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- EMDB-30329: Mycobacterium smegmatis LpqY-SugABC complex in the pre-translocat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30329
タイトルMycobacterium smegmatis LpqY-SugABC complex in the pre-translocation state
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis LpqY-SugABC complex in the pre-translocation state
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial extracellular solute-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, ATP-binding protein SugCATP-binding cassette transporter
    • タンパク質・ペプチド: ABC sugar transporter, permease component
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, permease protein SugBATP-binding cassette transporter
キーワードABC transporter / Lipoprotein (リポタンパク質) / Trehalose (トレハロース) / Trehalose-specific importer / Mycobacteria (マイコバクテリウム属) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transport / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
MalK, OB fold domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial extracellular solute-binding protein ...MalK, OB fold domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter, ATP-binding protein SugC / ABC transporter, permease protein SugB / ABC transporter, permease protein SugA / Bacterial extracellular solute-binding protein / ABC sugar transporter, permease component
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liu F / Liang J
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFC0840300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structural basis of trehalose recycling by the ABC transporter LpqY-SugABC.
著者: Fengjiang Liu / Jingxi Liang / Bing Zhang / Yan Gao / Xiuna Yang / Tianyu Hu / Haitao Yang / Wenqing Xu / Luke W Guddat / Zihe Rao /
要旨: In bacteria, adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) importers are essential for the uptake of nutrients including the nonreducing disaccharide trehalose, a metabolite that is crucial ...In bacteria, adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) importers are essential for the uptake of nutrients including the nonreducing disaccharide trehalose, a metabolite that is crucial for the survival and virulence of several human pathogens including SugABC is an ABC transporter that translocates trehalose from the periplasmic lipoprotein LpqY into the cytoplasm of mycobacteria. Here, we report four high-resolution cryo-electron microscopy structures of the mycobacterial LpqY-SugABC complex to reveal how it binds and passes trehalose through the membrane to the cytoplasm. A unique feature observed in this system is the initial mode of capture of the trehalose at the LpqY interface. Uptake is achieved by a pivotal rotation of LpqY relative to SugABC, moving from an open and accessible conformation to a clamped conformation upon trehalose binding. These findings enrich our understanding as to how ABC transporters facilitate substrate transport across the membrane in Gram-positive bacteria.
履歴
登録2020年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
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  • 原子モデル: PDB-7caf
  • 表面レベル: 0.15
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30329.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.8972998 - 1.1613224
平均 (標準偏差)0.00027049225 (±0.027402248)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.880314.880314.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.8971.1610.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium smegmatis LpqY-SugABC complex in the pre-translocat...

全体名称: Mycobacterium smegmatis LpqY-SugABC complex in the pre-translocation state
要素
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis LpqY-SugABC complex in the pre-translocation state
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial extracellular solute-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, ATP-binding protein SugCATP-binding cassette transporter
    • タンパク質・ペプチド: ABC sugar transporter, permease component
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, permease protein SugBATP-binding cassette transporter

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超分子 #1: Mycobacterium smegmatis LpqY-SugABC complex in the pre-translocat...

超分子名称: Mycobacterium smegmatis LpqY-SugABC complex in the pre-translocation state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Bacterial extracellular solute-binding protein

分子名称: Bacterial extracellular solute-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 50.183086 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MRARRLCAAA VAAMAAASMV SACGSQTGGI VINYYTPANE EATFKAVANR CNEQLGGRFQ IAQRNLPKGA DDQRLQLARR LTGNDKSLD VMALDVVWTA EFAEAGWAVP LSEDPAGLAE ADATENTLPG PLETARWQDE LYAAPITTNT QLLWYRADLM P APPTTWDG ...文字列:
MRARRLCAAA VAAMAAASMV SACGSQTGGI VINYYTPANE EATFKAVANR CNEQLGGRFQ IAQRNLPKGA DDQRLQLARR LTGNDKSLD VMALDVVWTA EFAEAGWAVP LSEDPAGLAE ADATENTLPG PLETARWQDE LYAAPITTNT QLLWYRADLM P APPTTWDG MLDEANRLYR EGGPSWIAVQ GKQYEGMVVW FNTLLQSAGG QVLSDDGQRV TLTDTPEHRA ATVKALRIIK SV ATAPGAD PSITQTDENT ARLALEQGKA ALEVNWPYVL PSLLENAVKG GVSFLPLDGD PALQGSINDV GTFSPTDEQF DIA FDASKK VFGFAPYPGV NPDEPARVTL GGLNLAVAST SQHKAEAFEA IRCLRNVENQ RYTSIEGGLP AVRTSLYDDP AFQK KYPQY EIIRQQLTNA AVRPATPVYQ AVSTRMSATL APISDIDPER TADELTEAVQ KAIDGKGLIP

UniProtKB: Bacterial extracellular solute-binding protein

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分子 #2: ABC transporter, ATP-binding protein SugC

分子名称: ABC transporter, ATP-binding protein SugC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 43.702625 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MAEIVLDRVT KSYPDGAGGV RAAVKEFSMT IADGEFIILV GPSGCGKSTT LNMIAGLEEI TSGELRIGGE RVNEKAPKDR DIAMVFQSY ALYPHMTVRQ NIAFPLTLAK VPKAEIAAKV EETAKILDLS ELLDRKPGQL SGGQRQRVAM GRAIVRSPKA F LMDQPLSN ...文字列:
MAEIVLDRVT KSYPDGAGGV RAAVKEFSMT IADGEFIILV GPSGCGKSTT LNMIAGLEEI TSGELRIGGE RVNEKAPKDR DIAMVFQSY ALYPHMTVRQ NIAFPLTLAK VPKAEIAAKV EETAKILDLS ELLDRKPGQL SGGQRQRVAM GRAIVRSPKA F LMDQPLSN LDAKLRVQMR AEISRLQDRL GTTTVYVTHD QTEAMTLGDR VVVMLAGEVQ QIGTPDELYS SPANLFVAGF IG SPAMNFF PATRTDVGVR LPFGEVTLTP HMLDLLDKQA RPENIIVGIR PEHIEDSALL DGYARIRALT FSVRADIVES LGA DKYVHF TTEGAGAESA QLAELAADSG AGTNQFIARV SADSRVRTGE QIELAIDTTK LSIFDAATGL NLTRDITPTD PTEA AGPDA G

UniProtKB: ABC transporter, ATP-binding protein SugC

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分子 #3: ABC sugar transporter, permease component

分子名称: ABC sugar transporter, permease component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 32.73925 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MTAAVTPSAS AVASDDKKSE RRLAFWLIAP AVLLMLAVTA YPIGYAVWLS LQRYNLAEPH DTEFIGLANY VTVLTDGYWW TAFAVTLGI TVVSVAIEFA LGLALALVMH RTIFGKGAVR TAILIPYGIV TVAASYSWYY AWTPGTGYLA NLLPEGSAPL T DQLPSLAI ...文字列:
MTAAVTPSAS AVASDDKKSE RRLAFWLIAP AVLLMLAVTA YPIGYAVWLS LQRYNLAEPH DTEFIGLANY VTVLTDGYWW TAFAVTLGI TVVSVAIEFA LGLALALVMH RTIFGKGAVR TAILIPYGIV TVAASYSWYY AWTPGTGYLA NLLPEGSAPL T DQLPSLAI VVLAEVWKTT PFMALLLLAG LALVPQDLLN AAQVDGAGPW KRLTKVILPM IKPAILVALL FRTLDAFRIF DN IYILTGG SNDTGSVSIL GYDNLFKAFN VGLGSAISVL IFLSVAIIAF IYIKIFGAAA PGSDEEVR

UniProtKB: ABC sugar transporter, permease component

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分子 #4: ABC transporter, permease protein SugB

分子名称: ABC transporter, permease protein SugB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 29.839441 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MADRVDARRA TWWSVVNILV IVYALIPVLW ILSLSLKPTS SVKDGKLIPT EITFANYKAI FSGDAFTSAL FNSIGIGLIT TIIAVVIGG MAAYAVARLQ FPGKQLLIGV ALLIAMFPHI SLVTPIFNMW RGIGLFDTWP GLIIPYITFA LPLAIYTLSA F FREIPWDL ...文字列:
MADRVDARRA TWWSVVNILV IVYALIPVLW ILSLSLKPTS SVKDGKLIPT EITFANYKAI FSGDAFTSAL FNSIGIGLIT TIIAVVIGG MAAYAVARLQ FPGKQLLIGV ALLIAMFPHI SLVTPIFNMW RGIGLFDTWP GLIIPYITFA LPLAIYTLSA F FREIPWDL EKAAKMDGAT PAQAFRKVIA PLAAPGIVTA AILVFIFAWN DLLLALSLTA TQRAITAPVA IANFTGSSQF EE PTGSIAA GAMVITIPII IFVLIFQRRI VAGLTSGAVK G

UniProtKB: ABC transporter, permease protein SugB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 188042

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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