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- EMDB-29306: Cryo-EM structure of RNase-untreated RESC-A in trypanosomal RNA e... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29306
タイトルCryo-EM structure of RNase-untreated RESC-A in trypanosomal RNA editing
マップデータ
試料
  • 複合体: RESC5-tagged isolate without RNase treatment
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 1 (RESC1)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 2 (RESC2)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 3 (RESC3)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 4 (RESC4)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 5 (RESC5)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 6 (RESC6)
  • RNA: gRNA
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードHEAT repeat / trypanosoma / RNA editing substrate binding complex / gRNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial mRNA stability / mitochondrial RNA modification / mitochondrial mRNA processing / chloroplast rRNA processing / RNA modification / ribonucleoprotein granule / RNA stabilization / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / RNA metabolic process ...regulation of mitochondrial mRNA stability / mitochondrial RNA modification / mitochondrial mRNA processing / chloroplast rRNA processing / RNA modification / ribonucleoprotein granule / RNA stabilization / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / RNA metabolic process / kinetoplast / RNA processing / mitochondrial matrix / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial guide RNA binding complex subunit 2 / Mitochondrial RNA binding protein / Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / Mitochondrial RNA binding protein / Guide RNA associated protein, GAP2 / Guide RNA binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Liu S / Wang H / Li X / Zhang F / Lee JKJ / Li Z / Yu C / Zhao X / Hu JJ / Suematsu T ...Liu S / Wang H / Li X / Zhang F / Lee JKJ / Li Z / Yu C / Zhao X / Hu JJ / Suematsu T / Alvarez-Cabrera AL / Liu Q / Zhang L / Huang L / Aphasizheva I / Aphasizhev R / Zhou ZH
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1AI101057 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI152408 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural basis of gRNA stabilization and mRNA recognition in trypanosomal RNA editing.
著者: Shiheng Liu / Hong Wang / Xiaorun Li / Fan Zhang / Jane K J Lee / Zihang Li / Clinton Yu / Jason J Hu / Xiaojing Zhao / Takuma Suematsu / Ana L Alvarez-Cabrera / Qiushi Liu / Liye Zhang / Lan ...著者: Shiheng Liu / Hong Wang / Xiaorun Li / Fan Zhang / Jane K J Lee / Zihang Li / Clinton Yu / Jason J Hu / Xiaojing Zhao / Takuma Suematsu / Ana L Alvarez-Cabrera / Qiushi Liu / Liye Zhang / Lan Huang / Inna Aphasizheva / Ruslan Aphasizhev / Z Hong Zhou /
要旨: In , the editosome, composed of RNA-editing substrate-binding complex (RESC) and RNA-editing catalytic complex (RECC), orchestrates guide RNA (gRNA)-programmed editing to recode cryptic mitochondrial ...In , the editosome, composed of RNA-editing substrate-binding complex (RESC) and RNA-editing catalytic complex (RECC), orchestrates guide RNA (gRNA)-programmed editing to recode cryptic mitochondrial transcripts into messenger RNAs (mRNAs). The mechanism of information transfer from gRNA to mRNA is unclear owing to a lack of high-resolution structures for these complexes. With cryo-electron microscopy and functional studies, we have captured gRNA-stabilizing RESC-A and gRNA-mRNA-binding RESC-B and RESC-C particles. RESC-A sequesters gRNA termini, thus promoting hairpin formation and blocking mRNA access. The conversion of RESC-A into RESC-B or -C unfolds gRNA and allows mRNA selection. The ensuing gRNA-mRNA duplex protrudes from RESC-B, likely exposing editing sites to RECC-catalyzed cleavage, uridine insertion or deletion, and ligation. Our work reveals a remodeling event facilitating gRNA-mRNA hybridization and assembly of a macromolecular substrate for the editosome's catalytic modality.
履歴
登録2022年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29306.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29306.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-2.2108545 - 3.2065403
平均 (標準偏差)0.0006137104 (±0.059143383)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 396.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29306_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29306_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RESC5-tagged isolate without RNase treatment

全体名称: RESC5-tagged isolate without RNase treatment
要素
  • 複合体: RESC5-tagged isolate without RNase treatment
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 1 (RESC1)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 2 (RESC2)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 3 (RESC3)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 4 (RESC4)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 5 (RESC5)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 6 (RESC6)
  • RNA: gRNA
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: RESC5-tagged isolate without RNase treatment

超分子名称: RESC5-tagged isolate without RNase treatment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#7
詳細: CTS-tagged RESC5 purified from RNase-untreated mitochondrial extract by tandem affinity procedure
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

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分子 #1: gRNA

分子名称: gRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 14.499465 KDa
配列文字列:
UAUAUUUUUU UUUUUUUUUU UUUAAAAAAA AAAAAAAAAA AUUUUU

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分子 #2: RNA-editing substrate-binding complex protein 1 (RESC1)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 1 (RESC1)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 52.60868 KDa
配列文字列: MLRLLRRSIV GSTFNIMVRR QNQGSVSQGA LNMRDQQAAA AENVTPERVW ALWNEGNLFS LSLAQLQGFL SRCGVRTDPA AKKAAVVRQ VEEYLHSKDT TVKGGGQGAA SPQQHQQHGQ QGGYGRWNQA SVMQPETLLD LSQAGFYEGA ANMVPKAFQL L VSDTAPDV ...文字列:
MLRLLRRSIV GSTFNIMVRR QNQGSVSQGA LNMRDQQAAA AENVTPERVW ALWNEGNLFS LSLAQLQGFL SRCGVRTDPA AKKAAVVRQ VEEYLHSKDT TVKGGGQGAA SPQQHQQHGQ QGGYGRWNQA SVMQPETLLD LSQAGFYEGA ANMVPKAFQL L VSDTAPDV VVSRVNTTAF PGFPSNTECY TLGASEKDVA IRSRYSKVLQ WCCLNMSNLQ MDGELYVDFG KLLLKPSVMR KN RRIVSSY TLQQRLQVNH PYTWVPTLPE SCLSKIQEQF LQPEGFAPIG KGVQLTYSGT IKRSKDQLHV DLDNKGKVLA VNS AWVNLQ TAWCTHAKGP DVRLLLRSRP PIRRQDVELF ASTPIIKLAD DDVADVLPPE HGQLVYLSED ETRLFERVSD RGVT ITVRE VKRQPLIILR DEEEDPRVEY SLSAHIPANA AKATDVRAVG LTAFELAGRL AGLVAEDFVR EYGCEAKL

UniProtKB: Guide RNA associated protein, GAP2

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分子 #3: RNA-editing substrate-binding complex protein 2 (RESC2)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 2 (RESC2)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 55.526117 KDa
配列文字列: MLRARLKIFS ALNGATSAFS RAVAPLQIAT RQQSFSAAAP AASGDFSHIT RNTVWGLWNE GNLFSLSVPE LAFFLQEHCR VANVDPRAK KSALVRQVEE ILSAEQQASA TVPQEDNPHA IVVTDYDRAE DALEEADEYG DWGAEPGFED RRELDFMELS P GRMGERYD ...文字列:
MLRARLKIFS ALNGATSAFS RAVAPLQIAT RQQSFSAAAP AASGDFSHIT RNTVWGLWNE GNLFSLSVPE LAFFLQEHCR VANVDPRAK KSALVRQVEE ILSAEQQASA TVPQEDNPHA IVVTDYDRAE DALEEADEYG DWGAEPGFED RRELDFMELS P GRMGERYD PLSPRAFQLL HSETATDVGI ASIDPSKLPG QSKVKNALAA IHVAPNDANK MRFRMAFEWC LMNIWNMNMP GE LNIGAGK ALYYRSVAKQ NRNVMPLWTV QKHLYAQHPY AWFAIASESN VAAMESLAAA LNMSIQQERT TSYKVTIRRM AEF FDCELN GQLKCTMMNK PWDRFFVSHY IRSKMPDLRY VVRARHPIKK RIADAYLEAD ILRSTRDSVQ SVLSPELGDV VYCC ERVVR KWAKKTATGV TLQLVETKRT PLIITKAGDE GERLEYEWIV PLPQQAERID IAALTDELWE YGNKLAAALE EGMEE LMVH TMTAVSAY

UniProtKB: Mitochondrial guide RNA binding complex subunit 2

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分子 #4: RNA-editing substrate-binding complex protein 3 (RESC3)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 3 (RESC3)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 53.146617 KDa
配列文字列: MSNPFEKVAR GIAFKMRSKV HKQGYSNTVM AQQARRLSPT GLLAMERLTE LTALQQRHQC TFDPALRSKA TQILRTLPLL SIDEDPYFT HTQRALRLAA YFGAVDLPVT YALINQHTKN AFMLDAFSMA SFFYTLAKLK HPQTKEIVGI LLPRLREVAP E LIAREAVH ...文字列:
MSNPFEKVAR GIAFKMRSKV HKQGYSNTVM AQQARRLSPT GLLAMERLTE LTALQQRHQC TFDPALRSKA TQILRTLPLL SIDEDPYFT HTQRALRLAA YFGAVDLPVT YALINQHTKN AFMLDAFSMA SFFYTLAKLK HPQTKEIVGI LLPRLREVAP E LIAREAVH ILRLLCSIQM ADAQLVKVVT ETVVATAADV PLRDARQCAF ILSETFPEEA QRILGAVEHR LCDDIDMNAD AN EVKTTIL DVCRVVSATC KGPRRLLNSV ARRSMELLPQ LTPLDVAFVL KAFHLSSYRH LRLLRVLSSS LAASFPTSNV TKE HGLAAS IVVQSLAHFY LSGCEEVVVT LVNASVNVLE GLNLALTLLA CVRLRCVSPG VDPAVDALCS GAPMRRYVHN AHSM QVTSR ILYGLAHAGR CRSDEEVAIV LPLLKSVVRT PGALRDDCRG FLLDAVTALG ADGECSNDAL QEQVRKVYER LSQDG GK

UniProtKB: Mitochondrial RNA binding protein

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分子 #5: RNA-editing substrate-binding complex protein 4 (RESC4)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 4 (RESC4)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 120.847914 KDa
配列文字列: MNGRLYCLIR RITSPPVATR LIKEELCLSM AAIARLPLRR DQLAHVTNTE AITTRAQRIS HLCTPTELGM IAEGAEALSC NRFDLADAL IDGAYESVRR AASSTRLSHV SAIARYSASI KTYGNETITT LLKAGASLLQ KNDSVPVLKS FLGVAQSHLT D GEMRVLID ...文字列:
MNGRLYCLIR RITSPPVATR LIKEELCLSM AAIARLPLRR DQLAHVTNTE AITTRAQRIS HLCTPTELGM IAEGAEALSC NRFDLADAL IDGAYESVRR AASSTRLSHV SAIARYSASI KTYGNETITT LLKAGASLLQ KNDSVPVLKS FLGVAQSHLT D GEMRVLID EMCAKATEEQ RLCINSIGTQ SLAKDAAKCG EETLTKGNED GDETAVDDEE TQAWDMLRAR QWMLQLVRCG KP PTAAEAV QAMELYAHFA VRDFVLHEKI EDLVLLVLPT GNKFHLNEMH KIVLRSPNLF PRVRNTLGQD HSGVSDVHRA DRG VEWSDD PASSLTTTYT TSRAYSMLLL GQRLSEDIMF DVVQEQSETI PVDVAAQAAC LFAEKGDIPE GVILRLSAEL EHIS PQGVT AFVRAARRDS SGALLPHYAA VLNRFTERDL CDTPLETLLQ MCEVFALPAP RGTSEGDNDS INESQSKFQK ALIVR LFSV IQGSRDVPFL CKVAKAVRAF DANDELIQFV CSSICAQGAL SECEALIAFD MIRCCDFVYE PLLDAMEPVF RRLVES VSA MLEGKSTIND VEVRRCACFA TLQSEFDCPD FETLASLLVH TVEKNVTGCP VELIPSVGLL CVRTRRTSAL YIVGNKL EG NMQQLSDDAI GELARLLVGT ENLATKELAV EFQSVVVSRL LRQQSLPPDV VALSAVVWLR QGDKVGTIDE RSVDYIIK W MYAIGSSVYT DLCLAVHLSA SVESLSNALI DDLPRRLELL TTNEMANAIF GLGEVSDMGA RLSHQLVAER CSDYVVDHS QEFWSGKVIA RLLYGFSRMH CTKRSLYNVF ATRLAHRPVF SLLDQEAISF AIAAFGRVKY LDKKLFDRFT RWILDHSKDL NAAELLLTI RGVSRVMLLN DQLYDDLGSK AAEKVKEFPI ESQCVLLSSF GSLGVEHERL ASRMVSSIAE NREELTDATK A VDVITSLW SMNYDVEDDK HVAQLADWVV QRAEELTDES IGKLCLVLSD TNWRHVPLVR AIAEQSVRLQ GQQSISPKCC RE VLDVLGT FMIHHQGARE NLSALGRSIS KERIQLSEEE EQHLQLLLRR

UniProtKB: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit

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分子 #6: RNA-editing substrate-binding complex protein 5 (RESC5)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 5 (RESC5)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 43.469484 KDa
配列文字列: MLRHTSRNNA LHAFVRSPHY RTIPSAGPNG IVVNRDMLVH QFRDFYKTLQ HCSLVDKVHL MSERPSVEAL RVADQMVSIG ATFLEMPLT GMEHRATEFM ESMRYVRGAG GPSTLASYLQ DTENCRCNSG DVVCLPNGIA VGHGPRTNAV AHTTLKQLFE V KDDQFSFD ...文字列:
MLRHTSRNNA LHAFVRSPHY RTIPSAGPNG IVVNRDMLVH QFRDFYKTLQ HCSLVDKVHL MSERPSVEAL RVADQMVSIG ATFLEMPLT GMEHRATEFM ESMRYVRGAG GPSTLASYLQ DTENCRCNSG DVVCLPNGIA VGHGPRTNAV AHTTLKQLFE V KDDQFSFD VFTLEQEGDA PPLGDYFGFA GSNVLLTWKD EHGLLAVDQY QQKQPHTEMN VVYLEPGCHF LSFYGVDHTI DV LVQKGYE RSMDSIAAAG LNPIPVQWSE MDKLGISMRA AVLPLKFFKA NVGGMLSRNK SRGARWQTHQ LQKGSGSGSA SSG ASAAGS SGASASSGAS AAGSSGASAG HHHHHHHHHH SGSEDQVDPR LIDGKASAWS HPQFEKGGGS GGGSGGSAWS HPQF EK

UniProtKB: Mitochondrial RNA binding protein

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分子 #7: RNA-editing substrate-binding complex protein 6 (RESC6)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 6 (RESC6)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 57.823484 KDa
配列文字列: MRSALRRCIL RHQGCLRMKQ SLSAFPTVVT GMTRHQGNSL IGTTHGAELS LAGDPQSVSH LSARNIATEA LQMKKLHQER GGNPMLAQQ ARRVLFATSI AGQNLDARSV ALLLNTAVYF GMESDAKLVR ECIDYCLKND KLITVDVLPI VVTACATLKS R DAREVIEM ...文字列:
MRSALRRCIL RHQGCLRMKQ SLSAFPTVVT GMTRHQGNSL IGTTHGAELS LAGDPQSVSH LSARNIATEA LQMKKLHQER GGNPMLAQQ ARRVLFATSI AGQNLDARSV ALLLNTAVYF GMESDAKLVR ECIDYCLKND KLITVDVLPI VVTACATLKS R DAREVIEM QAQKAARNAK FLDAKDVTNI ISAFSKTGIN HEKLFAFLSR RVQTLARVGE FEAAHLVILA NAFSRLRYRD KF LFGAIAR RAMSLRERVT VNELVPLIVA FSKIGLKDPK LSKRFATKAM EYVDQMNAEQ VASMFMAFAY FGIRYDQLFG VLT NRAVEL IDEFNAQYIS TTLNAFQRIG INNPELFDNL AERALAVVQD HDARDISKTV TALAHFGLKD EELFKRLASH AASI ADQFD AMGLVNTAHA FARTNFLQQD MAVALSERSV YVCRLLDAGE TRRLLWALAK FQVRDPKILT PVFNRCLALH YDFFA DPTG SEEIEEIFDF YGPNFCPPLY QLYISRGSTP QA

UniProtKB: Guide RNA binding protein

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分子 #8: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 108821
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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