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万見
- PDB-8gbr: Cardiac amyloid fibrils extracted from a wild-type ATTR amyloidos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gbr
タイトルCardiac amyloid fibrils extracted from a wild-type ATTR amyloidosis patient
要素Transthyretin
キーワードPROTEIN FIBRIL / Transthyretin / Amyloidosis / Systemic amyloidosis / ATTR / Cardiac
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nguyen, B.A. / Saelices, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1DP2HL163810-01 米国
American Heart Association847236 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM confirms a common fibril fold in the heart of four patients with ATTRwt amyloidosis.
著者: Binh An Nguyen / Virender Singh / Shumaila Afrin / Preeti Singh / Maja Pekala / Yasmin Ahmed / Rose Pedretti / Jacob Canepa / Andrew Lemoff / Barbara Kluve-Beckerman / Pawel M Wydorski / ...著者: Binh An Nguyen / Virender Singh / Shumaila Afrin / Preeti Singh / Maja Pekala / Yasmin Ahmed / Rose Pedretti / Jacob Canepa / Andrew Lemoff / Barbara Kluve-Beckerman / Pawel M Wydorski / Farzeen Chhapra / Lorena Saelices /
要旨: ATTR amyloidosis results from the conversion of transthyretin into amyloid fibrils that deposit in tissues causing organ failure and death. This conversion is facilitated by mutations in ATTRv ...ATTR amyloidosis results from the conversion of transthyretin into amyloid fibrils that deposit in tissues causing organ failure and death. This conversion is facilitated by mutations in ATTRv amyloidosis, or aging in ATTRwt amyloidosis. ATTRv amyloidosis exhibits extreme phenotypic variability, whereas ATTRwt amyloidosis presentation is consistent and predictable. Previously, we found unique structural variabilities in cardiac amyloid fibrils from polyneuropathic ATTRv-I84S patients. In contrast, cardiac fibrils from five genotypically different patients with cardiomyopathy or mixed phenotypes are structurally homogeneous. To understand fibril structure's impact on phenotype, it is necessary to study the fibrils from multiple patients sharing genotype and phenotype. Here we show the cryo-electron microscopy structures of fibrils extracted from four cardiomyopathic ATTRwt amyloidosis patients. Our study confirms that they share identical conformations with minimal structural variability, consistent with their homogenous clinical presentation. Our study contributes to the understanding of ATTR amyloidosis biopathology and calls for further studies.
履歴
登録2023年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.32024年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / em_admin
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
C: Transthyretin
D: Transthyretin
E: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5255
ポリマ－79,5255
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 15904.984 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: Heart / Plasmid details: Transthyretin amyloidosis / 組織: Cardiac / 参照: UniProt: P02766

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: cardiac amyloid fibril of wild-type transthyretin amyloidosis
タイプ: TISSUE / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: extracellular / 器官: Heart / 組織: Cardiac
緩衝液pH: 7 / 詳細: fibrils are in water
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Purified by water extraction
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 4.98 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8243

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN22.31粒子像選択
4RELION3.1CTF補正CTFFIND-4.1
7Coot0.9.8.1モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX20モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -1.245 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.898 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50584 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 71.63 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Initial fitting was done using Coot with rigid body fit, then real space refinement for better fitting
原子モデル構築PDB-ID: 8E7D

8e7d


PDB chain-ID: A / Accession code: 8E7D / 詳細: Similar structure / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0043715
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5485055
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.971500
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05595
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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