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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3013 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of Cowpea Mosaic Virus containing RNA-1 (CPMVb) | |||||||||
![]() | Single particle reconstruction of wild type Cowpea mosaic virus containing RNA-1 (CPMVb) | |||||||||
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![]() | CPMV / virus / comoviridae / picornavirales. | |||||||||
機能・相同性 | ![]() transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | |||||||||
![]() | Hesketh EL / Meshcheriakova Y / Dent KC / Saxena P / Thompson R / Reddy V / Cockburn JJ / Lomonossoff GP / Ranson NA | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanisms of assembly and genome packaging in an RNA virus revealed by high-resolution cryo-EM. 著者: Emma L Hesketh / Yulia Meshcheriakova / Kyle C Dent / Pooja Saxena / Rebecca F Thompson / Joseph J Cockburn / George P Lomonossoff / Neil A Ranson / ![]() 要旨: Cowpea mosaic virus is a plant-infecting member of the Picornavirales and is of major interest in the development of biotechnology applications. Despite the availability of >100 crystal structures of ...Cowpea mosaic virus is a plant-infecting member of the Picornavirales and is of major interest in the development of biotechnology applications. Despite the availability of >100 crystal structures of Picornavirales capsids, relatively little is known about the mechanisms of capsid assembly and genome encapsidation. Here we have determined cryo-electron microscopy reconstructions for the wild-type virus and an empty virus-like particle, to 3.4 Å and 3.0 Å resolution, respectively, and built de novo atomic models of their capsids. These new structures reveal the C-terminal region of the small coat protein subunit, which is essential for virus assembly and which was missing from previously determined crystal structures, as well as residues that bind to the viral genome. These observations allow us to develop a new model for genome encapsidation and capsid assembly. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 199.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 488.7 KB | ||
その他 | ![]() | 165.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 347.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 346.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single particle reconstruction of wild type Cowpea mosaic virus containing RNA-1 (CPMVb) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: emd 3013 additional 1.map
ファイル | emd_3013_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cowpea mosaic virus containing RNA-1
全体 | 名称: Cowpea mosaic virus containing RNA-1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Cowpea mosaic virus containing RNA-1
超分子 | 名称: Cowpea mosaic virus containing RNA-1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 3.71 MDa |
-超分子 #1: Cowpea mosaic virus
超分子 | 名称: Cowpea mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: CPMV / 詳細: Wild-type virus containing RNA-1 / NCBI-ID: 12264 / 生物種: Cowpea mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: CPMV |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 3.71 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 280 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5.8 mg/mL |
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グリッド | 詳細: 200 mesh quantifoil grids with 2 um holes, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 94 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 90 K / 最高: 90 K |
日付 | 2014年11月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1754 / 平均電子線量: 45 e/Å2 詳細: Images are averages of 16 images recorded on a Falcon II direct detector |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 134615 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 134615 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |