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- EMDB-29326: Structure of RdrA from Streptococcus suis RADAR defense system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29326
タイトルStructure of RdrA from Streptococcus suis RADAR defense system
マップデータ
試料
  • 複合体: RdrA heptameric complex
    • タンパク質・ペプチド: KAP NTPase domain-containing protein
キーワードRADAR / ATPase / RdrA / antiphage system / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性KAP family P-loop domain / KAP family P-loop domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / KAP NTPase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Duncan-Lowey B / Johnson AG / Rawson S / Mayer ML / Kranzusch PJ
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
The Pew Charitable Trusts 米国
Burroughs Wellcome Fund 米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
Parker Institute for Cancer Immunotherapy 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the RADAR supramolecular anti-phage defense complex.
著者: Brianna Duncan-Lowey / Nitzan Tal / Alex G Johnson / Shaun Rawson / Megan L Mayer / Shany Doron / Adi Millman / Sarah Melamed / Taya Fedorenko / Assaf Kacen / Alexander Brandis / Tevie ...著者: Brianna Duncan-Lowey / Nitzan Tal / Alex G Johnson / Shaun Rawson / Megan L Mayer / Shany Doron / Adi Millman / Sarah Melamed / Taya Fedorenko / Assaf Kacen / Alexander Brandis / Tevie Mehlman / Gil Amitai / Rotem Sorek / Philip J Kranzusch /
要旨: RADAR is a two-protein bacterial defense system that was reported to defend against phage by "editing" messenger RNA. Here, we determine cryo-EM structures of the RADAR defense complex, revealing ...RADAR is a two-protein bacterial defense system that was reported to defend against phage by "editing" messenger RNA. Here, we determine cryo-EM structures of the RADAR defense complex, revealing RdrA as a heptameric, two-layered AAA+ ATPase and RdrB as a dodecameric, hollow complex with twelve surface-exposed deaminase active sites. RdrA and RdrB join to form a giant assembly up to 10 MDa, with RdrA docked as a funnel over the RdrB active site. Surprisingly, our structures reveal an RdrB active site that targets mononucleotides. We show that RdrB catalyzes ATP-to-ITP conversion in vitro and induces the massive accumulation of inosine mononucleotides during phage infection in vivo, limiting phage replication. Our results define ATP mononucleotide deamination as a determinant of RADAR immunity and reveal supramolecular assembly of a nucleotide-modifying machine as a mechanism of anti-phage defense.
履歴
登録2022年12月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29326.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29326.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.6
最小 - 最大-7.2222695 - 12.103292
平均 (標準偏差)-0.00072370394 (±0.26373768)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29326_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29326_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RdrA heptameric complex

全体名称: RdrA heptameric complex
要素
  • 複合体: RdrA heptameric complex
    • タンパク質・ペプチド: KAP NTPase domain-containing protein

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超分子 #1: RdrA heptameric complex

超分子名称: RdrA heptameric complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Streptococcus suis (バクテリア)

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分子 #1: KAP NTPase domain-containing protein

分子名称: KAP NTPase domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus suis (バクテリア)
分子量理論値: 106.413305 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTKINWEKYK KVIKKEFSEK EETEEVKNYI FSSQLDKVNL ILEHMDTVGG IHSRNIAITG DRGTGKTSFI ETLKLVLEKQ NYYVFDIVS PTVLSSHLNI LEIVISSIYR EIDQFIDSHD VHDRGRLIQH LKKVMNAIAV EKKQSDYFKQ SKPEIEMLTD L SHRTFLDE ...文字列:
MTKINWEKYK KVIKKEFSEK EETEEVKNYI FSSQLDKVNL ILEHMDTVGG IHSRNIAITG DRGTGKTSFI ETLKLVLEKQ NYYVFDIVS PTVLSSHLNI LEIVISSIYR EIDQFIDSHD VHDRGRLIQH LKKVMNAIAV EKKQSDYFKQ SKPEIEMLTD L SHRTFLDE EIKELFCYFK KVLNNRQDSC KEVIKDLVLI IDDLDLVENN LVYDLLRDIQ HYLDSQLIVI FAYKEGQLEQ SM FEHLAKG NEALLNHGVI DSNAIFGQIE RFLTKLVPLS NRIPLFKQDE LLNKTIGEFL ASLDPSYGVG ENLEFITKDS EKN KNNLTI REWFYESIFY RTNLKLDPID IREEASRLMP KTLREMVQLC EELHSMQVIT RSMDKLAGVE GLRKNIGAFR RYIG YKNST YFNLATMEFF QKWELAESHQ ANYLAYHFLM SYYQESFEQN QKLGYPLNLS KSGYPLTLRT MEPYNITLGD IYALM EELK YTEGISADTY YIVYILKVYY SLRLSELLYN VVLHHKLFVH VKEEATTFYM ATSTEELQIE KNHEQEATKL TDKEYR EHI MTAIEKVPAL QAYLELVNAQ FMPQNFNYDR SGSRDDDFYL ISWLKDDDLP EYSRLFKSLF LNSEVAAKGQ IQRNIGK RE SVFRYRNLYS YLPLQLTSAT FYKIDFLAFA IKADLLMYNV VRFVEEEGDT IPYFMSNMFH IDVFVRHNYN ENNNKGKF A YIAKQIVFGL WQGSNQRAHD LKHWYKSFDT VFGTKIEALH LLVDIAEQIK ISDKQTTDVS ALSEEQKRDE QAKKVAEKL AAIYHHIGMS RILSRLHQLP FIAEIKSNKE LLQHFSEAIV KLEKYASDTI NVGNLSQFRE SLKKIGQTYP SIQVLVDKLH RKQKLYVEF IQDFIETVNK LGEADESN

UniProtKB: KAP NTPase domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMKClpotassium chloride
50.0 mMHEPES
1.0 mMTCEP
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.02 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 193305
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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