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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | V1EG of V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATP-gamma-S condition, state1-2 | |||||||||||||||||||||
![]() | V1EG domain of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state1-2, postprocessed map. | |||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Kishikawa J / Nakanishi A / Nakano A / Saeki S / Furuta A / Kato T / Mitsuoka K / Yokoyama K | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of V/A-ATPase reveal the rotary catalytic mechanism of rotary ATPases. 著者: J Kishikawa / A Nakanishi / A Nakano / S Saeki / A Furuta / T Kato / K Mistuoka / K Yokoyama / ![]() 要旨: V/A-ATPase is a motor protein that shares a common rotary catalytic mechanism with FF ATP synthase. When powered by ATP hydrolysis, the V domain rotates the central rotor against the AB hexamer, ...V/A-ATPase is a motor protein that shares a common rotary catalytic mechanism with FF ATP synthase. When powered by ATP hydrolysis, the V domain rotates the central rotor against the AB hexamer, composed of three catalytic AB dimers adopting different conformations (AB, AB, and AB). Here, we report the atomic models of 18 catalytic intermediates of the V domain of V/A-ATPase under different reaction conditions, determined by single particle cryo-EM. The models reveal that the rotor does not rotate immediately after binding of ATP to the V. Instead, three events proceed simultaneously with the 120˚ rotation of the shaft: hydrolysis of ATP in AB, zipper movement in AB by the binding ATP, and unzipper movement in AB with release of both ADP and Pi. This indicates the unidirectional rotation of V/A-ATPase by a ratchet-like mechanism owing to ATP hydrolysis in AB, rather than the power stroke model proposed previously for F-ATPase. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 228.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.4 KB 25.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 61 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 194.2 MB 194.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vaxMC ![]() 7vaiC ![]() 7vajC ![]() 7vakC ![]() 7valC ![]() 7vamC ![]() 7vanC ![]() 7vaoC ![]() 7vapC ![]() 7vaqC ![]() 7varC ![]() 7vasC ![]() 7vatC ![]() 7vauC ![]() 7vavC ![]() 7vawC ![]() 7vayC ![]() 7vb0C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | V1EG domain of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state1-2, postprocessed map. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: V1EG domain of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state1-2,...
ファイル | emd_31869_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | V1EG domain of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state1-2, halfmap2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: V1EG domain of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state1-2,...
ファイル | emd_31869_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | V1EG domain of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state1-2, halfmap1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATP-gamma-S con...
+超分子 #1: V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATP-gamma-S con...
+分子 #1: V-type ATP synthase alpha chain
+分子 #2: V-type ATP synthase beta chain
+分子 #3: V-type ATP synthase subunit D
+分子 #4: V-type ATP synthase subunit F
+分子 #5: V-type ATP synthase subunit G
+分子 #6: V-type ATP synthase subunit E
+分子 #7: MAGNESIUM ION
+分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #9: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: Buffer contains 4mM ATP-gamma-S. |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | The atomic model built in this study was used as an initial model. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | ![]() PDB-7vax: |