EMDB-31529: Fivefold block reconstruction of the Melbournevirus capsid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-31529

タイトル

Fivefold block reconstruction of the Melbournevirus capsid

マップデータ

Block reconstruction of five-fold vertex of Melbournevirus

試料

ウイルス: Melbournevirus (ウイルス)

機能・相同性

Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / viral capsid / structural molecule activity / Major capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Melbournevirus (ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.42 Å

データ登録者

Burton-Smith RN / Murata K

資金援助

日本,

スウェーデン, 4件

Organization	Grant number	国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	JP19H04845	日本
Swedish Research Council	2018-03387	スウェーデン
The Swedish Foundation for Strategic Research	JA2014-5721	スウェーデン
Swedish Research Council	2018-00421	スウェーデン

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The 4.4A structure of the giant Melbournevirus virion belonging to the Marseilleviridae family
著者: Burton-Smith RN / Reddy HKN / Svenda M / Abergel C / Okamoto K / Murata K

履歴

登録	2021年7月15日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年7月20日	-
マップ公開	2022年7月20日	-
更新	2022年7月20日	-
現状	2022年7月20日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_31529.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_31529.map.gz	54 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-31529-v30.xml emd-31529.xml	7.8 KB 7.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_31529_fsc.xml	15.5 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_31529.png	162.2 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31529 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31529	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_31529_validation.pdf.gz	494 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_31529_full_validation.pdf.gz	493.6 KB	表示
XML形式データ	emd_31529_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_31529_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31529 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31529	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yjlMC 31528C 31530C 31531C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_31529.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Block reconstruction of five-fold vertex of Melbournevirus

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2.21 Å/pix. x 440 pix. = 972.4 Å	2.21 Å/pix. x 440 pix. = 972.4 Å	2.21 Å/pix. x 440 pix. = 972.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2.21 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.017
最小 - 最大	-0.059559546 - 0.092683576
平均 (標準偏差)	0.00055328547 (±0.005576018)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : Melbournevirus

全体	名称: Melbournevirus (ウイルス)
要素	ウイルス: Melbournevirus (ウイルス)

-
超分子 #1: Melbournevirus

超分子	名称: Melbournevirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1560514 / 生物種: Melbournevirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 26.4 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 187440
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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