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- EMDB-29426: Chaetomium thermophilum SETX - NPPC internal deletion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29426
タイトルChaetomium thermophilum SETX - NPPC internal deletion
マップデータSETX-NPPC main map
試料
  • 複合体: Chaemtomium thermophilum SETX in complex with ADP
    • タンパク質・ペプチド: 5'-3' RNA helicase-like protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードHelicase / TRANSCRIPTION / DNA repair / RNA-DNA hybrid
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription termination site sequence-specific DNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / helicase activity / nuclear body / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Helicase Sen1, N-terminal / SEN1 N terminal / : / DNA2/NAM7-like helicase / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-3' RNA helicase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類) / Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Williams RS / Appel CD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES102765 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Sen1 architecture: RNA-DNA hybrid resolution, autoregulation, and insights into SETX inactivation in AOA2.
著者: C Denise Appel / Oya Bermek / Venkata P Dandey / Makayla Wood / Elizabeth Viverette / Jason G Williams / Jonathan Bouvette / Amanda A Riccio / Juno M Krahn / Mario J Borgnia / R Scott Williams /
要旨: The senataxin (SETX, Sen1 in yeasts) RNA-DNA hybrid resolving helicase regulates multiple nuclear transactions, including DNA replication, transcription, and DNA repair, but the molecular basis for ...The senataxin (SETX, Sen1 in yeasts) RNA-DNA hybrid resolving helicase regulates multiple nuclear transactions, including DNA replication, transcription, and DNA repair, but the molecular basis for Sen1 activities is ill defined. Here, Sen1 cryoelectron microscopy (cryo-EM) reconstructions reveal an elongated inchworm-like architecture. Sen1 is composed of an amino terminal helical repeat Sen1 N-terminal (Sen1N) regulatory domain that is flexibly linked to its C-terminal SF1B helicase motor core (Sen1) via an intrinsically disordered tether. In an autoinhibited state, the Sen1 domain regulates substrate engagement by promoting occlusion of the RNA substrate-binding cleft. The X-ray structure of an activated Sen1 engaging single-stranded RNA and ADP-SO shows that the enzyme encircles RNA and implicates a single-nucleotide power stroke in the Sen1 RNA translocation mechanism. Together, our data unveil dynamic protein-protein and protein-RNA interfaces underpinning helicase regulation and inactivation of human SETX activity by RNA-binding-deficient mutants in ataxia with oculomotor apraxia 2 neurodegenerative disease.
履歴
登録2023年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月25日-
マップ公開2023年10月25日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29426.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29426.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SETX-NPPC main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8576 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.2707534 - 3.0489736
平均 (標準偏差)-0.0001658626 (±0.04358486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 343.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: SETX-NPPC half map A

ファイルemd_29426_half_map_1.map
注釈SETX-NPPC half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: SETX-NPPC half map B

ファイルemd_29426_half_map_2.map
注釈SETX-NPPC half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chaemtomium thermophilum SETX in complex with ADP

全体名称: Chaemtomium thermophilum SETX in complex with ADP
要素
  • 複合体: Chaemtomium thermophilum SETX in complex with ADP
    • タンパク質・ペプチド: 5'-3' RNA helicase-like protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Chaemtomium thermophilum SETX in complex with ADP

超分子名称: Chaemtomium thermophilum SETX in complex with ADP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

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分子 #1: 5'-3' RNA helicase-like protein

分子名称: 5'-3' RNA helicase-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: engineered fragment: internal deletion and C-terminal truncation,engineered fragment: internal deletion and C-terminal truncation
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 190.931109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MENNDLYQAA IGWYRAFEDC PPELHLCCPK VDDDDYATYD EPDVVDDSGV PVEEKKRRIS AYEERFQNVY NLSILLGLGK EVAGPWLDE WTRAVDSLLK KCDTCVRNWH RNRDPYLKAL HLSPEQVTYL QSKLDEFDRQ RITEGLQRAK AILEQYGPMS T VKLVDHDM ...文字列:
MENNDLYQAA IGWYRAFEDC PPELHLCCPK VDDDDYATYD EPDVVDDSGV PVEEKKRRIS AYEERFQNVY NLSILLGLGK EVAGPWLDE WTRAVDSLLK KCDTCVRNWH RNRDPYLKAL HLSPEQVTYL QSKLDEFDRQ RITEGLQRAK AILEQYGPMS T VKLVDHDM SAVLALYEAL CSLPYLARPE HQPLFDFVFE NTQRKKPLRM QGGIIPSMTL FLFDESPVRR RFAETAWENR QP GSITAQE WDWAISGRLA DQIVSLSFNR LQTLPPGQKI LRFWSGFLFI LHALSEKQII NSLRAMEVSP SIYFLALEHL GTN SDEALA MVLRALQELM EKSSKAFWQA LEQVPPNQLV EEIFKSAAFR PLLNKSLRPE LLVTEGDSQV PALAAWMRAL VRSL PSTSW SDLCETSLRH LFETFRSDQA VDQSGRATCT LAGLVTLQQC LDGFLQQDSI DTGTGLIMVN QLLNRVVNYS EIIIR AASL KPGDIYNVGI SKAAMAIIHS ALALDAKATE VEWAALIAEK PVQDAVNRDS GALWETFLEM LWAGQLGHFE LAKAML MAT LRLRSIEQFI PKRKEQLKRE LDKFNKRYQQ QTTAIGKMLN RLTDFEPEVL DKLCSDPRGQ TIHPIVSSLI HGEDAIR EA GFQLLKAITS ESQPSDAVGR MLEVYFTPFL NAFSQAVDKL TATKDANSPW SHMIPILKCS DFVLTGLCDP SSGQLRRK V LTTEEHAAVK RWWECVWQAV DHSFRMMRIW HIKIDKKVME DFCRDVMELG NKLLAQDGVM ASSLAQESGE DAISKAMRE VLDPPRKCSY SLADMLQLRD KYLVMGIIET IKKLLSRLQE NEMNLPQRTR GHLDSMLKKT KQRDGRMDYL TKTNLTDVQR IELLKALGE DAVIEEQFMG TKPGLEVLFQ GPLEVLFQGP MKILRSAKDM RARLIPPMDV LHQAILEWDI FHEGNDPPNG Y RCGNVSDT YPDPYSYKQT FFPLLINEAW RSFVTAKDET TSKPFGIKVL SRMTVDKFME VTAAVPAQIS KDRGLTEGDI VI ISKGEDP LNQPQELHCL SRIWKTTYKK DTVEVVYRLN AKGNQILPAL TPGSEFQVVK ITNMTTIERE YAALESLQYY DLM DEILKA QPSPMLTFGD EAIKAVMDNY QLNPGQARAI LNAKENDGFT LIQGPPGTGK TKTIVAMVGC LLTGVLKSSN TGAV QISRP GAGPTNGTAP SKKLLVCAPS NAAVDELVLR LKAGVKTMNG TFHKIEVLRL GRSDVINAAV KDVTLDELVK ARMDA ELSK NSSPSERDQL HKEAGEIKAK LAEIRPQLDA ARLSDDRASA MKLQREFDEL KRRQAHIGAK IDADKASGNT YARETE IKR RQIQQEILDK AQVLCATLSG SGHEMFKNLN VEFETVIIDE AAQCVELSAL IPLKYGCNKC ILVGDPKQLP PTVLSQS AA KYGYDQSLFV RMQKNHPKDV HLLDMQYRMH PEISRFPSKE FYEGLLQDGA DMARLRLQPW HQSVLLGPYR FFDVKGSQ E RGPKNQSLVN EEEVKVAMQL YMRFRSDYRD IDLTGKIGII TPYKAQLQRL RQKFVERYGE SITEQIEFNT TDAFQGREC EIIIFSCVRA SPTGGIGFMT DIRRMNVGLT RARSSLWILG DSRALVQGEF WAKLIEDAKQ RDRYTNGNIM ALLSQPGPRV SLESLAKQ

UniProtKB: 5'-3' RNA helicase-like protein, 5'-3' RNA helicase-like protein

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 471395
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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