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万見
- EMDB-30589: Cryo-EM Structure of human CALHM5 in the presence of Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30589
タイトルCryo-EM Structure of human CALHM5 in the presence of Ca2+
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Calcium homeostasis modulator protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Calcium homeostasis modulator protein 5
  • リガンド: 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
機能・相同性Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / monoatomic cation channel activity / plasma membrane / Calcium homeostasis modulator protein 5
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Liu J / Guan FH / Wu J / Wan FT / Lei M / Ye S
資金援助 中国, 8件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0500404 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31525001 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0508100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870724 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971127 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31525007 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900041 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930063 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of human calcium homeostasis modulator 5.
著者: Jie Liu / Futang Wan / Qiuheng Jin / Xiaoxiao Li / Eijaz Ahmed Bhat / Jiangtao Guo / Ming Lei / Fenghui Guan / Jian Wu / Sheng Ye /
履歴
登録2020年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月23日-
マップ公開2020年12月23日-
更新2020年12月23日-
現状2020年12月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d65
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 336 pix.
= 369.6 Å		1.1 Å/pix.
x 336 pix.
= 369.6 Å		1.1 Å/pix.
x 336 pix.
= 369.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.08983182 - 0.1495756
平均 (標準偏差)2.2891768e-06 (±0.0036013138)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 369.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z336336336
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z369.600369.600369.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS336336336
D min/max/mean-0.0900.1500.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Calcium homeostasis modulator protein 5

全体名称: Calcium homeostasis modulator protein 5
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Calcium homeostasis modulator protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Calcium homeostasis modulator protein 5
  • リガンド: 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

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超分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 5

超分子名称: Calcium homeostasis modulator protein 5 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: membrane
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 / 組換プラスミド: pEZT

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分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 5

分子名称: Calcium homeostasis modulator protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.921305 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAFQGILKF FLNQKTVIGY SFMALLTVGS ERLFSVVAFK CPCSTENMTY GLVFLFAPAW VLLILGFFLN NRSWRLFTGC CVNPRKIFP RGHSCRFFYV LGQITLSSLV APVMWLSVAL LNGTFYECAM SGTRSSGLLE LICKGKPKEC WEELHKVSCG K TSMLPTVN ...文字列:
MDAFQGILKF FLNQKTVIGY SFMALLTVGS ERLFSVVAFK CPCSTENMTY GLVFLFAPAW VLLILGFFLN NRSWRLFTGC CVNPRKIFP RGHSCRFFYV LGQITLSSLV APVMWLSVAL LNGTFYECAM SGTRSSGLLE LICKGKPKEC WEELHKVSCG K TSMLPTVN EELKLSLQAQ SQILGWCLIC SASFFSLLTT CYARCRSKVS YLQLSFWKTY AQKEKEQLEN TFLDYANKLS ER NLKCFFE NKRPDPFPMP TFAAWEAASE LHSFHQSQQH YSTLHRVVDN G

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分子 #2: 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 55 / 式: PA8
分子量理論値: 423.458 Da
Chemical component information

ChemComp-PA8:
1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 392239
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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