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- EMDB-30626: Mouse Toll-like receptor 3 ectodomain in complex with lncRNA Rmrp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30626
タイトルMouse Toll-like receptor 3 ectodomain in complex with lncRNA Rmrp in lapped form
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C-domain of lncRNA Rmrp
    • 複合体: Toll-like receptor 3
      • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 3
    • 複合体: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA
      • RNA: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity ...type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / response to virus / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / defense response / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of angiogenesis / male gonad development / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / MAPK cascade / double-stranded RNA binding / cellular response to xenobiotic stimulus / signaling receptor activity / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / endosome membrane / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor / TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. ...Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor / TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Li B / Cao X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81788101 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Endosomal lncRNA Rmrp is required for TLR3 innate sensing by engaging TLR3 dimerization
著者: Zhang S / Li B / Cao X
履歴
登録2020年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2021年10月20日-
現状2021年10月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.33
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.33
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7das
  • 表面レベル: 0.33
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30626.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30626.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.29 / ムービー #1: 0.33
最小 - 最大-0.6003012 - 1.3100822
平均 (標準偏差)0.0022979598 (±0.036890317)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.880314.880314.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-250-250-250
NX/NY/NZ500500500
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.6001.3100.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C...

全体名称: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C-domain of lncRNA Rmrp
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C-domain of lncRNA Rmrp
    • 複合体: Toll-like receptor 3
      • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 3
    • 複合体: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA
      • RNA: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA

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超分子 #1: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C...

超分子名称: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C-domain of lncRNA Rmrp
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量実験値: 230 KDa

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超分子 #2: Toll-like receptor 3

超分子名称: Toll-like receptor 3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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超分子 #3: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA

超分子名称: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Toll-like receptor 3

分子名称: Toll-like receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 78.101648 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: HHHHHHENLY FQSQCTVRYN VADCSHLKLT HIPDDLPSNI TVLNLTHNQL RRLPPTNFTR YSQLAILDAG FNSISKLEPE LCQILPLLK VLNLQHNELS QISDQTFVFC TNLTELDLMS NSIHKIKSNP FKNQKNLIKL DLSHNGLSST KLGTGVQLEN L QELLLAKN ...文字列:
HHHHHHENLY FQSQCTVRYN VADCSHLKLT HIPDDLPSNI TVLNLTHNQL RRLPPTNFTR YSQLAILDAG FNSISKLEPE LCQILPLLK VLNLQHNELS QISDQTFVFC TNLTELDLMS NSIHKIKSNP FKNQKNLIKL DLSHNGLSST KLGTGVQLEN L QELLLAKN KILALRSEEL EFLGNSSLRK LDLSSNPLKE FSPGCFQTIG KLFALLLNNA QLNPHLTEKL CWELSNTSIQ NL SLANNQL LATSESTFSG LKWTNLTQLD LSYNNLHDVG NGSFSYLPSL RYLSLEYNNI QRLSPRSFYG LSNLRYLSLK RAF TKQSVS LASHPNIDDF SFQWLKYLEY LNMDDNNIPS TKSNTFTGLV SLKYLSLSKT FTSLQTLTNE TFVSLAHSPL LTLN LTKNH ISKIANGTFS WLGQLRILDL GLNEIEQKLS GQEWRGLRNI FEIYLSYNKY LQLSTSSFAL VPSLQRLMLR RVALK NVDI SPSPFRPLRN LTILDLSNNN IANINEDLLE GLENLEILDF QHNNLARLWK RANPGGPVNF LKGLSHLHIL NLESNG LDE IPVGVFKNLF ELKSINLGLN NLNKLEPFIF DDQTSLRSLN LQKNLITSVE KDVFGPPFQN LNSLDMRFNP FDCTCES IS WFVNWINQTH TNISELSTHY LCNTPHHYYG FPLKLFDTSS CK

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分子 #2: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA

分子名称: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 48.12452 KDa
配列文字列:
GCUCGCUCUG AAGGCCUGUU UCCUAGGCUA CAUACGAGGG ACAUGUUCCU UAUCCUUUCG CCUAGGGGAA AGUCCCCGGA AGCUCACAU AGUGACGCAG GCAGUGCGAC CUGGCUCGCA CCAACCACAC GGGGCUCAUU CUCAGCGCGG C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 6
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was mono disperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 78.5 K / 最高: 78.5 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 40 eV
詳細Preliminary grid screening was preformed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10617 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The selected images were normalized.
粒子像選択選択した数: 2545278
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.1) / 詳細: CTF correction was done by patch CTF correction.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: The startup models were generated automatically.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.1) / 使用した粒子像数: 99902
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.1)
詳細: The initial angle assignment was generated by Ab-initio reconstruction.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3cig


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 27-697
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 97.5 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7das:
Mouse Toll-like receptor 3 ectodomain in complex with lncRNA Rmrp in lapped form

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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