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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29451 | |||||||||
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タイトル | Tracing p2 phiPA3 PhuN Tetramer Interfaces | |||||||||
マップデータ | Core PhuN tetramer processed with larger mask and an interior mask to better resolve contacts made between tetramers. | |||||||||
試料 |
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キーワード | phiPA3 protein / shell protein / PhuN / phage nucleus / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / host cell cytoplasm / periplasmic space / DNA damage response / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage PhiPA3 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.21 Å | |||||||||
データ登録者 | Nieweglowska ES / Brilot AF / Mendez-Moran M / Kokontis C / Baek M / Li J / Cheng Y / Baker D / Bondy-Denomy J / Agard DA | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: The ϕPA3 phage nucleus is enclosed by a self-assembling 2D crystalline lattice. 著者: Eliza S Nieweglowska / Axel F Brilot / Melissa Méndez-Moran / Claire Kokontis / Minkyung Baek / Junrui Li / Yifan Cheng / David Baker / Joseph Bondy-Denomy / David A Agard / 要旨: To protect themselves from host attack, numerous jumbo bacteriophages establish a phage nucleus-a micron-scale, proteinaceous structure encompassing the replicating phage DNA. Bacteriophage and host ...To protect themselves from host attack, numerous jumbo bacteriophages establish a phage nucleus-a micron-scale, proteinaceous structure encompassing the replicating phage DNA. Bacteriophage and host proteins associated with replication and transcription are concentrated inside the phage nucleus while other phage and host proteins are excluded, including CRISPR-Cas and restriction endonuclease host defense systems. Here, we show that nucleus fragments isolated from ϕPA3 infected Pseudomonas aeruginosa form a 2-dimensional lattice, having p2 or p4 symmetry. We further demonstrate that recombinantly purified primary Phage Nuclear Enclosure (PhuN) protein spontaneously assembles into similar 2D sheets with p2 and p4 symmetry. We resolve the dominant p2 symmetric state to 3.9 Å by cryo-EM. Our structure reveals a two-domain core, organized into quasi-symmetric tetramers. Flexible loops and termini mediate adaptable inter-tetramer contacts that drive subunit assembly into a lattice and enable the adoption of different symmetric states. While the interfaces between subunits are mostly well packed, two are open, forming channels that likely have functional implications for the transport of proteins, mRNA, and small molecules. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29451.map.gz | 473.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29451-v30.xml emd-29451.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29451_fsc.xml | 23.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29451.png | 85.7 KB | ||
その他 | emd_29451_half_map_1.map.gz emd_29451_half_map_2.map.gz | 162.4 MB 162.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29451 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29451 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29451_validation.pdf.gz | 992.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29451_full_validation.pdf.gz | 992.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29451_validation.xml.gz | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29451_validation.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29451 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29451 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Core PhuN tetramer processed with larger mask and an interior mask to better resolve contacts made between tetramers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29451_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29451_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Core tetramer assembly (p2) of the phiPA3 bacteriophage PhuN prot...
全体 | 名称: Core tetramer assembly (p2) of the phiPA3 bacteriophage PhuN protein with neighboring subunits |
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要素 |
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-超分子 #1: Core tetramer assembly (p2) of the phiPA3 bacteriophage PhuN prot...
超分子 | 名称: Core tetramer assembly (p2) of the phiPA3 bacteriophage PhuN protein with neighboring subunits タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage PhiPA3 (ファージ) |
-分子 #1: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, phiPA3 PhuN
分子 | 名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, phiPA3 PhuN タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage PhiPA3 (ファージ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: HHHHHHMKIE EGKLVIWING DKGYNGLAEV GKKFEKDTGI KVTVEHPDKL EEKFPQVAAT GDGPDIIFWA HDRFGGYAQS GLLAEITPDK AFQDKLYPFT WDAVRYNGKL IAYPIAVEAL SLIYNKDLLP NPPKTWEEIP ALDKELKAKG KSALMFNLQE PYFTWPLIAA ...文字列: HHHHHHMKIE EGKLVIWING DKGYNGLAEV GKKFEKDTGI KVTVEHPDKL EEKFPQVAAT GDGPDIIFWA HDRFGGYAQS GLLAEITPDK AFQDKLYPFT WDAVRYNGKL IAYPIAVEAL SLIYNKDLLP NPPKTWEEIP ALDKELKAKG KSALMFNLQE PYFTWPLIAA DGGYAFKYEN GKYDIKDVGV DNAGAKAGLT FLVDLIKNKH MNADTDYSIA EAAFNKGETA MTINGPWAWS NIDTSKVNYG VTVLPTFKGQ PSKPFVGVLS AGINAASPNK ELAKEFLENY LLTDEGLEAV NKDKPLGAVA LKSYEEELAK DPRIAATMEN AQKGEIMPNI PQMSAFWYAV RTAVINAASG RQTVDEALKD AQTGKPIPNP LLGLDSTENL YFQGMQQTQQ GPKVQTQTLQ GGAGNLNSIF QRSGRTDGGD ARASEALAVF NKLKEEAIAQ QDLHDDFLVF RFDRDQNRVG YSALLVVKRA AINGQQVIVT RPLVMPNDQI TLPTKKLTIQ NGMHQETIEA EADVQDVFTT QYWNRICDSI RQQTGKHDAM VINAGPTVIP ADFDLKDELV LKQLLIKSVN LCDDMLAKRS GEQPFSVAML KGTDETLAAR LNFTGKPMHD SLGYPIRSDI LVSLNRVKKP GQQENEFYEA EDKLNQVSCF VNLEYTPQPQ QAIYGAPQQT QQLPPLTPAI VITDVRQAEW LKANTMELYL FALSNAFRVT ANQSWARSLL PQLGKVKDMR DIGAIGYLSR LAARVETKTE TFTDQNFAEL LYNMVRPSPV FMSDLNRFGD NAAIENVFID ALGGVNQQRA VAAIIAGVNN LIGGGFEKFF DHNTMPIIQP YGTDIQLGYY LDGEGEKQDR RDLDVLGALN ASDGNIQEWM SWYGTQCNVA VHPELRARQS KNFDRQYLGN SVTYTTRAHR GIWNPKFIEA LDKAIASVGL TVAMDNVAQV FGAQRFSGNL AIADYAVTGT AQVSSGLVSN GGYNPQFGVG QGSGFY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
詳細: 0.25 Complete Protease Inhibitor Tablet also included | ||||||||||||||
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8fv5: |