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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30527 | |||||||||
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タイトル | Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans2 conformation | |||||||||
![]() | cryo EM map of the Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans2 conformation | |||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() phospholipid transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phospholipid binding / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Zhang YY / Fan QX | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of Acinetobacter baumannii glycerophospholipid transporter. 著者: Yuanyuan Zhang / Qiongxuan Fan / Ximin Chi / Qiang Zhou / Yanyan Li / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 52.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo EM map of the Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans2 conformation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans2 conformation
全体 | 名称: Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans2 conformation |
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要素 |
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-超分子 #1: Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans2 conformation
超分子 | 名称: Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans2 conformation タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE
分子 | 名称: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 27.322443 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNTIAWLGRL VIERIRGIGV AALMLLQIIF SLPSAGGFGR FVYQMHRVGV MSLLIITVSG LFIGLVLGLQ GYSILVNVGS ESMLGTMVS LTLLRELAPV VAALLFAGRA GSALTAEIGS MKQSEQLASM EMIGVDPLKQ IVSPRLWAGI VSLPMLTVIF A AIGIVGGK ...文字列: MNTIAWLGRL VIERIRGIGV AALMLLQIIF SLPSAGGFGR FVYQMHRVGV MSLLIITVSG LFIGLVLGLQ GYSILVNVGS ESMLGTMVS LTLLRELAPV VAALLFAGRA GSALTAEIGS MKQSEQLASM EMIGVDPLKQ IVSPRLWAGI VSLPMLTVIF A AIGIVGGK LVGVDFLGVD EGSFWSGMQN NVQFGHDVVN GIIKSIVFAL LCTWIAVFQG YACDPTPEGI ATAMTRTVVY SS LCVLGFD FVLTAVMFGG I UniProtKB: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE |
-分子 #2: ABC transporter ATP-binding protein
分子 | 名称: ABC transporter ATP-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 30.070455 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MMNNKTPLST QSLIEVKNLS FNRGERVIYD NISLNIRRGQ ITAIMGPSGT GKTTLLRLIG GQLVPDQGEV LLDGKDIAQM SRQELFAAR ARMGMLFQSG ALFTDMSVYE NVAFPIRAHT KLSENLIAEL VALKLESVGL RGTEQLMPTE LSGGMNRRVA L ARAIALDP ...文字列: MMNNKTPLST QSLIEVKNLS FNRGERVIYD NISLNIRRGQ ITAIMGPSGT GKTTLLRLIG GQLVPDQGEV LLDGKDIAQM SRQELFAAR ARMGMLFQSG ALFTDMSVYE NVAFPIRAHT KLSENLIAEL VALKLESVGL RGTEQLMPTE LSGGMNRRVA L ARAIALDP DLIMYDEPFA GQDPIVKGVL TRLIRSLREA LDLTTIIVSH DVPETLSIAD YIYVVAEGKI QGEGTPEELQ AY ASPFVKQ FLTGSAEGPV EYQFSHQAYL DNEVRP UniProtKB: ABC transporter ATP-binding protein |
-分子 #3: Anti-sigma factor antagonist
分子 | 名称: Anti-sigma factor antagonist / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.91376 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: VVQYLNQELV VSGKIDFENA EQQYQAGLAI IKKQTSFPLI VDLKQLEHGN TLALAVLVQW LRQTPQKSGL HFKNVPEKML KIIQACHLQ EDLHLVLEHH HHHH UniProtKB: Anti-sigma factor antagonist |
-分子 #4: MCE family protein
分子 | 名称: MCE family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.135322 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKSRTSELAV GIFVIIFGIA LFFLAMKVSG LVGTNLSDGY TMKAQFDNVN GLKPRAKVTM SGVTIGRVDS ITLDPVTRLA TVTFDLDGK LTSFNAEQLK EVQKNALDEL RYSSDYTQAT PAQQKTMEQQ LISNMNSITS IDEDAYIMVA TNGLLGEKYL K IVPGGGLN ...文字列: MKSRTSELAV GIFVIIFGIA LFFLAMKVSG LVGTNLSDGY TMKAQFDNVN GLKPRAKVTM SGVTIGRVDS ITLDPVTRLA TVTFDLDGK LTSFNAEQLK EVQKNALDEL RYSSDYTQAT PAQQKTMEQQ LISNMNSITS IDEDAYIMVA TNGLLGEKYL K IVPGGGLN YLKRGDTISN TQGTMDLEDL ISKFITGGGA GKVAAGSSSA EEKAPASTDS SAQPSFVE UniProtKB: ABC transporter periplasmic substrate-binding protein |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 52789 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |