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万見
- EMDB-29451: Tracing p2 phiPA3 PhuN Tetramer Interfaces -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29451
タイトルTracing p2 phiPA3 PhuN Tetramer Interfaces
マップデータCore PhuN tetramer processed with larger mask and an interior mask to better resolve contacts made between tetramers.
試料
  • 複合体: Core tetramer assembly (p2) of the phiPA3 bacteriophage PhuN protein with neighboring subunits
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, phiPA3 PhuN
キーワードphiPA3 protein / shell protein / PhuN / phage nucleus / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / host cell cytoplasm / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chimallin / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage PhiPA3 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.21 Å
データ登録者Nieweglowska ES / Brilot AF / Mendez-Moran M / Kokontis C / Baek M / Li J / Cheng Y / Baker D / Bondy-Denomy J / Agard DA
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Department of Health & Human Services (HHS)R35GM118099 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The ϕPA3 phage nucleus is enclosed by a self-assembling 2D crystalline lattice.
著者: Eliza S Nieweglowska / Axel F Brilot / Melissa Méndez-Moran / Claire Kokontis / Minkyung Baek / Junrui Li / Yifan Cheng / David Baker / Joseph Bondy-Denomy / David A Agard /
要旨: To protect themselves from host attack, numerous jumbo bacteriophages establish a phage nucleus-a micron-scale, proteinaceous structure encompassing the replicating phage DNA. Bacteriophage and host ...To protect themselves from host attack, numerous jumbo bacteriophages establish a phage nucleus-a micron-scale, proteinaceous structure encompassing the replicating phage DNA. Bacteriophage and host proteins associated with replication and transcription are concentrated inside the phage nucleus while other phage and host proteins are excluded, including CRISPR-Cas and restriction endonuclease host defense systems. Here, we show that nucleus fragments isolated from ϕPA3 infected Pseudomonas aeruginosa form a 2-dimensional lattice, having p2 or p4 symmetry. We further demonstrate that recombinantly purified primary Phage Nuclear Enclosure (PhuN) protein spontaneously assembles into similar 2D sheets with p2 and p4 symmetry. We resolve the dominant p2 symmetric state to 3.9 Å by cryo-EM. Our structure reveals a two-domain core, organized into quasi-symmetric tetramers. Flexible loops and termini mediate adaptable inter-tetramer contacts that drive subunit assembly into a lattice and enable the adoption of different symmetric states. While the interfaces between subunits are mostly well packed, two are open, forming channels that likely have functional implications for the transport of proteins, mRNA, and small molecules.
履歴
登録2023年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29451.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Core PhuN tetramer processed with larger mask and an interior mask to better resolve contacts made between tetramers.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.325
最小 - 最大-2.3450756 - 4.0027924
平均 (標準偏差)-0.0099512385 (±0.15693985)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 427.008 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29451_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29451_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Core tetramer assembly (p2) of the phiPA3 bacteriophage PhuN prot...

全体名称: Core tetramer assembly (p2) of the phiPA3 bacteriophage PhuN protein with neighboring subunits
要素
  • 複合体: Core tetramer assembly (p2) of the phiPA3 bacteriophage PhuN protein with neighboring subunits
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, phiPA3 PhuN

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超分子 #1: Core tetramer assembly (p2) of the phiPA3 bacteriophage PhuN prot...

超分子名称: Core tetramer assembly (p2) of the phiPA3 bacteriophage PhuN protein with neighboring subunits
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage PhiPA3 (ファージ)

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分子 #1: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, phiPA3 PhuN

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, phiPA3 PhuN
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage PhiPA3 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHMKIE EGKLVIWING DKGYNGLAEV GKKFEKDTGI KVTVEHPDKL EEKFPQVAAT GDGPDIIFWA HDRFGGYAQS GLLAEITPDK AFQDKLYPFT WDAVRYNGKL IAYPIAVEAL SLIYNKDLLP NPPKTWEEIP ALDKELKAKG KSALMFNLQE PYFTWPLIAA ...文字列:
HHHHHHMKIE EGKLVIWING DKGYNGLAEV GKKFEKDTGI KVTVEHPDKL EEKFPQVAAT GDGPDIIFWA HDRFGGYAQS GLLAEITPDK AFQDKLYPFT WDAVRYNGKL IAYPIAVEAL SLIYNKDLLP NPPKTWEEIP ALDKELKAKG KSALMFNLQE PYFTWPLIAA DGGYAFKYEN GKYDIKDVGV DNAGAKAGLT FLVDLIKNKH MNADTDYSIA EAAFNKGETA MTINGPWAWS NIDTSKVNYG VTVLPTFKGQ PSKPFVGVLS AGINAASPNK ELAKEFLENY LLTDEGLEAV NKDKPLGAVA LKSYEEELAK DPRIAATMEN AQKGEIMPNI PQMSAFWYAV RTAVINAASG RQTVDEALKD AQTGKPIPNP LLGLDSTENL YFQGMQQTQQ GPKVQTQTLQ GGAGNLNSIF QRSGRTDGGD ARASEALAVF NKLKEEAIAQ QDLHDDFLVF RFDRDQNRVG YSALLVVKRA AINGQQVIVT RPLVMPNDQI TLPTKKLTIQ NGMHQETIEA EADVQDVFTT QYWNRICDSI RQQTGKHDAM VINAGPTVIP ADFDLKDELV LKQLLIKSVN LCDDMLAKRS GEQPFSVAML KGTDETLAAR LNFTGKPMHD SLGYPIRSDI LVSLNRVKKP GQQENEFYEA EDKLNQVSCF VNLEYTPQPQ QAIYGAPQQT QQLPPLTPAI VITDVRQAEW LKANTMELYL FALSNAFRVT ANQSWARSLL PQLGKVKDMR DIGAIGYLSR LAARVETKTE TFTDQNFAEL LYNMVRPSPV FMSDLNRFGD NAAIENVFID ALGGVNQQRA VAAIIAGVNN LIGGGFEKFF DHNTMPIIQP YGTDIQLGYY LDGEGEKQDR RDLDVLGALN ASDGNIQEWM SWYGTQCNVA VHPELRARQS KNFDRQYLGN SVTYTTRAHR GIWNPKFIEA LDKAIASVGL TVAMDNVAQV FGAQRFSGNL AIADYAVTGT AQVSSGLVSN GGYNPQFGVG QGSGFY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMBisTrisPropane
150.0 mMSodium Chloride
1.0 mMDTT
1.0 mMEDTA
2.0 mMMagnesium Chloride
1.0 mMATP

詳細: 0.25 Complete Protease Inhibitor Tablet also included
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 67.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0-beta) / 使用した粒子像数: 161270
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.15.0) / ソフトウェア - 詳細: Ab-Initio Reconstruction
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0-beta)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8fv5:
Representation of 16-mer phiPA3 PhuN Lattice, p2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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