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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31078 | |||||||||
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タイトル | Cyanophage Pam1 capsid asymmetric unit | |||||||||
マップデータ | An asymmetric unit of Pam1 capsid.Cutting out using phenix Map box program. | |||||||||
試料 | Pam1 != unidentified Pam1
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キーワード | Major capsid and cement proteins / VIRUS | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang JT / Jiang YL | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Structure and assembly pattern of a freshwater short-tailed cyanophage Pam1. 著者: Jun-Tao Zhang / Feng Yang / Kang Du / Wei-Fang Li / Yuxing Chen / Yong-Liang Jiang / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou / 要旨: Despite previous structural analyses of bacteriophages, quite little is known about the structures and assembly patterns of cyanophages. Using cryo-EM combined with crystallography, we solve the near- ...Despite previous structural analyses of bacteriophages, quite little is known about the structures and assembly patterns of cyanophages. Using cryo-EM combined with crystallography, we solve the near-atomic-resolution structure of a freshwater short-tailed cyanophage, Pam1, which comprises a 400-Å-long tail and an icosahedral capsid of 650 Å in diameter. The outer capsid surface is reinforced by trimeric cement proteins with a β-sandwich fold, which structurally resemble the distal motif of Pam1's tailspike, suggesting its potential role in host recognition. At the portal vertex, the dodecameric portal and connected adaptor, followed by a hexameric needle head, form a DNA ejection channel, which is sealed by a trimeric needle. Moreover, we identify a right-handed rifling pattern that might help DNA to revolve along the wall of the ejection channel. Our study reveals the precise assembly pattern of a cyanophage and lays the foundation to support its practical biotechnological and environmental applications. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31078.map.gz | 2.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31078-v30.xml emd-31078.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31078.png | 160.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31078.cif.gz | 5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31078 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31078 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31078_validation.pdf.gz | 441.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31078_full_validation.pdf.gz | 441.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31078_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31078_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31078 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31078 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | An asymmetric unit of Pam1 capsid.Cutting out using phenix Map box program. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.013 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Pam1
全体 | 名称: Pam1 |
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要素 |
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-超分子 #1: unidentified
超分子 | 名称: unidentified / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 32644 / 生物種: unidentified / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Pseudanabaena mucicola (バクテリア) |
-分子 #1: Major capsid proteins
分子 | 名称: Major capsid proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 39.379066 KDa |
配列 | 文字列: MADFSLATAS QRKEWSNKAH MEYVRRSRFA PYIRNTENSI FQGYSDLEKR AGDTLNIPLF YKLGGAPVTG DTPIVGNETP LDNYNCGVP VALRGKGVAI TKNQTFRTEI DVMNAAKQSL TRYFGELLRD DIIEALGSVV TTGDTTVNYG SASAANRNAF S AANPDRLF ...文字列: MADFSLATAS QRKEWSNKAH MEYVRRSRFA PYIRNTENSI FQGYSDLEKR AGDTLNIPLF YKLGGAPVTG DTPIVGNETP LDNYNCGVP VALRGKGVAI TKNQTFRTEI DVMNAAKQSL TRYFGELLRD DIIEALGSVV TTGDTTVNYG SASAANRNAF S AANPDRLF FGSISGYSAT WATGLGNVDA AETCTAARVG VMKRLAMSAS PAITPMQVDD DEGREYFVAF HGSRTFRDLK GD TAMLNAN REARPRDVSS NPLLQDGDLI YEGVIHREVP EIDAWAAANG FNTAGAGSAP IRPVFLCGTQ SVFLAYAQRP QAG TEKSDI PALNRRMTVG MDEIIGVKKA AFNGKQHGVV MGFFGAAGD |
-分子 #2: Cement (decoration) proteins
分子 | 名称: Cement (decoration) proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 13.831203 KDa |
配列 | 文字列: MPATNSAQAR LAAPGHGFGG NVKVSYGSVA FTGTITTADA ATVCNLPVGA IVLGVTLESD DLDTNATPTI TLNVGDAGSA TRYFSASTV AQAGTSSSAP ATTGLLWTVT EGNTAVRIAV ANNAATSADG SVRVAVTYYL P |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 21210 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |