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万見
- EMDB-30681: Cryo-EM structure of the partial agonist salbutamol-bound beta2 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30681
タイトルCryo-EM structure of the partial agonist salbutamol-bound beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex.
マップデータCryo-EM structure of the partial agonist salbutamol-bound beta2 adrenergic receptor-Gs complex.
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the partial agonist salbutamol-bound beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex.
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nb35 nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2 adrenergic receptor
  • リガンド: SALBUTAMOL
  • リガンド: water
キーワードG protein coupled receptor / Complex / Cryo-EM / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Activation of the phototransduction cascade / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure ...Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Activation of the phototransduction cascade / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / norepinephrine binding / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / negative regulation of multicellular organism growth / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / endosome to lysosome transport / adrenergic receptor signaling pathway / response to psychosocial stress / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / diet induced thermogenesis / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / PKA activation in glucagon signalling / developmental growth / hair follicle placode formation / bone resorption / D1 dopamine receptor binding / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / neuronal dense core vesicle / intracellular transport / brown fat cell differentiation / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion / receptor-mediated endocytosis / response to cold / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / bone development / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / platelet aggregation / cognition / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / cellular response to amyloid-beta / Glucagon signaling in metabolic regulation / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / mitotic spindle / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of smell / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2 adrenergic receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Yang F / Ling SL
引用ジャーナル: Natl Sci Rev / 年: 2020
タイトル: Different Conformational Responses of the beta2-Adrenergic Receptor-Gs Complex upon Binding of the Partial Agonist Salbutamol or the Full Agonist Isoprenaline
著者: Yang F / Ling SL / Zhou YX / Zhang YN / Lv P / Liu SL / Fang W / Sun WJ / Hu LYA / Zhang L / Shi P / Tian C
履歴
登録2020年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dhi
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30681.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30681.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the partial agonist salbutamol-bound beta2 adrenergic receptor-Gs complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 184 pix.
= 186.576 Å		1.01 Å/pix.
x 184 pix.
= 186.576 Å		1.01 Å/pix.
x 184 pix.
= 186.576 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024 / ムービー #1: 0.024
最小 - 最大-0.09986864 - 0.16228904
平均 (標準偏差)0.0003053411 (±0.0050405846)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ184184184
Spacing184184184
セルA=B=C: 186.576 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z184184184
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z186.576186.576186.576
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS184184184
D min/max/mean-0.1000.1620.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the partial agonist salbutamol-bound beta2 a...

全体名称: Cryo-EM structure of the partial agonist salbutamol-bound beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex.
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the partial agonist salbutamol-bound beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex.
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nb35 nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2 adrenergic receptor
  • リガンド: SALBUTAMOL
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the partial agonist salbutamol-bound beta2 a...

超分子名称: Cryo-EM structure of the partial agonist salbutamol-bound beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 151.4 kDa/nm

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.812594 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SMGCLGNSKT EDQRNEEKAQ REANKKIEKQ LQKDKQVYRA THRLLLLGAG ESGKSTIVKQ MRILHVNGFN GEGGEEDPQA ARSNSDGEK ATKVQDIKNN LKEAIETIVA AMSNLVPPVE LANPENQFRV DYILSVMNVP DFDFPPEFYE HAKALWEDEG V RACYERSN ...文字列:
SMGCLGNSKT EDQRNEEKAQ REANKKIEKQ LQKDKQVYRA THRLLLLGAG ESGKSTIVKQ MRILHVNGFN GEGGEEDPQA ARSNSDGEK ATKVQDIKNN LKEAIETIVA AMSNLVPPVE LANPENQFRV DYILSVMNVP DFDFPPEFYE HAKALWEDEG V RACYERSN EYQLIDCAQY FLDKIDVIKQ ADYVPSDQDL LRCRVLTSGI FETKFQVDKV NFHMFDVGGQ RDERRKWIQC FN DVTAIIF VVASSSYNMV IREDNQTNRL QEALNLFKSI WNNRWLRTIS VILFLNKQDL LAEKVLAGKS KIEDYFPEFA RYT TPEDAT PEPGEDPRVT RAKYFIRDEF LRISTASGDG RHYCYPHFTC AVDTENIRRV FNDCRDIIQR MHLRQYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 8.805155 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MHHHHHHMAS NNTASIAQAR KLVEQLKMEA NIDRIKVSKA AADLMAYCEA HAKEDPLLTP VPASENPFRE KKFFSAIL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Nb35 nanobody

分子名称: Nb35 nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 17.057271 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAMQVQLQES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF TFSNYKMNWV RQAPGKGLEW VSDISQSGAS ISYTGSVKG RFTISRDNAK NTLYLQMNSL KPEDTAVYYC ARCPAPFTRD CFDVTSTTYA YRGQGTQVTV SSHHHHHH

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分子 #5: Beta-2 adrenergic receptor

分子名称: Beta-2 adrenergic receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.042906 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FSLVFADYKD DDDAMGQPGN GSAFLLAPNR SHAPDHDVTQ QRDEVWVVGM GIVMSLIVLA IVFGNVLVIT AIAKFERLQ TVTNYFITSL AVADLVMGLA VVPFGAAHIL TKTWTFGNFW CEFWTSIDVL CVTASIWTLV VIAVDRYFAI T SPFKYQSL ...文字列:
MKTIIALSYI FSLVFADYKD DDDAMGQPGN GSAFLLAPNR SHAPDHDVTQ QRDEVWVVGM GIVMSLIVLA IVFGNVLVIT AIAKFERLQ TVTNYFITSL AVADLVMGLA VVPFGAAHIL TKTWTFGNFW CEFWTSIDVL CVTASIWTLV VIAVDRYFAI T SPFKYQSL LTKNKARVII LMVWIVSGLT SFLPIQMHWY RATHQEAINC YAEETCCDFF TNQAYAIASS IVSFYVPLVI MV FVYSRVF QEAKRQLQKI DKSEGRFHVQ NRSSKFALKE HKALKTLGII MGTFTLAWLP FFIVNIVHVI QDNLIRKEVY ILL NWIGYV NSGFNPLIYS RSPDFRIAFQ ELLCLRRSSL KHHHHHHHHH H

UniProtKB: Beta-2 adrenergic receptor

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分子 #6: SALBUTAMOL

分子名称: SALBUTAMOL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 68H
分子量理論値: 239.311 Da
Chemical component information

ChemComp-68H:
SALBUTAMOL

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 57.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7bz2

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 455803
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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