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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30532 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of a pre-catalytic group II intron RNP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | catalytic RNA / RNA-protein interactions / group II intron / TRANSFERASE-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intron homing / RNA-directed DNA polymerase / mRNA processing / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu N / Dong XL | |||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020 タイトル: Exon and protein positioning in a pre-catalytic group II intron RNP primed for splicing. 著者: Nan Liu / Xiaolong Dong / Cuixia Hu / Jianwei Zeng / Jiawei Wang / Jia Wang / Hong-Wei Wang / Marlene Belfort / 要旨: Group II introns are the putative progenitors of nuclear spliceosomal introns and use the same two-step splicing pathway. In the cell, the intron RNA forms a ribonucleoprotein (RNP) complex with the ...Group II introns are the putative progenitors of nuclear spliceosomal introns and use the same two-step splicing pathway. In the cell, the intron RNA forms a ribonucleoprotein (RNP) complex with the intron-encoded protein (IEP), which is essential for splicing. Although structures of spliced group II intron RNAs and RNP complexes have been characterized, structural insights into the splicing process remain enigmatic due to lack of pre-catalytic structural models. Here, we report two cryo-EM structures of endogenously produced group II intron RNPs trapped in their pre-catalytic state. Comparison of the catalytically activated precursor RNP to its previously reported spliced counterpart allowed identification of key structural rearrangements accompanying splicing, including a remodeled active site and engagement of the exons. Importantly, altered RNA-protein interactions were observed upon splicing among the RNP complexes. Furthermore, analysis of the catalytically inert precursor RNP demonstrated the structural impact of the formation of the active site on RNP architecture. Taken together, our results not only fill a gap in understanding the structural basis of IEP-assisted group II intron splicing, but also provide parallels to evolutionarily related spliceosomal splicing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30532.map.gz | 5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30532-v30.xml emd-30532.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30532.png | 135.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30532.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30532 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30532 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30532_validation.pdf.gz | 348.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30532_full_validation.pdf.gz | 348.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30532_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30532_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30532 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30532 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30532.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.30654 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : a group II intron --LtrB complex with its reverse transcriptase
全体 | 名称: a group II intron --LtrB complex with its reverse transcriptase |
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要素 |
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-超分子 #1: a group II intron --LtrB complex with its reverse transcriptase
超分子 | 名称: a group II intron --LtrB complex with its reverse transcriptase タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: group II intron-LtrB RNA
超分子 | 名称: group II intron-LtrB RNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) |
-超分子 #3: LtrA
超分子 | 名称: LtrA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) |
-分子 #1: RNA (738-MER)
分子 | 名称: RNA (738-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) |
分子量 | 理論値: 295.453375 KDa |
配列 | 文字列: CACAUCCAUA ACGUGCGCCC AGAUAGGGUG UUAAGUCAAG UAGUUUAAGG UACUACUCUG UAAGAUAACA CAGAAAACAG CCAACCUAA CCGAAAAGCG AAAGCUGAUA CGGGAACAGA GCACGGUUGG AAAGCGAUGA GUUACCUAAA GACAAUCGGG U ACGACUGA ...文字列: CACAUCCAUA ACGUGCGCCC AGAUAGGGUG UUAAGUCAAG UAGUUUAAGG UACUACUCUG UAAGAUAACA CAGAAAACAG CCAACCUAA CCGAAAAGCG AAAGCUGAUA CGGGAACAGA GCACGGUUGG AAAGCGAUGA GUUACCUAAA GACAAUCGGG U ACGACUGA GUCGCAAUGU UAAUCAGAUA UAAGGUAUAA GUUGUGUUUA CUGAACGCAA GUUUCUAAUU UCGGUUAUGU GU CGAUAGA GGAAAGUGUC UGAAACCUCU AGUACAAAGA AAGGUAAGUU AUGGUUGUGG ACUUAUCUGU UAUCACCACA UUU GUACAA UCUGUAGGAG AACCUAUGGG AACGAAACGA AAGCGAUGCC GAGAAUCUGA AUUUACCAAG ACUUAACACU AACU GGGGA UACCCUAAAC AAGAAUGCCU AAUAGAAAGG AGGAAAAAGG CUAUAGCACU AGAGCUUGAA AAUCUUGCAA GGGUA CGGA GUACUCGUAG UAGUCUGAGA AGGGUAACGC CCUUUACAUG GCAAAGGGGU ACAGUUAUUG UGUACUAAAA UUAAAA AUU GAUUAGGGAG GAAAACCUCA AAAUGAAACC AACAAUGGCA AUUUUAGAAA GAAUCAGUAA AAAUUCACAA GAAAAUA UA GACGAAGUUU UUACAAGACU UUAUCGUUAU CUUUUACGUC CAGAUAUUUA UUACGUGGCG ACGCGUUGGG AAAUGGCA A UGAUAGCGAA ACAACGUAAA ACUCUUGUUG UAUGCUUUCA UUGUCAUCGU CACGUGAUUC AUAAACACAA GUGAAUUUU UACGAACGAA CAAUAACAGA GCCGUAUACU CCGAGAGGGG UACGUACGGU UCCCGAAGAG GGUGGUGCAA ACCAGUCACA GUAAUGUGA ACAAGGCGGU ACCUCCCUCU UCACCA |
-分子 #2: Group II intron-encoded protein LtrA
分子 | 名称: Group II intron-encoded protein LtrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) |
分子量 | 理論値: 70.286664 KDa |
組換発現 | 生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) |
配列 | 文字列: MKPTMAILER ISKNSQENID EVFTRLYRYL LRPDIYYVAY QNLYSNKGAS TKGILDDTAD GFSEEKIKKI IQSLKDGTYY PQPVRRMYI AKKNSKKMRP LGIPTFTDKL IQEAVRIILE SIYEPVFEDV SHGFRPQRSC HTALKTIKRE FGGARWFVEG D IKGCFDNI ...文字列: MKPTMAILER ISKNSQENID EVFTRLYRYL LRPDIYYVAY QNLYSNKGAS TKGILDDTAD GFSEEKIKKI IQSLKDGTYY PQPVRRMYI AKKNSKKMRP LGIPTFTDKL IQEAVRIILE SIYEPVFEDV SHGFRPQRSC HTALKTIKRE FGGARWFVEG D IKGCFDNI DHVTLIGLIN LKIKDMKMSQ LIYKFLKAGY LENWQYHKTY SGTPQGGILS PLLANIYLHE LDKFVLQLKM KF DRESPER ITPEYRELHN EIKRISHRLK KLEGEEKAKV LLEYQEKRKR LPTLPCTSQT NKVLKYVRYA DDFIISVKGS KED CQWIKE QLKLFIHNKL KMELSEEKTL ITHSSQPARF LGYDIRVRRS GTIKRSGKVK KRTLNGSVEL LIPLQDKIRQ FIFD KKIAI QKKDSSWFPV HRKYLIRSTD LEIITIYNSE LRGICNYYGL ASNFNQLNYF AYLMEYSCLK TIASKHKGTL SKTIS MFKD GSGSWGIPYE IKQGKQRRYF ANFSECKSPY QFTDEISQAP VLYGYARNTL ENRLKAKCCE LCGTSDENTS YEIHHV NKV KNLKGKEKWE MAMIAKQRKT LVVCFHCHRH VIHKHK UniProtKB: Group II intron-encoded protein LtrA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285.15 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 203373 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |