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- EMDB-29552: Structure of NOT1:NOT10:NOT11 module of the chicken CCR4-NOT complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29552
タイトルStructure of NOT1:NOT10:NOT11 module of the chicken CCR4-NOT complex
マップデータDeepEMhancer map
試料
  • 複合体: NOT1:NOT10:NOT11
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 11
キーワードmRNA degradation / gene expression / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Deadenylation of mRNA / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / CCR4-NOT complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / mRNA catabolic process / negative regulation of translation / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 10 / CCR4-NOT transcription complex subunit 11 / CCR4-NOT transcription complex subunit 11 / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 11 / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Lea SM / Deme JC / Raisch T / Levdansky Y / Valkov E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structure and assembly of the NOT10:11 module of the CCR4-NOT complex.
著者: Yevgen Levdansky / Tobias Raisch / Justin C Deme / Filip Pekovic / Hans Elmlund / Susan M Lea / Eugene Valkov /
要旨: NOT1, NOT10, and NOT11 form a conserved module in the CCR4-NOT complex, critical for post-transcriptional regulation in eukaryotes, but how this module contributes to the functions of the CCR4-NOT ...NOT1, NOT10, and NOT11 form a conserved module in the CCR4-NOT complex, critical for post-transcriptional regulation in eukaryotes, but how this module contributes to the functions of the CCR4-NOT remains poorly understood. Here, we present cryo-EM structures of human and chicken NOT1:NOT10:NOT11 ternary complexes to sub-3 Å resolution, revealing an evolutionarily conserved, flexible structure. Through biochemical dissection studies, which include the Drosophila orthologs, we show that the module assembly is hierarchical, with NOT11 binding to NOT10, which then organizes it for binding to NOT1. A short proline-rich motif in NOT11 stabilizes the entire module assembly.
履歴
登録2023年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29552.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29552.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.723 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.232
最小 - 最大-0.034580972 - 1.8915489
平均 (標準偏差)0.0007278938 (±0.017536482)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 277.632 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29552_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_29552_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_29552_additional_2.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_29552_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_29552_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NOT1:NOT10:NOT11

全体名称: NOT1:NOT10:NOT11
要素
  • 複合体: NOT1:NOT10:NOT11
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 11

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超分子 #1: NOT1:NOT10:NOT11

超分子名称: NOT1:NOT10:NOT11 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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分子 #1: CCR4-NOT transcription complex subunit 1

分子名称: CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 76.422859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNLDSLSLAL SQISYLVDNL TKKNYRASQQ EIQHIVNRHG PEADRHLLRC LFSHVDFSGD GKSSGKDFHQ TQFLIQECAS LITKPNFIS TLSYAIDNPL HYQKSLKPSP HLFAQLSKVI KLSKVQEVIF GLALLNSFSS DLRGFAAQFI KQKLPDLLRS Y IDADVSGN ...文字列:
MNLDSLSLAL SQISYLVDNL TKKNYRASQQ EIQHIVNRHG PEADRHLLRC LFSHVDFSGD GKSSGKDFHQ TQFLIQECAS LITKPNFIS TLSYAIDNPL HYQKSLKPSP HLFAQLSKVI KLSKVQEVIF GLALLNSFSS DLRGFAAQFI KQKLPDLLRS Y IDADVSGN QEGGFQDIAI EVLHLLLSHL LFGQKGAFGV GQEQIDAFLK TLRRDFPQER CPVVLAPLLY PEKRDILMDR IL PDSGGIA KTMMESSLAD FMQEVGYGFC TSIEECRNII MQFGVREVTA AQVARVLGMM ARTHSGLTDG IPLQSISAPG SGI WSDGKD KSDGAQAHTW NVEVLIDVLK ELNPSLDFKV VTYELDHPGF QIRDSKGLHI VVFGIQRGLG MEVFPVNAIY RPWK HAEGQ LSFIQHSLIN PDIFCFADYP CHAVTTDILK APPEDDNREI ATWKSLDLIE SLLRLAEVGQ YEQVKQLFSF PIKHC PDML VLALLQINTS WHTLRHELIS TLMPIFLGNH PNSAIILHYA WHGQGQSPSI RQLIMHAMAE WYMRGEQYDQ AKLSRI LDV AQDLKALSML LNGTPFAFVI DLAALASRRE YLKLDKWLTD KIREHGEPFI QACMTFLKRR CPSILGGLAP EKDQPKS AQ LPPETLATML ACLQACAGSV SQELSETILT MVANCSNVMN

UniProtKB: UNIPROTKB: E1C1B8

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分子 #2: CCR4-NOT transcription complex subunit 10

分子名称: CCR4-NOT transcription complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 75.955148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDQEKELSSS ALQAFLAGNY DACLQHLNTL QDINKDDYKI TLNTAVAEFC KSNQTTTDNL RQTLNQLKNQ VHSAVEEMDG LDDVENSML YYNQAVILYH LRQYTEAISV GEKLYQFIEP FEEKFAQAVC FLLVDLYLLT YQAEKALHLL AVLEKMISQG N NNSKNGKN ...文字列:
MDQEKELSSS ALQAFLAGNY DACLQHLNTL QDINKDDYKI TLNTAVAEFC KSNQTTTDNL RQTLNQLKNQ VHSAVEEMDG LDDVENSML YYNQAVILYH LRQYTEAISV GEKLYQFIEP FEEKFAQAVC FLLVDLYLLT YQAEKALHLL AVLEKMISQG N NNSKNGKN ESGNNTNKDS SNQKAESGAL IEVAKSKIHQ YKVRAYIQMK SLKACKREIK SVMNTAGNSA PSLFLKSNFE YL RGNYRKA VKLLNSANIA EHPGFMKTGE CLRCMFWNNL GCIHFAMGKH NLGIFYFKKA LQENDNACAQ LGTGSSDPGK KFS GRPMCT LLTNKRYELL YNCGIQLLHI GRPLAAFECL IEAVQVYHSN PRLWLRIAEC CIAANKGTSE QETKGLPSKK GIVQ SIVGQ GYHRKIVLAS QSIQNVVYND GQSSAIPVAS MEFAAICLRN ALLLLPEDQQ EPKQENGSKP NNQLGGNTEN SESSE ACSN KSHEGDKFIA APPSSPLKKQ ELENLRCSIL ACSAYVALAL GDNLMALNHA DKLLQQPKLS GSLKFLGHLY AAEALI SLD RISDAITHLN PENVTDVSLT VSSNEQDQGS DKGENEAMES SGKQTPQCYP SSVTSARTMM LFNLGSAYCL RSEYDKA RK CLHQAASLIH PKEIPPEAIL LAVYLELQNG NTQLALQIIK RNQ

UniProtKB: CCR4-NOT transcription complex subunit 10

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分子 #3: CCR4-NOT transcription complex subunit 11

分子名称: CCR4-NOT transcription complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 51.950637 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLERMSLSPK ELTSLLGIVS EEAGGSTFEG LSSAFHHYFG KAEHFRLGSV LVLLLQQPDL LPSPAQRLTA LYLLWEMYRT EPLAANPFA AVFAHLLNPA PERGGDEAER TPLSGFLPPI TPPEKFFLSQ LMLAPPRELF KKTPRQIAAM DVGNMAQSLG I SGLQLALA ...文字列:
MLERMSLSPK ELTSLLGIVS EEAGGSTFEG LSSAFHHYFG KAEHFRLGSV LVLLLQQPDL LPSPAQRLTA LYLLWEMYRT EPLAANPFA AVFAHLLNPA PERGGDEAER TPLSGFLPPI TPPEKFFLSQ LMLAPPRELF KKTPRQIAAM DVGNMAQSLG I SGLQLALA ERQSELPTQS KASFPSILSD PDPDSSNSGF DSSVASQITE ALVSGPKPPI ESHFRPEFIR PPPPLHICED EL AWLNPIE PDHTIQWDKS MCVKNSTGVE IKRIMAKAFK SPLTSPQQTQ LLGELEKDPK LVYHIGLTPA KLPDLVENNP LVA IEMLLK LMQSSQITEY FSVLVNMDMS LHSMEVVNRL TTAVDLPPEF IHLYISNCIS TCEQIKDKYM QNRLVRLVCV FLQS LIRNK IINVQDLFIE VQAFCIEFSR IREAAGLFRL LKTLDTGSEN LYFQGSGAMG SGSGHHHHHH GT

UniProtKB: CCR4-NOT transcription complex subunit 11

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.25 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.31) / 使用した粒子像数: 17295060
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.31)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.31)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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