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万見
- EMDB-30303: E30 F-particle in complex with 4B10 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30303
タイトルE30 F-particle in complex with 4B10
マップデータ
試料
  • 複合体: E30 F-particle in complex with 4B10
    • 複合体: E30 F-particle in complex with 4B10
      • タンパク質・ペプチド: Light chain
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain
    • 複合体: E30 F-particle in complex with 4B10
      • タンパク質・ペプチド: VP1
      • タンパク質・ペプチド: VP2
      • タンパク質・ペプチド: VP3
      • タンパク質・ペプチド: VP4
  • リガンド: SPHINGOSINE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell cytoplasm / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Echovirus E30 (ウイルス) / Mouse (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang K / Zheng B / Zhang L / Cui L / Su X / Zhang Q / Guo Y / Zhu L / Zhu F / Rao Z / Wang X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesKJZD-SW-L05 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Serotype specific epitopes identified by neutralizing antibodies underpin immunogenic differences in Enterovirus B.
著者: Kang Wang / Binyang Zheng / Li Zhang / Lunbiao Cui / Xuan Su / Qian Zhang / Zhenxi Guo / Yu Guo / Wei Zhang / Ling Zhu / Fengcai Zhu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
要旨: Echovirus 30 (E30), a serotype of Enterovirus B (EV-B), recently emerged as a major causative agent of aseptic meningitis worldwide. E30 is particularly devastating in the neonatal population and ...Echovirus 30 (E30), a serotype of Enterovirus B (EV-B), recently emerged as a major causative agent of aseptic meningitis worldwide. E30 is particularly devastating in the neonatal population and currently no vaccine or antiviral therapy is available. Here we characterize two highly potent E30-specific monoclonal antibodies, 6C5 and 4B10, which efficiently block binding of the virus to its attachment receptor CD55 and uncoating receptor FcRn. Combinations of 6C5 and 4B10 augment the sum of their individual anti-viral activities. High-resolution structures of E30-6C5-Fab and E30-4B10-Fab define the location and nature of epitopes targeted by the antibodies. 6C5 and 4B10 engage the capsid loci at the north rim of the canyon and in-canyon, respectively. Notably, these regions exhibit antigenic variability across EV-Bs, highlighting challenges in development of broad-spectrum antibodies. Our structures of these neutralizing antibodies of E30 are instructive for development of vaccines and therapeutics against EV-B infections.
履歴
登録2020年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2020年9月16日-
現状2020年9月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7c80
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7c80
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30303.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 460 pix.
= 603.98 Å		1.31 Å/pix.
x 460 pix.
= 603.98 Å		1.31 Å/pix.
x 460 pix.
= 603.98 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.313 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.04586241 - 0.078852184
平均 (標準偏差)0.0000607643 (±0.0046068933)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 603.98 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3131.3131.313
M x/y/z460460460
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z603.980603.980603.980
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ434333
NX/NY/NZ116118137
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS460460460
D min/max/mean-0.0460.0790.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E30 F-particle in complex with 4B10

全体名称: E30 F-particle in complex with 4B10
要素
  • 複合体: E30 F-particle in complex with 4B10
    • 複合体: E30 F-particle in complex with 4B10
      • タンパク質・ペプチド: Light chain
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain
    • 複合体: E30 F-particle in complex with 4B10
      • タンパク質・ペプチド: VP1
      • タンパク質・ペプチド: VP2
      • タンパク質・ペプチド: VP3
      • タンパク質・ペプチド: VP4
  • リガンド: SPHINGOSINE

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超分子 #1: E30 F-particle in complex with 4B10

超分子名称: E30 F-particle in complex with 4B10 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

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超分子 #2: E30 F-particle in complex with 4B10

超分子名称: E30 F-particle in complex with 4B10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: E30 F-particle in complex with 4B10

超分子名称: E30 F-particle in complex with 4B10 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6
由来(天然)生物種: Echovirus E30 (ウイルス)

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分子 #1: Light chain

分子名称: Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 24.32683 KDa
配列文字列: DIELTQSPAT LSVTPGDSVS LSCRASQSIS NSLHWYQQRS HESPRRLIKT ASAEKAKSIS GIPSRFSVSR GNTSFTLSIN SVETEDFGM YFCQQAYAGS KLQPHTGAGT KLEIKRADAA PTVSIFPPSS EQLTSGGASV VCFLNNFYPK DINVKWKIDG S ERQNGVLN ...文字列:
DIELTQSPAT LSVTPGDSVS LSCRASQSIS NSLHWYQQRS HESPRRLIKT ASAEKAKSIS GIPSRFSVSR GNTSFTLSIN SVETEDFGM YFCQQAYAGS KLQPHTGAGT KLEIKRADAA PTVSIFPPSS EQLTSGGASV VCFLNNFYPK DINVKWKIDG S ERQNGVLN SWTDQDSKDS TYSMSSTLTL TKDEYERHNS YTCEATHKTS TSPIVKSFNR NEC

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分子 #2: Heavy chain

分子名称: Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 21.729221 KDa
配列文字列: QVQLQQSGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS SYWMHWVQTP EKRLEWVATI SSGGGDTYYG DSVKGPATIS RDNAKNTLYL QMSSLKSED TAMYACTGAG GSTYYFDYWG QGTTVTVSSP AAASTAASMV TLGCLVKGYF PEPVTVTWNS GSLSSGVHTF P AVLQSDLY ...文字列:
QVQLQQSGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS SYWMHWVQTP EKRLEWVATI SSGGGDTYYG DSVKGPATIS RDNAKNTLYL QMSSLKSED TAMYACTGAG GSTYYFDYWG QGTTVTVSSP AAASTAASMV TLGCLVKGYF PEPVTVTWNS GSLSSGVHTF P AVLQSDLY TLSSSVTVPS STWPSETVTC NVAHPASSTK VDKKIVPR

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分子 #3: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E30 (ウイルス)
分子量理論値: 33.091008 KDa
配列文字列: NDPESALNRA VGRVADTVAS GPVNTEQIPA LTAVETGHTS QVVPSDTMQT RHVINYHTRS ESSIENFMGR AACVYIAQYA TEKVNDELD RYTNWEITTR QVAQLRRKLE MFTYMRFDLE ITFVITSSQR TSTTYASDSP PLTHQVMYVP PGGPIPKSYE D FAWQTSTN ...文字列:
NDPESALNRA VGRVADTVAS GPVNTEQIPA LTAVETGHTS QVVPSDTMQT RHVINYHTRS ESSIENFMGR AACVYIAQYA TEKVNDELD RYTNWEITTR QVAQLRRKLE MFTYMRFDLE ITFVITSSQR TSTTYASDSP PLTHQVMYVP PGGPIPKSYE D FAWQTSTN PSVFWTEGNA PPRMSIPFMS VGNAYCNFYD GWSHFSQSGV YGYTTLNNMG HLYFRHVNKS TAYPVNSVAR VY FKPKHVK AWVPRAPRLC PYLKARNVNF NVQGVTESRN KITLDRSTHN PLANT

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分子 #4: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E30 (ウイルス)
分子量理論値: 28.878502 KDa
配列文字列: SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPT YLSDHEATAV DQPTQPDVAT CRFYTLESVK WESSSAGWWW KFPEALSDM GLFGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGAATTDH AFNHTKLSNI GQAMEFSAKK S TDQTGPQT ...文字列:
SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPT YLSDHEATAV DQPTQPDVAT CRFYTLESVK WESSSAGWWW KFPEALSDM GLFGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGAATTDH AFNHTKLSNI GQAMEFSAKK S TDQTGPQT AVHNAGMGVA VGNLTIFPHQ WINLRTNNSA TIVMPYINSV PMDNMYRHYN FTLMVIPFAK LEHSPQASTY VP ITVTVAP MCAEYNGLRL AGHQ

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分子 #5: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E30 (ウイルス)
分子量理論値: 26.157531 KDa
配列文字列: GLPTMNTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEIQIPGQV RNLMEIAEVD SVVPVNNTEG HVNSMEAYRI PVRPQTSSGE QVFGFQLQP GHDSVLKHTL LGEILNYYAN WSGSMKLTFM YCGAAMATGK FLIAYSPPGA GVPGSRRDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV ...文字列:
GLPTMNTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEIQIPGQV RNLMEIAEVD SVVPVNNTEG HVNSMEAYRI PVRPQTSSGE QVFGFQLQP GHDSVLKHTL LGEILNYYAN WSGSMKLTFM YCGAAMATGK FLIAYSPPGA GVPGSRRDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV PWISQTNYRY VTSDAYTDAG YITCWYQTSI VTPPDIPTTS TILCFVSACN DFSVRLLRDT PFITQQALFQ

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分子 #6: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Echovirus E30 (ウイルス)
分子量理論値: 7.6475 KDa
配列文字列:
(MYR)GAQVSTQKT GAHETGLNAS GNSIIHYTNI NYYKDSASNS LNRQDFTQDP SKFTEPVKDV MIKTLPALN

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分子 #7: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 998 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0025 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0012 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 18328
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 1841
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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