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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30322 | |||||||||
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タイトル | Coxsackievirus B1 F-particle | |||||||||
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![]() | Echovirus B / mature / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / positive stranded viral RNA replication / RNA-protein covalent cross-linking / : / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C ...: / positive stranded viral RNA replication / RNA-protein covalent cross-linking / : / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Feng R / Wang K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of Echovirus 30 in complex with its receptors inform a rational prediction for enterovirus receptor usage. 著者: Kang Wang / Ling Zhu / Yao Sun / Minhao Li / Xin Zhao / Lunbiao Cui / Li Zhang / George F Gao / Weiwei Zhai / Fengcai Zhu / Zihe Rao / Xiangxi Wang / ![]() 要旨: Receptor usage that determines cell tropism and drives viral classification closely correlates with the virus structure. Enterovirus B (EV-B) consists of several subgroups according to receptor ...Receptor usage that determines cell tropism and drives viral classification closely correlates with the virus structure. Enterovirus B (EV-B) consists of several subgroups according to receptor usage, among which echovirus 30 (E30), a leading causative agent for human aseptic meningitis, utilizes FcRn as an uncoating receptor. However, receptors for many EVs remain unknown. Here we analyzed the atomic structures of E30 mature virion, empty- and A-particles, which reveals serotype-specific epitopes and striking conformational differences between the subgroups within EV-Bs. Of these, the VP1 BC loop markedly distinguishes E30 from other EV-Bs, indicative of a role as a structural marker for EV-B. By obtaining cryo-electron microscopy structures of E30 in complex with its receptor FcRn and CD55 and comparing its homologs, we deciphered the underlying molecular basis for receptor recognition. Together with experimentally derived viral receptor identifications, we developed a structure-based in silico algorithm to inform a rational prediction for EV receptor usage. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 116.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 126.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 805.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 805.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.345 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Coxsackievirus B1
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Coxsackievirus B1
超分子 | 名称: Coxsackievirus B1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Particles purified from the cell cultures innoculated with the live CB1. NCBI-ID: 12071 / 生物種: Coxsackievirus B1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 30.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 31.247 KDa |
配列 | 文字列: GPVEESVERA MVRVADTVSS KPTNSESIPA LTAAETGHTS QVVPSDTMQT RHVKNYHSRS ESSIENFLCR SACVYYATYN NNSEKGYAE WVINTRQVAQ LLRRKLEFTY LRFDLELTFV ITSAQEPSTA TSVDAPVQTQ QIMYVPPGGP VPTKVTDYAW Q TSTNPSVF ...文字列: GPVEESVERA MVRVADTVSS KPTNSESIPA LTAAETGHTS QVVPSDTMQT RHVKNYHSRS ESSIENFLCR SACVYYATYN NNSEKGYAE WVINTRQVAQ LLRRKLEFTY LRFDLELTFV ITSAQEPSTA TSVDAPVQTQ QIMYVPPGGP VPTKVTDYAW Q TSTNPSVF WTEGNAPPRM SIPFISIGNA YSCFYDGWTQ FSRNGVYGIN TLNNMGTLYM RHVNEAGQGP IKSTVRIYFK PK HVKAWVP RPPRLCQYEK QKNVNFNPTG VTTTRSNITT T UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 29.125768 KDa |
配列 | 文字列: SPSAEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPE YLKDNEATGE DQPTQPDVAT CRFYTLESVQ WMKNSAGWWW KLPDALSQM GLFGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCSNLNN TPKFAELSGG DNARMFTDTE V GTSNDKKV ...文字列: SPSAEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPE YLKDNEATGE DQPTQPDVAT CRFYTLESVQ WMKNSAGWWW KLPDALSQM GLFGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCSNLNN TPKFAELSGG DNARMFTDTE V GTSNDKKV QTAVWNAGMG VGVGNLTIFP HQWINLRTNN SATIVMPYIN SVPMDNMYRH NNLTLMIIPF VPLNYSEGSS PY VPITVTI APMCAEYNGL RLASSQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.507973 KDa |
配列 | 文字列: GLPVMTTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMQIPGRV NNLMEIAEVD SVVPVNNTDN NVNGLKAYQI PVQSNSDNRR QVFGFPLQP GANNVLNRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GVPKNRRDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV ...文字列: GLPVMTTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMQIPGRV NNLMEIAEVD SVVPVNNTDN NVNGLKAYQI PVQSNSDNRR QVFGFPLQP GANNVLNRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GVPKNRRDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV PWISQTHYRY VVEDEYTAAG YVTCWYQTNI IVPADVQSTC DILCFVSACN DFSVRMLKDT PFIRQDNFYQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: VP4
分子 | 名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.367077 KDa |
配列 | 文字列: GAQVSTQKTG AHETGLNASG NSIIHYTNIN YYKDAASNSA NRQDFTQDPG KFTEPVKDIM IKSMPALN UniProtKB: VP4 |
-分子 #5: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PLM: |
-分子 #6: MYRISTIC ACID
分子 | 名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MYR |
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分子量 | 理論値: 228.371 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-MYR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 5568 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-7c9z: |