYLRMVTYCL VAGGTGPMDE YLIAGLSEIN STFDLSPSWY IEALKYIKAN HGLTGQAAVE ANAYIDYAIN A LS |
-分子 #2: C-phycocyanin beta subunit
分子 | 名称: C-phycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 |
分子量 | 理論値: 18.216652 KDa |
配列 | 文字列: MLDAFAKVVA QADARGEFLT NAQFDALSNL VKEGNKRLDA VNRITSNAST IVANAARALF AEQPQLIQPG G(MEN)AYTN RRM AACLRDMEII LRYVTYAILA GDSSVLDDRC LNGLRETYQA LGTPGSSVAV AIQKMKDAAI AIANDPNGIT PGDCSAL MS EIAGYFDRAA AAVA |
-分子 #3: Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
分子 | 名称: Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 |
分子量 | 理論値: 8.681903 KDa |
配列 | 文字列: MFGQTASGSA ALSPSGARVF RYEVVGLRQN EETDRMEFPI RRSGSTFITV PYNRMNEEMQ RITRMGGKIV SITPVVAS |
-分子 #4: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
分子 | 名称: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 |
分子量 | 理論値: 32.158914 KDa |
配列 | 文字列: MAITAAASRL GTSAFSDAPP VELRANWSEE DLETVIRAVY RQVLGNDYVM ASERLVSAES LLRNGKITVR EFVRAVAKSE LYKEKFLYG NFQTRVIELN YKHLLGRAPY DESEVIFHLD LYENEGFDAD IDSYIDSPEY TNSFGDWVVP YYRGFNTQPG Q KTVGFNRI ...文字列: MAITAAASRL GTSAFSDAPP VELRANWSEE DLETVIRAVY RQVLGNDYVM ASERLVSAES LLRNGKITVR EFVRAVAKSE LYKEKFLYG NFQTRVIELN YKHLLGRAPY DESEVIFHLD LYENEGFDAD IDSYIDSPEY TNSFGDWVVP YYRGFNTQPG Q KTVGFNRI FRLYRGYANS DRAQAEGSMS RLARDLATNR ANTVVPPSNS DTAFAYYTPS ADVPPRACLG GSFGESGRVY RI EVAGIRQ PGYPGVRRSS TAFLVPYEQL SAKMQQLQRT GARIISVNPA |
-分子 #5: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2
分子 | 名称: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 |
分子量 | 理論値: 28.817357 KDa |
配列 | 文字列: MTIPLLSYAP SSQNQRVAGY EVPNEETPWR YSLEDAVDQS DIDELIWAAY RQVFSEHVVL KSTRQPHLES QLANRAISVR DFIRGLAKS ETFRRLVVET NSNYRLVEIA LKRLLGRAPY NKQEELAWSI RIATDGWQKF VDTLVDSDEY TQNFGDNTVP Y QRRRYKDR ...文字列: MTIPLLSYAP SSQNQRVAGY EVPNEETPWR YSLEDAVDQS DIDELIWAAY RQVFSEHVVL KSTRQPHLES QLANRAISVR DFIRGLAKS ETFRRLVVET NSNYRLVEIA LKRLLGRAPY NKQEELAWSI RIATDGWQKF VDTLVDSDEY TQNFGDNTVP Y QRRRYKDR PFNLVTPRYS DYWRDKLENS RYKWGDIRNF LEMARSVKVT PVQFKPVSTA NVQIPDTTRR DRPTVPASIN PT ASFPLR |
-分子 #6: PHYCOCYANOBILIN
分子 | 名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 36 / 式: CYC |
---|---|
分子量 | 理論値: 588.694 Da |
Chemical component information | ChemComp-CYC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 150.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |