+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29779 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Porcine epidemic diarrhea virus core polymerase complex | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | Coronavirus / nsp12 / RNA polymerase / PEDV / REPLICATION | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell membrane / viral genome replication / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...host cell membrane / viral genome replication / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Anderson TK / Kirchdoerfer RN | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: An alphacoronavirus polymerase structure reveals conserved co-factor functions. 著者: Thomas K Anderson / Peter J Hoferle / Kenneth W Lee / Joshua J Coon / Robert N Kirchdoerfer / 要旨: Coronaviruses are a diverse subfamily of viruses containing pathogens of humans and animals. This subfamily of viruses replicates their RNA genomes using a core polymerase complex composed of viral ...Coronaviruses are a diverse subfamily of viruses containing pathogens of humans and animals. This subfamily of viruses replicates their RNA genomes using a core polymerase complex composed of viral non-structural proteins: nsp7, nsp8 and nsp12. Most of our understanding of coronavirus molecular biology comes from the betacoronaviruses like SARS-CoV and SARS-CoV-2, the latter of which is the causative agent of COVID-19. In contrast, members of the alphacoronavirus genus are relatively understudied despite their importance in human and animal health. Here we have used cryo-electron microscopy to determine the structure of the alphacoronavirus porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) core polymerase complex bound to RNA. Our structure shows an unexpected nsp8 stoichiometry in comparison to other published coronavirus polymerase structures. Biochemical analysis shows that the N-terminal extension of one nsp8 is not required for RNA synthesis for alpha and betacoronaviruses as previously hypothesized. Our work shows the importance of studying diverse coronaviruses to reveal aspects of coronavirus replication while also identifying areas of conservation to be targeted by antiviral drugs. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29779.map.gz | 32.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-29779-v30.xml emd-29779.xml | 21.8 KB 21.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29779_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29779.png | 63 KB | ||
マスクデータ | emd_29779_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-29779.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_29779_half_map_1.map.gz emd_29779_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29779 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29779_validation.pdf.gz | 911.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_29779_full_validation.pdf.gz | 910.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29779_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29779_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29779 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8g6rMC 8urbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29779_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29779_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29779_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Core replication complex of porcine epidemic diarrhea virus compo...
全体 | 名称: Core replication complex of porcine epidemic diarrhea virus composed of nsp12, nsp7, nsp8, and a short RNA substrate |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Core replication complex of porcine epidemic diarrhea virus compo...
超分子 | 名称: Core replication complex of porcine epidemic diarrhea virus composed of nsp12, nsp7, nsp8, and a short RNA substrate タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
分子量 | 理論値: 185 KDa |
-分子 #1: nsp12
分子 | 名称: nsp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
分子量 | 理論値: 104.939398 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DMAYLNRVRG SSAARLEPCN GTDTQHVYRA FDIYNKDVAC LGKFLKVNCV RLKNLDKHDA FYVVKRCTKS AMEHEQSIYS RLEKCGAVA EHDFFTWKDG RAIYGNVCRK DLTEYTMMDL CYALRNFDEN NCDVLKSILI KVGACEESYF NNKVWFDPVE N EDIHRVYA ...文字列: DMAYLNRVRG SSAARLEPCN GTDTQHVYRA FDIYNKDVAC LGKFLKVNCV RLKNLDKHDA FYVVKRCTKS AMEHEQSIYS RLEKCGAVA EHDFFTWKDG RAIYGNVCRK DLTEYTMMDL CYALRNFDEN NCDVLKSILI KVGACEESYF NNKVWFDPVE N EDIHRVYA LLGTIVSRAM LKCVKFCDAM VEQGIVGVVT LDNQDLNGDF YDFGDFTCSI KGMGIPICTS YYSYMMPVMG MT NCLASEC FVKSDIFGED FKSYDLLEYD FTEHKTALFN KYFKYWGLQY HPNCVDCSDE QCIVHCANFN TLFSTTIPIT AFG PLCRKC WIDGVPLVTT AGYHFKQLGI VWNNDLNLHS SRLSINELLQ FCSDPALLIA SSPALVDQRT VCFSVAALGT GMTN QTVKP GHFNKEFYDF LLEQGFFSEG SELTLKHFFF AQKGDAAVKD FDYYRYNRPT VLDICQARVV YQIVQRYFDI YEGGC ITAK EVVVTNLNKS AGYPLNKFGK AGLYYESLSY EEQDELYAYT KRNILPTMTQ LNLKYAISGK ERARTVGGVS LLSTMT TRQ YHQKHLKSIV NTRGASVVIG TTKFYGGWDN MLKNLIDGVE NPCLMGWDYP KCDRALPNMI RMISAMILGS KHTTCCS ST DRFFRLCNEL AQVLTEVVYS NGGFYLKPGG TTSGDATTAY ANSVFNIFQA VSANVNKLLS VDSNVCHNLE VKQLQRKL Y ECCYRSTTVD DQFVVEYYGY LRKHFSMMIL SDDGVVCYNN DYASLGYVAD LNAFKAVLYY QNNVFMSASK CWIEPDINK GPHEFCSQHT MQIVDKDGTY YLPYPDPSRI LSAGVFVDDV VKTDAVVLLE RYVSLAIDAY PLSKHENPEY KKVFYVLLDW VKHLYKTLN AGVLESFSVT LLEDSTAKFW DESFYANMYE KS UniProtKB: ORF1ab polyprotein |
-分子 #2: nsp8
分子 | 名称: nsp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
分子量 | 理論値: 12.561573 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: RKSKVVSAMH SLLFGMLRRL DMSSVDTILN LAKDGVVPLS VIPAVSATKL NIVTSDIDSY NRIQREGCVH YAGTIWNIID IKDNDGKVV HVKEVTAQNA ESLSWPLVLG CERIV UniProtKB: ORF1ab polyprotein |
-分子 #3: nsp7
分子 | 名称: nsp7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
分子量 | 理論値: 6.88201 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: KLTDIKCSNV VLLGCLSSMN VSANSTEWAY CVDLHNKINL CNDPEKAQEM LLALLAFFLS KN UniProtKB: ORF1ab polyprotein |
-分子 #4: RNA (5'-R(P*AP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*AP...
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*AP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*CP*A)-3') タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 6.406927 KDa |
配列 | 文字列: AAGAAGCUAU UAAAAUCACA |
-分子 #5: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*UP*GP*UP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*CP...
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*UP*GP*UP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*CP*UP*U)-3') タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 6.364735 KDa |
配列 | 文字列: GGUUGUGAUU UUAAUAGCUU |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |