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- EMDB-29892: Structure of the yeast (HDAC) Rpd3L complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29892
タイトルStructure of the yeast (HDAC) Rpd3L complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Rpd3L
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SDS3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SIN3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SAP30
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein PHO23
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein RXT2
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein DEP1
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase RPD3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein RXT3
  • リガンド: ZINC ION
キーワードHDAC / Silencing / chromatin / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of inositol biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylserine biosynthetic process / positive regulation of phosphatidylserine biosynthetic process / : / negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / positive regulation of inositol biosynthetic process / regulation of invasive growth in response to glucose limitation / PI5P Regulates TP53 Acetylation / conjugation with cellular fusion / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process ...negative regulation of inositol biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylserine biosynthetic process / positive regulation of phosphatidylserine biosynthetic process / : / negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / positive regulation of inositol biosynthetic process / regulation of invasive growth in response to glucose limitation / PI5P Regulates TP53 Acetylation / conjugation with cellular fusion / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / invasive growth in response to glucose limitation / Rpd3L complex / protein localization to nucleolar rDNA repeats / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3S complex / SUMOylation of transcription cofactors / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / HDACs deacetylate histones / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / histone deacetylase / cellular response to nitrogen starvation / SUMOylation of chromatin organization proteins / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / histone deacetylase activity / Sin3-type complex / Estrogen-dependent gene expression / histone deacetylase complex / positive regulation of macroautophagy / Ub-specific processing proteases / meiotic cell cycle / transcription coregulator activity / methylated histone binding / nuclear periphery / transcription elongation by RNA polymerase II / G1/S transition of mitotic cell cycle / heterochromatin formation / G2/M transition of mitotic cell cycle / histone deacetylase binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / transcription corepressor activity / nucleosome assembly / chromatin organization / cellular response to heat / transcription coactivator activity / response to oxidative stress / cell division / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulatory protein RXT2, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Transcriptional regulatory protein Rxt2 / RXT2-like, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Histone deacetylase complex subunit SAP30/SAP30-like / Histone deacetylase complex subunit SAP30, Sin3 binding domain / SAP30, C-terminal domain superfamily / Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30 / Sds3-like ...Transcriptional regulatory protein RXT2, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Transcriptional regulatory protein Rxt2 / RXT2-like, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Histone deacetylase complex subunit SAP30/SAP30-like / Histone deacetylase complex subunit SAP30, Sin3 binding domain / SAP30, C-terminal domain superfamily / Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30 / Sds3-like / Sds3-like / Sds3-like / Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / Histone deacetylase / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulatory protein SIN3 / Transcriptional regulatory protein DEP1 / Histone deacetylase RPD3 / Transcriptional regulatory protein RXT2 / Transcriptional regulatory protein SAP30 / Transcriptional regulatory protein SDS3 / Transcriptional regulatory protein PHO23 / Transcriptional regulatory protein RXT3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Patel AB / Radhakrishnan I / He Y
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135651 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM144559 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01CA092584 米国
American Heart Association17GRNT33680167 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae Rpd3L histone deacetylase complex.
著者: Avinash B Patel / Jinkang Qing / Kelly H Tam / Sara Zaman / Maria Luiso / Ishwar Radhakrishnan / Yuan He /
要旨: The Rpd3L histone deacetylase (HDAC) complex is an ancient 12-subunit complex conserved in a broad range of eukaryotes that performs localized deacetylation at or near sites of recruitment by DNA- ...The Rpd3L histone deacetylase (HDAC) complex is an ancient 12-subunit complex conserved in a broad range of eukaryotes that performs localized deacetylation at or near sites of recruitment by DNA-bound factors. Here we describe the cryo-EM structure of this prototypical HDAC complex that is characterized by as many as seven subunits performing scaffolding roles for the tight integration of the only catalytic subunit, Rpd3. The principal scaffolding protein, Sin3, along with Rpd3 and the histone chaperone, Ume1, are present in two copies, with each copy organized into separate lobes of an asymmetric dimeric molecular assembly. The active site of one Rpd3 is completely occluded by a leucine side chain of Rxt2, while the tips of the two lobes and the more peripherally associated subunits exhibit varying levels of flexibility and positional disorder. The structure reveals unexpected structural homology/analogy between unrelated subunits in the fungal and mammalian complexes and provides a foundation for deeper interrogations of structure, biology, and mechanism of these complexes, as well as for the discovery of HDAC complex-specific inhibitors.
履歴
登録2023年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29892.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 76.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.652 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.040165387 - 0.07303285
平均 (標準偏差)0.000010551469 (±0.0014616768)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ272272272
Spacing272272272
セルA=B=C: 449.344 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29892_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_29892_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_29892_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rpd3L

全体名称: Rpd3L
要素
  • 複合体: Rpd3L
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SDS3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SIN3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SAP30
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein PHO23
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein RXT2
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein DEP1
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase RPD3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein RXT3
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Rpd3L

超分子名称: Rpd3L / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Transcriptional regulatory protein SDS3

分子名称: Transcriptional regulatory protein SDS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 37.685301 KDa
配列文字列: MAIQKVSNKD LSRKDKRRFN IESKVNKIYQ NFYSERDNQY KDRLTALQTD LTSLHQGDNG QYARQVRDLE EERDLELVRL RLFEEYRVS RSGIEFQEDI EKAKAEHEKL IKLCKERLYS SIEQKIKKLQ EERLLMDVAN VHSYAMNYSR PQYQKNTRSH T VSGWDSSS ...文字列:
MAIQKVSNKD LSRKDKRRFN IESKVNKIYQ NFYSERDNQY KDRLTALQTD LTSLHQGDNG QYARQVRDLE EERDLELVRL RLFEEYRVS RSGIEFQEDI EKAKAEHEKL IKLCKERLYS SIEQKIKKLQ EERLLMDVAN VHSYAMNYSR PQYQKNTRSH T VSGWDSSS NEYGRDTANE SATDTGAGND RRTLRRRNAS KDTRGNNNNQ DESDFQTGNG SGSNGHGSRQ GSQFPHFNNL TY KSGMNSD SDFLQGINEG TDLYAFLFGE KNPKDNANGN EKKKNRGAQR YSTKTAPPLQ SLKPDEVTED ISLIRELTGQ PPA PFRLRS D

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein SDS3

+
分子 #2: Transcriptional regulatory protein SIN3

分子名称: Transcriptional regulatory protein SIN3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 175.047266 KDa
配列文字列: MSQVWHNSNS QSNDVATSND ATGSNERNEK EPSLQGNKPG FVQQQQRITL PSLSALSTKE EDRRDSNGQQ ALTSHAAHIL GYPPPHSNA MPSIATDSAL KQPHEYHPRP KSSSSSPSIN ASLMNAGPAP LPTVGAASFS LSRFDNPLPI KAPVHTEEPK S YNGLQEEE ...文字列:
MSQVWHNSNS QSNDVATSND ATGSNERNEK EPSLQGNKPG FVQQQQRITL PSLSALSTKE EDRRDSNGQQ ALTSHAAHIL GYPPPHSNA MPSIATDSAL KQPHEYHPRP KSSSSSPSIN ASLMNAGPAP LPTVGAASFS LSRFDNPLPI KAPVHTEEPK S YNGLQEEE KATQRPQDCK EVPAGVQPAD APDPSSNHAD ANDDNNNNEN SHDEDADYRP LNVKDALSYL EQVKFQFSSR PD IYNLFLD IMKDFKSQAI DTPGVIERVS TLFRGYPILI QGFNTFLPQG YRIECSSNPD DPIRVTTPMG TTTVNNNISP SGR GTTDAQ ELGSFPESDG NGVQQPSNVP MVPSSVYQSE QNQDQQQSLP LLATSSGLPS IQQPEMPAHR QIPQSQSLVP QEDA KKNVD VEFSQAISYV NKIKTRFADQ PDIYKHFLEI LQTYQREQKP INEVYAQVTH LFQNAPDLLE DFKKFLPDSS ASANQ QVQH AQQHAQQQHE AQMHAQAQAQ AQAQAQVEQQ KQQQQFLYPA SGYYGHPSNR GIPQQNLPPI GSFSPPTNGS TVHEAY QDQ QHMQPPHFMP LPSIVQHGPN MVHQGIANEN PPLSDLRTSL TEQYAPSSIQ HQQQHPQSIS PIANTQYGDI PVRPEID LD PSIVPVVPEP TEPIENNISL NEEVTFFEKA KRYIGNKHLY TEFLKILNLY SQDILDLDDL VEKVDFYLGS NKELFTWF K NFVGYQEKTK CIENIVHEKH RLDLDLCEAF GPSYKRLPKS DTFMPCSGRD DMCWEVLNDE WVGHPVWASE DSGFIAHRK NQYEETLFKI EEERHEYDFY IESNLRTIQC LETIVNKIEN MTENEKANFK LPPGLGHTSM TIYKKVIRKV YDKERGFEII DALHEHPAV TAPVVLKRLK QKDEEWRRAQ REWNKVWREL EQKVFFKSLD HLGLTFKQAD KKLLTTKQLI SEISSIKVDQ T NKKIHWLT PKPKSQLDFD FPDKNIFYDI LCLADTFITH TTAYSNPDKE RLKDLLKYFI SLFFSISFEK IEESLYSHKQ NV SESSGSD DGSSIASRKR PYQQEMSLLD ILHRSRYQKL KRSNDEDGKV PQLSEPPEEE PNTIEEEELI DEEAKNPWLT GNL VEEANS QGIIQNRSIF NLFANTNIYI FFRHWTTIYE RLLEIKQMNE RVTKEINTRS TVTFAKDLDL LSSQLSEMGL DFVG EDAYK QVLRLSRRLI NGDLEHQWFE ESLRQAYNNK AFKLYTIDKV TQSLVKHAHT LMTDAKTAEI MALFVKDRNA STTSA KDQI IYRLQVRSHM SNTENMFRIE FDKRTLHVSI QYIALDDLTL KEPKADEDKW KYYVTSYALP HPTEGIPHEK LKIPFL ERL IEFGQDIDGT EVDEEFSPEG ISVSTLKIKI QPITYQLHIE NGSYDVFTRK ATNKYPTIAN DNTQKGMVSQ KKELISK FL DCAVGLRNNL DEAQKLSMQK KWENLKDSIA KTSAGNQGIE SETEKGKITK QEQSDNLDSS TASVLPASIT TVPQDDNI E TTGNTESSDK GAKIQ

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein SIN3

+
分子 #3: Transcriptional regulatory protein SAP30

分子名称: Transcriptional regulatory protein SAP30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 23.064215 KDa
配列文字列: MARPVNTNAE TESRGRPTQG GGYASNNNGS CNNNNGSNNN NNNNNNNNNN SNNSNNNNGP TSSGRTNGKQ RLTAAQQQYI KNLIETHIT DNHPDLRPKS HPMDFEEYTD AFLRRYKDHF QLDVPDNLTL QGYLLGSKLG AKTYSYKRNT QGQHDKRIHK R DLANVVRR ...文字列:
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UniProtKB: Transcriptional regulatory protein SAP30

+
分子 #4: Transcriptional regulatory protein PHO23

分子名称: Transcriptional regulatory protein PHO23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 37.08143 KDa
配列文字列: MSSPANLFPG LNDITDVLEE FPLATSRYLT LLHEIDAKCV HSMPNLNERI DKFLKKDFNK DHQTQVRLLN NINKIYEELM PSLEEKMHV SSIMLDNLDR LTSRLELAYE VAIKNTEIPR GLRLGVDNHP AMHLHHELME KIESKSNSKS SQALKSESRR E AMAANRRQ ...文字列:
MSSPANLFPG LNDITDVLEE FPLATSRYLT LLHEIDAKCV HSMPNLNERI DKFLKKDFNK DHQTQVRLLN NINKIYEELM PSLEEKMHV SSIMLDNLDR LTSRLELAYE VAIKNTEIPR GLRLGVDNHP AMHLHHELME KIESKSNSKS SQALKSESRR E AMAANRRQ GEHYSASTHQ QDDSKNDANY GGSRHESQDH TGNNTNSRKR ANAANTNNAD PETKKRKRRV ATTAVSPSTI ST ATAVNNG RIGTSTASRG VSSVGNSNNS RISRPKTNDY GEPLYCYCNQ VAYGEMVGCD GADCELEWFH LPCIGLETLP KGK WYCDDC KKKL

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein PHO23

+
分子 #5: Transcriptional regulatory protein RXT2

分子名称: Transcriptional regulatory protein RXT2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 48.684082 KDa
配列文字列: MTIRSSMKNN AELESKSVLA NESNIISTFT RRIIKEKSGN YQVLKRSLDG KLIYPEATGI SSNRGNKLLQ RSEVVTRRDL NNSKPMIEQ TVFYNGSEHR LLQTNIVTDS RRKRIKFTPD INVEPVLVGD ENDIDGSEKE DENITDEYYG EEDDDDLSKL V NVKEILTP ...文字列:
MTIRSSMKNN AELESKSVLA NESNIISTFT RRIIKEKSGN YQVLKRSLDG KLIYPEATGI SSNRGNKLLQ RSEVVTRRDL NNSKPMIEQ TVFYNGSEHR LLQTNIVTDS RRKRIKFTPD INVEPVLVGD ENDIDGSEKE DENITDEYYG EEDDDDLSKL V NVKEILTP ILSLGDIINH KTISRTFSSP ILKNLALQII LMIEKEQMSV VRYSQFLEVF LGDHPEPIYE SNLNLPSYNH NL TLPEDRG ASDEDDINNK NNINEVNSNS LSTEAGHINN GMEEFGEEDP FFALPRLEQS NALLSLLPSS SGSASISTLT AAE QQQLNE EIESARQLSQ IALQRNKEFI RNLQKIRKSV IKANRIRGRI LNWSREYLGI SDDDITIPVA LRVVKRGLIS ATTN KTTNF EEEIENTMED GVVDDNEPDE EANRA

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein RXT2

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分子 #6: Transcriptional regulatory protein DEP1

分子名称: Transcriptional regulatory protein DEP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 47.035723 KDa
配列文字列: MSQQTPQESE QTTAKEQDLD QESVLSNIDF NTDLNHNLNL SEYCISSDAG TEKMDSDEEK SLANLPELKY APKLSSLVKQ ETLTESLKR PHEDEKEAID EAKKMKVPGE NEDESKEEEK SQELEEAIDS KEKSTDARDE QGDEGDNEEE NNEEDNENEN E HTAPPALV ...文字列:
MSQQTPQESE QTTAKEQDLD QESVLSNIDF NTDLNHNLNL SEYCISSDAG TEKMDSDEEK SLANLPELKY APKLSSLVKQ ETLTESLKR PHEDEKEAID EAKKMKVPGE NEDESKEEEK SQELEEAIDS KEKSTDARDE QGDEGDNEEE NNEEDNENEN E HTAPPALV MPSPIEMEEQ RMTALKEITD IEYKFAQLRQ KLYDNQLVRL QTELQMCLEG SHPELQVYYS KIAAIRDYKL HR AYQRQKY ELSCINTETI ATRTFIHQDF HKKVTDLRAR LLNRTTQTWY DINKERRDMD IVIPDVNYHV PIKLDNKTLS CIT GYASAA QLCYPGEPVA EDLACESIEY RYRANPVDKL EVIVDRMRLN NEISDLEGLR KYFHSFPGAP ELNPLRDSEI NDDF HQWAQ

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein DEP1

+
分子 #7: Histone deacetylase RPD3

分子名称: Histone deacetylase RPD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone deacetylase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 48.961957 KDa
配列文字列: MVYEATPFDP ITVKPSDKRR VAYFYDADVG NYAYGAGHPM KPHRIRMAHS LIMNYGLYKK MEIYRAKPAT KQEMCQFHTD EYIDFLSRV TPDNLEMFKR ESVKFNVGDD CPVFDGLYEY CSISGGGSME GAARLNRGKC DVAVNYAGGL HHAKKSEASG F CYLNDIVL ...文字列:
MVYEATPFDP ITVKPSDKRR VAYFYDADVG NYAYGAGHPM KPHRIRMAHS LIMNYGLYKK MEIYRAKPAT KQEMCQFHTD EYIDFLSRV TPDNLEMFKR ESVKFNVGDD CPVFDGLYEY CSISGGGSME GAARLNRGKC DVAVNYAGGL HHAKKSEASG F CYLNDIVL GIIELLRYHP RVLYIDIDVH HGDGVEEAFY TTDRVMTCSF HKYGEFFPGT GELRDIGVGA GKNYAVNVPL RD GIDDATY RSVFEPVIKK IMEWYQPSAV VLQCGGDSLS GDRLGCFNLS MEGHANCVNY VKSFGIPMMV VGGGGYTMRN VAR TWCFET GLLNNVVLDK DLPYNEYYEY YGPDYKLSVR PSNMFNVNTP EYLDKVMTNI FANLENTKYA PSVQLNHTPR DAED LGDVE EDSAEAKDTK GGSQYARDLH VEHDNEFY

UniProtKB: Histone deacetylase RPD3

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分子 #8: Transcriptional regulatory protein RXT3

分子名称: Transcriptional regulatory protein RXT3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 33.851535 KDa
配列文字列: MSVSEQDPNR AYRETQSQIY KLQETLLNSA RTKNKQEEGQ ESNTHSFPEQ YMHYQNGRNS AYDLPNVSSQ SVLAFTEKHY PNKLKNLGT LYYNRFKEGS FDEDSTSYSD RHSFPYNLYD NTLPPPFLPA IGIQNINNIA TLKITYEDIQ ASFNNIESPR K RNNEIWGC ...文字列:
MSVSEQDPNR AYRETQSQIY KLQETLLNSA RTKNKQEEGQ ESNTHSFPEQ YMHYQNGRNS AYDLPNVSSQ SVLAFTEKHY PNKLKNLGT LYYNRFKEGS FDEDSTSYSD RHSFPYNLYD NTLPPPFLPA IGIQNINNIA TLKITYEDIQ ASFNNIESPR K RNNEIWGC DIYSDDSDPI LVLRHCGFKI GAPSGGSFHK LRRTPVNVTN QDNVTGNLPL LEGTPFDLEV ELLFLPTLQK YP SVKRFDI TSREWGSEAT VIHDGLSYGI YSIVIKQRLD RDKPHEPNGY IKNLKWT

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein RXT3

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分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 210993
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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