+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | V1EG of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, high ATP, state2-2 | |||||||||||||||||||||
![]() | V1EG of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state3-1 | |||||||||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||||||||
![]() | rotary ATPase / V-type ATPase / ATP synthase / Thermus thermophilus / chemo-mechanical coupling / MOTOR PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism ...proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lysosomal membrane / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Kishikawa J / Nakanishi A / Nakano A / Saeki S / Furuta A / Kato T / Mitsuoka K / Yokoyama K | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of V/A-ATPase reveal the rotary catalytic mechanism of rotary ATPases. 著者: J Kishikawa / A Nakanishi / A Nakano / S Saeki / A Furuta / T Kato / K Mistuoka / K Yokoyama / ![]() 要旨: V/A-ATPase is a motor protein that shares a common rotary catalytic mechanism with FF ATP synthase. When powered by ATP hydrolysis, the V domain rotates the central rotor against the AB hexamer, ...V/A-ATPase is a motor protein that shares a common rotary catalytic mechanism with FF ATP synthase. When powered by ATP hydrolysis, the V domain rotates the central rotor against the AB hexamer, composed of three catalytic AB dimers adopting different conformations (AB, AB, and AB). Here, we report the atomic models of 18 catalytic intermediates of the V domain of V/A-ATPase under different reaction conditions, determined by single particle cryo-EM. The models reveal that the rotor does not rotate immediately after binding of ATP to the V. Instead, three events proceed simultaneously with the 120˚ rotation of the shaft: hydrolysis of ATP in AB, zipper movement in AB by the binding ATP, and unzipper movement in AB with release of both ADP and Pi. This indicates the unidirectional rotation of V/A-ATPase by a ratchet-like mechanism owing to ATP hydrolysis in AB, rather than the power stroke model proposed previously for F-ATPase. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 96.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25 KB 25 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 130.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vapMC ![]() 7vaiC ![]() 7vajC ![]() 7vakC ![]() 7valC ![]() 7vamC ![]() 7vanC ![]() 7vaoC ![]() 7vaqC ![]() 7varC ![]() 7vasC ![]() 7vatC ![]() 7vauC ![]() 7vavC ![]() 7vawC ![]() 7vaxC ![]() 7vayC ![]() 7vb0C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | V1EG of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state3-1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: V1EG of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state3-1, half map A
ファイル | emd_31857_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | V1EG of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state3-1, half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: V1EG of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state3-1, half map B
ファイル | emd_31857_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | V1EG of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, state3-1, half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : V1EG of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, high ATP, state3-1
+超分子 #1: V1EG of V/A-ATPase from Thermus thermophilus, high ATP, state3-1
+分子 #1: V-type ATP synthase alpha chain
+分子 #2: V-type ATP synthase beta chain
+分子 #3: V-type ATP synthase subunit D
+分子 #4: V-type ATP synthase subunit F
+分子 #5: V-type ATP synthase subunit G
+分子 #6: V-type ATP synthase subunit E
+分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: PHOSPHATE ION
+分子 #10: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 6.0 mM / 構成要素 - 名称: ATP |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.042 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | The atomic model built in this study was used as an initial model. |
---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | ![]() PDB-7vap: |