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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30989 | |||||||||
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タイトル | Structure of PEP bound Enolase from Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
マップデータ | This is the final combined B factor sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Bose S / Vinothkumar KR | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2023 タイトル: Structural snapshots of Mycobacterium tuberculosis enolase reveal dual mode of 2PG binding and its implication in enzyme catalysis. 著者: Mohammed Ahmad / Bhavya Jha / Sucharita Bose / Satish Tiwari / Abhisek Dwivedy / Deepshikha Kar / Ravikant Pal / Richard Mariadasse / Tanya Parish / Jeyaraman Jeyakanthan / Kutti R ...著者: Mohammed Ahmad / Bhavya Jha / Sucharita Bose / Satish Tiwari / Abhisek Dwivedy / Deepshikha Kar / Ravikant Pal / Richard Mariadasse / Tanya Parish / Jeyaraman Jeyakanthan / Kutti R Vinothkumar / Bichitra Kumar Biswal / 要旨: Enolase, a ubiquitous enzyme, catalyzes the reversible conversion of 2-phosphoglycerate (2PG) to phosphoenolpyruvate (PEP) in the glycolytic pathway of organisms of all three domains of life. The ...Enolase, a ubiquitous enzyme, catalyzes the reversible conversion of 2-phosphoglycerate (2PG) to phosphoenolpyruvate (PEP) in the glycolytic pathway of organisms of all three domains of life. The underlying mechanism of the 2PG to PEP conversion has been studied in great detail in previous work, however that of the reverse reaction remains to be explored. Here we present structural snapshots of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) enolase in apo, PEP-bound and two 2PG-bound forms as it catalyzes the conversion of PEP to 2PG. The two 2PG-bound complex structures differed in the conformation of the bound product (2PG) viz the widely reported canonical conformation and a novel binding pose, which we refer to here as the alternate conformation. Notably, we observed two major differences compared with the forward reaction: the presence of Mg is non-obligatory for the reaction and 2PG assumes an alternate conformation that is likely to facilitate its dissociation from the active site. Molecular dynamics studies and binding free energy calculations further substantiate that the alternate conformation of 2PG causes distortions in both metal ion coordination and hydrogen-bonding interactions, resulting in an increased flexibility of the active-site loops and aiding product release. Taken together, this study presents a probable mechanism involved in PEP to 2PG catalysis that is likely to be mediated by the conformational change of 2PG at the active site. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30989.map.gz | 116.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30989-v30.xml emd-30989.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30989_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30989.png | 72.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30989.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_30989_additional_1.map.gz emd_30989_additional_2.map.gz | 93.3 MB 93.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30989 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30989 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30989_validation.pdf.gz | 607.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30989_full_validation.pdf.gz | 607.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30989_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30989_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30989 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30989 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30989.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the final combined B factor sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: This is one of the unsharpened half maps
ファイル | emd_30989_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | This is one of the unsharpened half maps | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: This is the other unsharpened half map
ファイル | emd_30989_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | This is the other unsharpened half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Octameric Enolase enzyme
全体 | 名称: Octameric Enolase enzyme |
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要素 |
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-超分子 #1: Octameric Enolase enzyme
超分子 | 名称: Octameric Enolase enzyme / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 370 KDa |
-分子 #1: Enolase
分子 | 名称: Enolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphopyruvate hydratase |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 45.962355 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
配列 | 文字列: MHHHHHHMPI IEQVRAREIL DSRGNPTVEV EVALIDGTFA RAAVPSGAST GEHEAVELRD GGDRYGGKGV QKAVQAVLDE IGPAVIGLN ADDQRLVDQA LVDLDGTPDK SRLGGNAILG VSLAVAKAAA DSAELPLFRY VGGPNAHILP VPMMNILNGG A HADTAVDI ...文字列: MHHHHHHMPI IEQVRAREIL DSRGNPTVEV EVALIDGTFA RAAVPSGAST GEHEAVELRD GGDRYGGKGV QKAVQAVLDE IGPAVIGLN ADDQRLVDQA LVDLDGTPDK SRLGGNAILG VSLAVAKAAA DSAELPLFRY VGGPNAHILP VPMMNILNGG A HADTAVDI QEFMVAPIGA PSFVEALRWG AEVYHALKSV LKKEGLSTGL GDEGGFAPDV AGTTAALDLI SRAIESAGLR PG ADVALAL DAAATEFFTD GTGYVFEGTT RTADQMTEFY AGLLGAYPLV SIEDPLSEDD WDGWAALTAS IGDRVQIVGD DIF VTNPER LEEGIERGVA NALLVKVNQI GTLTETLDAV TLAHHGGYRT MISHRSGETE DTMIADLAVA IGSGQIKTGA PARS ERVAK YNQLLRIEEA LGDAARYAGD LAFPRFACET K UniProtKB: Enolase |
-分子 #2: PHOSPHOENOLPYRUVATE
分子 | 名称: PHOSPHOENOLPYRUVATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: PEP |
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分子量 | 理論値: 168.042 Da |
Chemical component information | ChemComp-PEP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 27.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 130841 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.813 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.931 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |