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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30499 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling protein SbtB from Synechocystis sp. PCC 6803 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Na+-dependent bicarbonate transporter superfamily / Na+-dependent bicarbonate transporter superfamily / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane / Slr1512 protein / Membrane-associated protein slr1513 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu XY / Jiang YL / Wang L / Hou WT / Chen Y / Zhou CZ | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Structures of cyanobacterial bicarbonate transporter SbtA and its complex with PII-like SbtB. 著者: Xiao-Yu Liu / Wen-Tao Hou / Liang Wang / Bo Li / Yu Chen / Yuxing Chen / Yong-Liang Jiang / Cong-Zhao Zhou / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30499.map.gz | 28.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30499-v30.xml emd-30499.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30499.png | 225.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30499 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30499 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30499_validation.pdf.gz | 504.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30499_full_validation.pdf.gz | 504.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30499_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30499_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30499 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30499 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SbtA-SbtB complex
全体 | 名称: SbtA-SbtB complex |
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要素 |
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-超分子 #1: SbtA-SbtB complex
超分子 | 名称: SbtA-SbtB complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) 株: PCC 6803 substr. Kazusa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Slr1512 protein
分子 | 名称: Slr1512 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) 株: PCC 6803 substr. Kazusa |
分子量 | 理論値: 39.671246 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDFLSNFLTD FVGQLQSPTL AFLIGGMVIA ALGTQLVIPE AISTIIVFML LTKIGLTGGM AIRNSNLTEM LLPVAFSVIL GILIVFIAR FTLAKLPNVR TVDALATGGL FGAVSGSTMA AALTTLEESK ISYEAWAGAL YPFMDIPALV TAIVVANIYL N KRKRKSAA ...文字列: MDFLSNFLTD FVGQLQSPTL AFLIGGMVIA ALGTQLVIPE AISTIIVFML LTKIGLTGGM AIRNSNLTEM LLPVAFSVIL GILIVFIAR FTLAKLPNVR TVDALATGGL FGAVSGSTMA AALTTLEESK ISYEAWAGAL YPFMDIPALV TAIVVANIYL N KRKRKSAA ASIEESFSKQ PVAAGDYGDQ TDYPRTRQEY LSQQEPEDNR VKIWPIIEES LQGPALSAML LGLALGIFTK PE SVYEGFY DPLFRGLLSI LMLIMGMEAW SRIGELRKVA QWYVVYSLIA PIVHGFIAFG LGMIAHYATG FSLGGVVVLA VIA ASSSDI SGPPTLRAGI PSANPSAYIG SSTAIGTPIA IGVCIPLFIG LAQTLGAG |
-分子 #2: Membrane-associated protein slr1513
分子 | 名称: Membrane-associated protein slr1513 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) 株: PCC 6803 substr. Kazusa |
分子量 | 理論値: 12.02181 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAKPANKLVI VTEKILLKKI AKIIDESGAK GYTVMNTGGK GSRNVRSSGQ PNTSDIEANI KFEILTETRE MAEEIADRVA VKYFNDYAG IIYICSAEVL YGHTFCGPEG C |
-分子 #3: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #4: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: AMP |
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分子量 | 理論値: 347.221 Da |
Chemical component information | ChemComp-AMP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl pH=8.0, 300 mM NaCl, 5% glycerol |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7cyf: |