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- EMDB-31885: Tom core complex with Tom20 and Tom22 subunits. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31885
タイトルTom core complex with Tom20 and Tom22 subunits.
マップデータ
試料
  • 複合体: Tox complex
    • タンパク質・ペプチド: Translocase of the Outer Membrane
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: UNDECANE
キーワードTom complex / Tom20 / Cryo-EM / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / positive regulation of type 2 mitophagy / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity ...TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / positive regulation of type 2 mitophagy / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / regulation of protein stability / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import receptor subunit TOM5, metazoa / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homologue / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Liu DS / Sui SF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tom core complex with Tom20 and Tom22 subunits.
著者: Liu DS / Sui SF
履歴
登録2021年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31885.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31885.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 269.856 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 269.856 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 269.856 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8433 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.302
最小 - 最大-0.3727763 - 1.1065001
平均 (標準偏差)0.000063027976 (±0.033451386)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 269.856 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tox complex

全体名称: Tox complex
要素
  • 複合体: Tox complex
    • タンパク質・ペプチド: Translocase of the Outer Membrane
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: UNDECANE

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超分子 #1: Tox complex

超分子名称: Tox complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Translocase of the Outer Membrane

分子名称: Translocase of the Outer Membrane / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.999117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL ...文字列:
MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL GPGLRSKMAI QTQQSKFVNW QVDGEYRGSD FTAAVTLGNP DVLVGSGILV AHYLQSITPC LALGGELVYH RR PGEEGTV MSLAGKYTLN NWLATVTLGQ AGMHATYYHK ASDQLQVGVE FEASTRMQDT SVSFGYQLDL PKANLLFKGS VDS NWIVGA TLEKKLPPLP LTLALGAFLN HRKNKFQCGF GLTIGMVGRN SAIAAGVCGA LFIGYCIYFD RKRRSDPNFK NRLR ERRKK QKLAKERAGL SKLPDLKDAE AVQKFFLEEI QLGEELLAQG EYEKGVDHLT NAIAVCGQPQ QLLQVLQQTL PPPVF QMLL TKLPTISQRI VSAQSLAEDD VEMAAAVAAA GAGEPQSPDE LLPKGDAEKP EEELEEDDDE ELDETLSERL WGLTEM FPE RVRSAAGATF DLSLFVAQKM YRFSRAALWI GTTSFMILVL PVVFETEKLQ MEQQQQLQQR QILLGPNTGL SGGMPGA LP SLPGKIMFRI EGLAPKLDPE EMKRKMREDV ISSIRNFLIY VALLRVTPFI LKKLDSIMAS STVPVSAAGS ANETPEIP D NVGDWLRGVY RFATDRNDFR RNLILNLGLF AAGVWLARNL SDIDLMAPQP GVMVKLSKEA KQRLQQLFKG SQFAIRWGF IPLVIYLGFK RGADPGMPEP TVLSLLWG

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分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.007988 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MASSTVPVSA AGSANETPEI PDNVGDWLRG VYRFATDRND FRRNLILNLG LFAAGVWLAR NLSDIDLMAP QPGV

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog

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分子 #3: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.045318 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MFRIEGLAPK LDPEEMKRKM REDVISSIRN FLIYVALLRV TPFILKKLDS I

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog

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分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.256473 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MVKLSKEAKQ RLQQLFKGSQ FAIRWGFIPL VIYLGFKRGA DPGMPEPTVL SLLWG

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog

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分子 #5: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.532528 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAAAVAAAGA GEPQSPDELL PKGDAEKPEE ELEEDDDEEL DETLSERLWG LTEMFPERVR SAAGATFDLS LFVAQKMYRF SRAALWIGT TSFMILVLPV VFETEKLQME QQQQLQQRQI LLGPNTGLSG GMPGALPSLP GKI

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog

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分子 #6: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 11 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #7: UNDECANE

分子名称: UNDECANE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 12 / 式: UND
分子量理論値: 156.308 Da
Chemical component information

ChemComp-UND:
UNDECANE / ウンデカン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
糖包埋材質: DIG
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6g73

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 288736
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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