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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29920 | |||||||||
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タイトル | Cardiac amyloid fibrils extracted from a wild-type ATTR amyloidosis patient | |||||||||
マップデータ | Main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transthyretin / Amyloidosis / Systemic amyloidosis / ATTR / Cardiac / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen BA / Saelices L | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cardiac amyloid fibrils extracted from a wild-type ATTR amyloidosis patient 著者: Nguyen BA / Saelices L | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29920.map.gz | 49.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29920-v30.xml emd-29920.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29920_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29920.png | 85.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29920.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_29920_additional_1.map.gz emd_29920_half_map_1.map.gz emd_29920_half_map_2.map.gz | 5.5 MB 49.5 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29920 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29920 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29920_validation.pdf.gz | 774.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29920_full_validation.pdf.gz | 774.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29920_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29920_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29920 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29920 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29920.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.946 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: post-processed map
ファイル | emd_29920_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | post-processed map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 1
ファイル | emd_29920_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 2
ファイル | emd_29920_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : cardiac amyloid fibril of wild-type transthyretin amyloidosis
全体 | 名称: cardiac amyloid fibril of wild-type transthyretin amyloidosis |
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要素 |
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-超分子 #1: cardiac amyloid fibril of wild-type transthyretin amyloidosis
超分子 | 名称: cardiac amyloid fibril of wild-type transthyretin amyloidosis タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Heart / 組織: Cardiac |
-分子 #1: Transthyretin
分子 | 名称: Transthyretin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Heart / 組織: Cardiac |
分子量 | 理論値: 15.904984 KDa |
配列 | 文字列: MASHRLLLLC LAGLVFVSEA GPTGTGESKC PLMVKVLDAV RGSPAINVAV HVFRKAADDT WEPFASGKTS ESGELHGLTT EEEFVEGIY KVEIDTKSYW KALGISPFHE HAEVVFTAND SGPRRYTIAA LLSPYSYSTT AVVTNPKE UniProtKB: Transthyretin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: fibrils are in water |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Purified by water extraction |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8243 / 平均露光時間: 4.98 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: Similar structure |
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詳細 | Initial fitting was done using Coot with rigid body fit, then real space refinement for better fitting |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 71.63 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-8gbr: |