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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30830 | |||||||||
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タイトル | CALHM1 open state with disordered CTH | |||||||||
マップデータ | EM map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / voltage-gated calcium channel activity / monoatomic cation channel activity / plasma membrane / Calcium homeostasis modulator 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Ren Y / Yang X / Shen YQ | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the heptameric calcium homeostasis modulator 1 channel. 著者: Yue Ren / Yang Li / Yaojie Wang / Tianlei Wen / Xuhang Lu / Shenghai Chang / Xing Zhang / Yuequan Shen / Xue Yang / 要旨: Calcium homeostasis modulator 1 (CALHM1) is a voltage- and Ca-gated ATP channel that plays an important role in neuronal signaling. However, as the previously reported CALHM structures are all in the ...Calcium homeostasis modulator 1 (CALHM1) is a voltage- and Ca-gated ATP channel that plays an important role in neuronal signaling. However, as the previously reported CALHM structures are all in the ATP-conducting state, the gating mechanism of ATP permeation is still elusive. Here, we report cryo-EM reconstructions of two Danio rerio CALHM1 heptamers with ordered or flexible long C-terminal helices at resolutions of 3.2 Å and 2.9 Å, respectively, and one D. rerio CALHM1 octamer with flexible long C-terminal helices at a resolution of 3.5 Å. Structural analysis shows that the heptameric CALHM1s are in an ATP-nonconducting state with a central pore diameter of approximately 6.6 Å. Compared with those inside the octameric CALHM1, the N-helix inside the heptameric CALHM1 is in the "down" position to avoid steric clashing with the adjacent TM1 helix. Molecular dynamics simulations show that as the N-helix moves from the "down" position to the "up" position, the pore size of ATP molecule permeation increases significantly. Our results provide important information for elucidating the mechanism of ATP molecule permeation in the CALHM1 channel. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30830.map.gz | 8.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30830-v30.xml emd-30830.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30830.png | 203.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30830 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30830_validation.pdf.gz | 355.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30830_full_validation.pdf.gz | 355.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30830_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30830_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30830 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CALHM1
全体 | 名称: CALHM1 |
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要素 |
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-超分子 #1: CALHM1
超分子 | 名称: CALHM1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
-分子 #1: Calcium homeostasis modulator 1
分子 | 名称: Calcium homeostasis modulator 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 41.213645 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: LEQKLISEED LRSDKFRIMV QFLQANQESF MNGICGIMAL ASAQMYSSFE FTCPCLPDYN YAYGIGILIV PPIWFFLLGY VMNNNISVL TEEWKRPVGK RSKDPAVLRY MFSSMTQRAL IAPAVWIAVT LMDGKSFLCA FSPTADLSEF VNESYQSLSQ K ELLKIQAK ...文字列: LEQKLISEED LRSDKFRIMV QFLQANQESF MNGICGIMAL ASAQMYSSFE FTCPCLPDYN YAYGIGILIV PPIWFFLLGY VMNNNISVL TEEWKRPVGK RSKDPAVLRY MFSSMTQRAL IAPAVWIAVT LMDGKSFLCA FSPTADLSEF VNESYQSLSQ K ELLKIQAK IPCKDIFEEH EIISREAATR YIRCLSQACG WTFLMVITLV AFLVRAIRPC FTQAAFLKTK YWSHYIDTER KL FDETCKE HAKSFAKVCI QQYFESISGE IVSQLPQSPA KKGKGNKDED GEKQKSDEER LLGIRKEGDM NKVLWNWHTC KPP LLLSKR TEEMNGHAHL DTHSLTDERH TKKKAVVYYS KV |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab into from cryosparc v2 |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 44894 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |