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- PDB-8ftm: Setx-ssRNA-ADP-SO4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ftm
タイトルSetx-ssRNA-ADP-SO4 complex
要素
  • 5'-3' RNA helicase-like protein
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / Helicase / TRANSCRIPTION-RNA complex / DNA repair / RNA-DNA hybrid
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription termination site sequence-specific DNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / helicase activity / nuclear body / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Helicase Sen1, N-terminal / : / SEN1 N terminal / Helicase SEN1 beta-barrel domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / 5'-3' RNA helicase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Williams, R.S. / Appel, C.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES102765 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Sen1 architecture: RNA-DNA hybrid resolution, autoregulation, and insights into SETX inactivation in AOA2.
著者: C Denise Appel / Oya Bermek / Venkata P Dandey / Makayla Wood / Elizabeth Viverette / Jason G Williams / Jonathan Bouvette / Amanda A Riccio / Juno M Krahn / Mario J Borgnia / R Scott Williams /
要旨: The senataxin (SETX, Sen1 in yeasts) RNA-DNA hybrid resolving helicase regulates multiple nuclear transactions, including DNA replication, transcription, and DNA repair, but the molecular basis for ...The senataxin (SETX, Sen1 in yeasts) RNA-DNA hybrid resolving helicase regulates multiple nuclear transactions, including DNA replication, transcription, and DNA repair, but the molecular basis for Sen1 activities is ill defined. Here, Sen1 cryoelectron microscopy (cryo-EM) reconstructions reveal an elongated inchworm-like architecture. Sen1 is composed of an amino terminal helical repeat Sen1 N-terminal (Sen1N) regulatory domain that is flexibly linked to its C-terminal SF1B helicase motor core (Sen1) via an intrinsically disordered tether. In an autoinhibited state, the Sen1 domain regulates substrate engagement by promoting occlusion of the RNA substrate-binding cleft. The X-ray structure of an activated Sen1 engaging single-stranded RNA and ADP-SO shows that the enzyme encircles RNA and implicates a single-nucleotide power stroke in the Sen1 RNA translocation mechanism. Together, our data unveil dynamic protein-protein and protein-RNA interfaces underpinning helicase regulation and inactivation of human SETX activity by RNA-binding-deficient mutants in ataxia with oculomotor apraxia 2 neurodegenerative disease.
履歴
登録2023年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-3' RNA helicase-like protein
B: 5'-3' RNA helicase-like protein
C: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,36714
ポリマ－187,0754
非ポリマー1,29210
水1086
1
A: 5'-3' RNA helicase-like protein
C: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2536
ポリマ－93,5382
非ポリマー7154
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-3' RNA helicase-like protein
D: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1148
ポリマ－93,5382
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.705, 107.323, 162.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1102 through 1123 or resid 1132 through 1857 or resid 2002 through 2004))
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 1102 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ARGGLYA1 - 22
d_12ens_1CYSLYSA26 - 714
d_13ens_1SO4SO4C
d_14ens_1SO4SO4D
d_15ens_1SO4SO4E
d_21ens_1ARGLEUF4 - 256
d_22ens_1LYSLEUF260 - 324
d_23ens_1ARGALAF333 - 389
d_24ens_1GLYLYSF394 - 729
d_25ens_1SO4SO4J
d_26ens_1SO4SO4K
d_27ens_1SO4SO4L

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.951843143009, 0.0623091131356, 0.300186950962), (-0.055813690372, -0.997985166035, 0.0301735039531), (0.301462208369, 0.0119659013036, 0.953403038663)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.951843143009, 0.0623091131356, 0.300186950962), (-0.055813690372, -0.997985166035, 0.0301735039531), (0.301462208369, 0.0119659013036, 0.953403038663)
ベクター: 47.753163876, -74.4174228644, -79.2357412542)

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要素

#1: タンパク質 5'-3' RNA helicase-like protein / SETX


分子量: 88990.016 Da / 分子数: 2 / 断片: helicase domain (UNP residues 1087-1878) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0012480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S163, DNA helicase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 4547.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM sodium sulfate, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 37676 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 70.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 11.42
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.725 / Num. unique obs: 1866 / CC1/2: 0.872 / CC star: 0.965

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5MZN

5mzn


解像度: 3.01→44.54 Å / SU ML: 0.4288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.0094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1999 5.33 %
Rwork0.2117 35472 -
obs0.2139 37471 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11394 370 72 6 11842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.523916365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04031850
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00442052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.98744576
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.39248237802 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.01-3.080.36221290.31362391X-RAY DIFFRACTION93.51
3.08-3.170.3311470.3122518X-RAY DIFFRACTION98.19
3.17-3.260.33111390.28612533X-RAY DIFFRACTION98.93
3.26-3.370.31781440.26082565X-RAY DIFFRACTION99.05
3.37-3.490.32121450.24882509X-RAY DIFFRACTION98.92
3.49-3.630.30311430.23522536X-RAY DIFFRACTION98.86
3.63-3.790.28731470.24382579X-RAY DIFFRACTION99.02
3.79-3.990.26241420.2312493X-RAY DIFFRACTION98.62
3.99-4.240.23911330.19952479X-RAY DIFFRACTION96.28
4.24-4.570.25221480.16442579X-RAY DIFFRACTION99.49
4.57-5.030.17861460.16332572X-RAY DIFFRACTION99.63
5.03-5.750.24311480.19522574X-RAY DIFFRACTION99.45
5.75-7.240.2371440.21892583X-RAY DIFFRACTION99.02
7.24-44.540.20061440.18122561X-RAY DIFFRACTION96.88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.5372106399 Å / Origin y: -36.9176532054 Å / Origin z: 30.2153049278 Å
111213212223313233
T0.509688209314 Å2-0.0236388187141 Å2-0.0509014705705 Å2-0.372553153223 Å2-0.0100389083958 Å2--0.444219966588 Å2
L0.216062998469 °20.0228450055898 °2-0.247984564955 °2-0.209912178603 °20.12644520072 °2--0.849531811849 °2
S-0.00314620709059 Å °-0.0831010860391 Å °0.0659895803606 Å °0.0636383906536 Å °-0.0377883788827 Å °0.0287179413161 Å °-0.108069575026 Å °0.0971365375437 Å °0.0315099444451 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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