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万見
- EMDB-31171: CrClpP-S1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31171
タイトルCrClpP-S1
マップデータthe 3.3 angstrom resolution cryo-EM density map of CrClp protease complex in Chlamydomonas reinhardtii.
試料
  • 複合体: complex of CrClp protease
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit CLPT4, chloroplastic
キーワードClp / Complex / Protease / Chloroplast / Chlamydomnas / Atp-dependent. / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / plastid / ATP-dependent peptidase activity / chloroplast stroma / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / chloroplast / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit CLPT4, chloroplastic / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wang N / Wang YF
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021
タイトル: The cryo-EM structure of the chloroplast ClpP complex.
著者: Ning Wang / Yifan Wang / Qian Zhao / Xiang Zhang / Chao Peng / Wenjuan Zhang / Yanan Liu / Olivier Vallon / Michael Schroda / Yao Cong / Cuimin Liu /
要旨: Protein homoeostasis in plastids is strategically regulated by the protein quality control system involving multiple chaperones and proteases, among them the Clp protease. Here, we determined the ...Protein homoeostasis in plastids is strategically regulated by the protein quality control system involving multiple chaperones and proteases, among them the Clp protease. Here, we determined the structure of the chloroplast ClpP complex from Chlamydomonas reinhardtii by cryo-electron microscopy. ClpP contains two heptameric catalytic rings without any symmetry. The top ring contains one ClpR6, three ClpP4 and three ClpP5 subunits while the bottom ring is composed of three ClpP1 subunits and one each of the ClpR1-4 subunits. ClpR3, ClpR4 and ClpT4 subunits connect the two rings and stabilize the complex. The chloroplast Cpn11/20/23 co-chaperonin, a co-factor of Cpn60, forms a cap on the top of ClpP by protruding mobile loops into hydrophobic clefts at the surface of the top ring. The co-chaperonin repressed ClpP proteolytic activity in vitro. By regulating Cpn60 chaperone and ClpP protease activity, the co-chaperonin may play a role in coordinating protein folding and degradation in the chloroplast.
履歴
登録2021年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eko
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31171.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31171.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈the 3.3 angstrom resolution cryo-EM density map of CrClp protease complex in Chlamydomonas reinhardtii.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.026 / ムービー #1: 0.026
最小 - 最大-0.14222087 - 0.25759324
平均 (標準偏差)0.00035640135 (±0.006711604)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 284.688 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3181.3181.318
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z284.688284.688284.688
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ336210602
NX/NY/NZ227193139
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.1420.2580.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : complex of CrClp protease

全体名称: complex of CrClp protease
要素
  • 複合体: complex of CrClp protease
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit CLPT4, chloroplastic

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超分子 #1: complex of CrClp protease

超分子名称: complex of CrClp protease / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 549.4 kDa/nm

+
分子 #1: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.571436 KDa
配列文字列: RRNVEARGIR RSPVVTPDIQ IGHGEDAIEM DLYRYLLSNR IIFIGGYIND KMATQIVGSL MALEAVDENE DIRIYINSPG GQPYSVLGV VDAMQSIKPD VQTVALGACY SYASLVVAAG TKGKRYAMKN TRLMMTQPMG GSQGDIYQIK ATVEELNALY Q IFSRYYMK ...文字列:
RRNVEARGIR RSPVVTPDIQ IGHGEDAIEM DLYRYLLSNR IIFIGGYIND KMATQIVGSL MALEAVDENE DIRIYINSPG GQPYSVLGV VDAMQSIKPD VQTVALGACY SYASLVVAAG TKGKRYAMKN TRLMMTQPMG GSQGDIYQIK ATVEELNALY Q IFSRYYMK FTGMNQDQIE QATCRDHFMT PEQAKLEGLI DEIIRGKGDY TVPPAIVRQF REVGLVDDLT PGPFLKVDCN

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

+
分子 #2: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.815459 KDa
配列文字列: ARRSVAARSS APELWTPTSE VKLAVSSRNP HPPVVCQGPP PPNPLVIERF QGVVSQLFQQ RIVRLGGAVD DDMANLLVAQ LLYLDSVDN KRDITMYVNS PGGSVTAGMA VFDTMRHIRP DVSTCCIGLA ASMGAFILAS GQAGKRYSLP NSRIMIHQPL G GAQGQATD ...文字列:
ARRSVAARSS APELWTPTSE VKLAVSSRNP HPPVVCQGPP PPNPLVIERF QGVVSQLFQQ RIVRLGGAVD DDMANLLVAQ LLYLDSVDN KRDITMYVNS PGGSVTAGMA VFDTMRHIRP DVSTCCIGLA ASMGAFILAS GQAGKRYSLP NSRIMIHQPL G GAQGQATD IEIQANEILH HKLTLNGYLA QFTGQSMETI TKDTDRDFFM SPQEAIEYGL VDAIISKPQM LQSREVALSS

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

+
分子 #3: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 33.229863 KDa
配列文字列: NSQPIVAPRT AEMQGDPFGL LLRQRIVFLG GEVEDFGADA IISQLLLLDS QDPTKDIKIF INSPGGSVTA GMGIYDAMML CRADVNTYC FGLAASMGAF LLGAGKRGKR NSMPNSRIMI HQPLGGASGQ AVDIEIQAKE IMYHKANLNR IMADYCQQPL S KIEEDTDR ...文字列:
NSQPIVAPRT AEMQGDPFGL LLRQRIVFLG GEVEDFGADA IISQLLLLDS QDPTKDIKIF INSPGGSVTA GMGIYDAMML CRADVNTYC FGLAASMGAF LLGAGKRGKR NSMPNSRIMI HQPLGGASGQ AVDIEIQAKE IMYHKANLNR IMADYCQQPL S KIEEDTDR DRYMSPLEAK EYGLIDHIIG GEEAVFNVKG SLKKFPKIKE EFVTDKDDMV KRNIMDGDPF LSETPSWRFK SP QTEPYMP SQAPGSRWFR TRKVSKEDYK EMQEQRQAEL MAESDDGKKS VKDRIDDAW

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

+
分子 #4: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.105768 KDa
配列文字列: NYLDQGALNN ESGRSLYRKQ TERVIQEEES KKVFMIINSF GGSVGNGITV HDALQFIKAG SLTLALGVAA SAASLALAGG TIGERYVTE GCHTMIHQPE GGLNGQASDI WIDSQEIMKI RLDVAEIYSL STYRPRHKIL RDLDRDFYLT AMETIYYGLA D EIATNEVM ...文字列:
NYLDQGALNN ESGRSLYRKQ TERVIQEEES KKVFMIINSF GGSVGNGITV HDALQFIKAG SLTLALGVAA SAASLALAGG TIGERYVTE GCHTMIHQPE GGLNGQASDI WIDSQEIMKI RLDVAEIYSL STYRPRHKIL RDLDRDFYLT AMETIYYGLA D EIATNEVM HSIVEMTNQV WSYHDSKQER LLESRASLVG DSTQTQESNS

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

+
分子 #5: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.13601 KDa
配列文字列: AYGDYPNYPE GRPLFLPEAE RFGNPPDLPS LLLQQRVIYI SMPFLPSVTE LVVAQCYYLD FDDRNRQRPI YVYLNSTGCI NDKGQAISA DNEFYAIWAA LGFTRAPLYT GVTWKAQNQA AVLLSAGQKG HRYSFPHAKI STAPPVMNRV FGQAVDAQLQ A NELDYATK ...文字列:
AYGDYPNYPE GRPLFLPEAE RFGNPPDLPS LLLQQRVIYI SMPFLPSVTE LVVAQCYYLD FDDRNRQRPI YVYLNSTGCI NDKGQAISA DNEFYAIWAA LGFTRAPLYT GVTWKAQNQA AVLLSAGQKG HRYSFPHAKI STAPPVMNRV FGQAVDAQLQ A NELDYATK YYAAILARST GKDLETCQKQ YLSRKRYFSV KEAYEEGLVD KLVPGFMLNR FRKMQKDAGV GEEDLFDMNK PK FKFRRQ

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

+
分子 #6: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.381633 KDa
配列文字列: RKLSHLRKKL WKEAGPPPDL ATRLFSERIM YLGMPIDSSV AELLTAQLFV LVQEAPDPIF FYINSTGIAK STTKFGNEHE AIAVYSMMK GVQKYCPIYT LCVGNAFGEA ALLLSAGSPG KRAALRSSTI MLRQPLQRLG GMQASDIDIY RKITREKTAT M AKYLAACT ...文字列:
RKLSHLRKKL WKEAGPPPDL ATRLFSERIM YLGMPIDSSV AELLTAQLFV LVQEAPDPIF FYINSTGIAK STTKFGNEHE AIAVYSMMK GVQKYCPIYT LCVGNAFGEA ALLLSAGSPG KRAALRSSTI MLRQPLQRLG GMQASDIDIY RKITREKTAT M AKYLAACT KKTEEQIMTD FTRPRYFNPY EAVSYGLIDT VLEPKEERAV FKDWEKMGSE IADLGLWDDE EQPLPTNIMY PG TSQYWRS DFDG

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

+
分子 #7: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.345898 KDa
配列文字列: KKSPQGFWQV TTKQISAAKR SGAPKRKVTT MMPVSVPKVL CRPPGQRQSE WVDLWEAYTY QKVVFIKEAI TEDVANNMIA LTLYLDSLD QKRIYYWLNV PGGDVVPTLA LYDTMQYVRS KTATVCYGLC LGMGGFLLTA GGEKGYRFAM PHSILMMHHP S GASRGQAS ...文字列:
KKSPQGFWQV TTKQISAAKR SGAPKRKVTT MMPVSVPKVL CRPPGQRQSE WVDLWEAYTY QKVVFIKEAI TEDVANNMIA LTLYLDSLD QKRIYYWLNV PGGDVVPTLA LYDTMQYVRS KTATVCYGLC LGMGGFLLTA GGEKGYRFAM PHSILMMHHP S GASRGQAS EMHIESRELV RMRDYLSLLT SNATGQPYDR VIRELSRNKW MDPKQAIEYG MIDKVLTTPM PKMPSTGPSF KF ERQNDEL IGL

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

+
分子 #8: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 43.457613 KDa
配列文字列: LVVHARASRY DRRKPPPPDL PSLLFDQRIV YLGMPLVPAV TELMVAELLY LEKQGATLPI EMLINSSGTT RQDGEILSFD SEGVALTST MGFIKNPIST VNMGLAVGWS CVVLSFGRKG WRKSLPHSLA MIQQPRVPPT GQRQAIEVHI KWREVLDYKR E LLRMFSLG ...文字列:
LVVHARASRY DRRKPPPPDL PSLLFDQRIV YLGMPLVPAV TELMVAELLY LEKQGATLPI EMLINSSGTT RQDGEILSFD SEGVALTST MGFIKNPIST VNMGLAVGWS CVVLSFGRKG WRKSLPHSLA MIQQPRVPPT GQRQAIEVHI KWREVLDYKR E LLRMFSLG TGLPVDKLDA DMQRPLYMRP QDALEYGIID EIIEPNEDKA EKAAQYWIRS GRAESEGRLE QWQEYLSLQE EY ALKDSFR KVMTQDLRAA YRDTSSKLLK NSSRNMEQVQ EFKERLPDDM LTENDEVRLP FSRDGVKLAI LNAECYAERN IAR QVAANK VSVPDKWRAA YAARPAPAAP AAEVDYDALI RAVEAMDEKA FATTDLDTLV EQYRVPA

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

+
分子 #9: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit CLPT4, chloroplastic

分子名称: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit CLPT4, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 19.869402 KDa
配列文字列:
ATATAAPSEL DDVGVSAAAE SIIQYAINFA RASETYEVHS WMVLMGILKY ETCTAAKILK SLGLEDLYGA WNEVLWALNV CDGLQPRSF VTDIKFADRA FKVITAASDF AVWHGKDKMY SEDVLMALAA GGVLEDLFPD LNLSFERVRK AVEKESGRRY Q LPDETEEA GPLKSEDDVS FL

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit CLPT4, chloroplastic

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
80.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris-HClTris base
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 131245
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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