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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30196 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with Fab SIgN-3C at pH 5.0 | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with Fab SIgN-3C at pH 5.0 | |||||||||
試料 |
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キーワード | antibody / neutralization / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang S / Chew SV | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: A Human Antibody Neutralizes Different Flaviviruses by Using Different Mechanisms. 著者: Shuijun Zhang / Thomas Loy / Thiam-Seng Ng / Xin-Ni Lim / Shyn-Yun Valerie Chew / Ter Yong Tan / Meihui Xu / Victor A Kostyuchenko / Farhana Tukijan / Jian Shi / Katja Fink / Shee-Mei Lok / 要旨: Human antibody SIgN-3C neutralizes dengue virus (DENV) and Zika virus (ZIKV) differently. DENV:SIgN-3C Fab and ZIKV:SIgN-3C Fab cryoelectron microscopy (cryo-EM) complex structures show Fabs ...Human antibody SIgN-3C neutralizes dengue virus (DENV) and Zika virus (ZIKV) differently. DENV:SIgN-3C Fab and ZIKV:SIgN-3C Fab cryoelectron microscopy (cryo-EM) complex structures show Fabs crosslink E protein dimers at extracellular pH 8.0 condition and also when further incubated at acidic endosomal conditions (pH 8.0-6.5). We observe Fab binding to DENV (pH 8.0-5.0) prevents virus fusion, and the number of bound Fabs increase (from 120 to 180). For ZIKV, although there are already 180 copies of Fab at pH 8.0, virus structural changes at pH 5.0 are not inhibited. The immunoglobulin G (IgG):DENV structure at pH 8.0 shows both Fab arms bind to epitopes around the 2-fold vertex. On ZIKV, an additional Fab around the 5-fold vertex at pH 8.0 suggests one IgG arm would engage with an epitope, although the other may bind to other viruses, causing aggregation. For DENV2 at pH 5.0, a similar scenario would occur, suggesting DENV2:IgG complex would aggregate in the endosome. Hence, a single antibody employs different neutralization mechanisms against different flaviviruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30196.map.gz | 256.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30196-v30.xml emd-30196.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30196.png | 201 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30196.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30196 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30196 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30196_validation.pdf.gz | 608.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30196_full_validation.pdf.gz | 607.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30196_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30196_validation.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30196 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30196 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30196.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 290.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with Fab SIgN-3C at pH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.71 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of Dengue virus serotype 2 with SIgN-3C Fab
全体 | 名称: Complex of Dengue virus serotype 2 with SIgN-3C Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Dengue virus serotype 2 with SIgN-3C Fab
超分子 | 名称: Complex of Dengue virus serotype 2 with SIgN-3C Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: SIgN-3C Fab
超分子 | 名称: SIgN-3C Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) |
-超分子 #3: Dengue virus serotype 2
超分子 | 名称: Dengue virus serotype 2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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-分子 #1: SIgN-3C Fab heavy chain
分子 | 名称: SIgN-3C Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.448958 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVQSGPD VEKPGASVKV SCKASGYTFT SNYIHWVRQA PGQGLEWMGV INPRGGSTAS AQKFQGRITM TRDTSTSTVY MELSSLRSD DTAVYYCARG GRALFYDSYT TPRDGGSWWF DPWGQGSLVT VSS |
-分子 #2: SIgN-3C Fab light chain
分子 | 名称: SIgN-3C Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.832145 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQLTQSPSS LSASVGDRVT FTCQASQDIR KYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLKTGVPS RFSGSGSGTD FTFTISSLQP EDVATYYCQ QFDDLPITFG QGTRLQIK |
-分子 #3: Dengue serotype 2 E protein ectodomain
分子 | 名称: Dengue serotype 2 E protein ectodomain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 43.691195 KDa |
配列 | 文字列: MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KHPATLRKYC VEAKLTNTTT ASRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMEGKV VQPENLEYTI VITPHSGEEN AVGNDTGKHG K EIKVTPQS ...文字列: MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KHPATLRKYC VEAKLTNTTT ASRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMEGKV VQPENLEYTI VITPHSGEEN AVGNDTGKHG K EIKVTPQS SITEAELTGY GTVTMECSPR TGLDFNEMVL LQMENKAWLV HRQWFLDLPL PWLPGADTQG SNWIQKETLV TF KNPHAKK QDVVVLGSQE GAMHTALTGA TEIQMSSGNL LFTGHLKCRL RMDKLQLKGM SYSMCTGKFK VVKEIAETQH GTI VIRVQY EGDGSPCKIP FEIMDLEKRH VLGRLITVNP IVTEKDSPVN IEAEPPFGDS YIIIGVEPGQ LKLSWFKK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8181 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |