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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31080 | |||||||||
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タイトル | Cyanophage Pam1 tail machine | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Needle head proteins and tailspike head-binding proteins / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang JT / Jiang YL | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Structure and assembly pattern of a freshwater short-tailed cyanophage Pam1. 著者: Jun-Tao Zhang / Feng Yang / Kang Du / Wei-Fang Li / Yuxing Chen / Yong-Liang Jiang / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou / 要旨: Despite previous structural analyses of bacteriophages, quite little is known about the structures and assembly patterns of cyanophages. Using cryo-EM combined with crystallography, we solve the near- ...Despite previous structural analyses of bacteriophages, quite little is known about the structures and assembly patterns of cyanophages. Using cryo-EM combined with crystallography, we solve the near-atomic-resolution structure of a freshwater short-tailed cyanophage, Pam1, which comprises a 400-Å-long tail and an icosahedral capsid of 650 Å in diameter. The outer capsid surface is reinforced by trimeric cement proteins with a β-sandwich fold, which structurally resemble the distal motif of Pam1's tailspike, suggesting its potential role in host recognition. At the portal vertex, the dodecameric portal and connected adaptor, followed by a hexameric needle head, form a DNA ejection channel, which is sealed by a trimeric needle. Moreover, we identify a right-handed rifling pattern that might help DNA to revolve along the wall of the ejection channel. Our study reveals the precise assembly pattern of a cyanophage and lays the foundation to support its practical biotechnological and environmental applications. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31080.map.gz | 165.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31080-v30.xml emd-31080.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31080.png | 161.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31080.cif.gz | 5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31080 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31080_validation.pdf.gz | 669.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31080_full_validation.pdf.gz | 669.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31080_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31080_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31080 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.013 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Pam1
全体 | 名称: Pam1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Pam1
超分子 | 名称: Pam1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-分子 #1: Needle head proteins
分子 | 名称: Needle head proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 48.534621 KDa |
配列 | 文字列: MKIPYGLGAY TRNRGNLPPL ELINLFVEKS DSQGVILQSR KALVEVADVG AGPVRATFQK DGVFGGDRFT LSGDEFYRGA TLLGTVAGG GQARIVSNGL EVLVNAGGLV YSYNGTNFIN AGFPEAAATT IAFTGRYFIG LSAGTGEWYF SAVNNGRSWD A LDFATAEN ...文字列: MKIPYGLGAY TRNRGNLPPL ELINLFVEKS DSQGVILQSR KALVEVADVG AGPVRATFQK DGVFGGDRFT LSGDEFYRGA TLLGTVAGG GQARIVSNGL EVLVNAGGLV YSYNGTNFIN AGFPEAAATT IAFTGRYFIG LSAGTGEWYF SAVNNGRSWD A LDFATAEN EPDALLDVLV LDGVLVFFGT ESIEFWGFTG DADLPYSPIQ QRVFEQGIYA TGCAVRVDNS FYWVGKDKIV YR NGDVPQA VSDDGIVEKA EGSTNLTLFV LEDERHKFVC LRGDDFTHPH DVTTGQWCEF KSYGRTNFRA TADFGDDETG KIW AWGGYD DEGIIERLFM AGAALEEATQ IDNIRLTCEV GTTPNLVGIY TDPTLEMRFS YDAGNTWEDW EAETLGAQGK YRQR VEWRA LGMFDDPGAL FQFRITDPVS FRLSDVQANA ATGGRQR |
-分子 #2: Tailspike head-binding domain
分子 | 名称: Tailspike head-binding domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 10.782913 KDa |
配列 | 文字列: MAAELHITPS RATSSNGLNL DGAKWFFYQT GTTTPQSVYT TAALSVAHSN PVVADAAGKF PAIYFDTTLE YRGVLKTADE ATTIYDIDP INSGILSVLG TSS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 300 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |