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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of PG9RSH DU025 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 | |||||||||
![]() | Sharpened map | |||||||||
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![]() | CD4 / HIV-1 / SOSIP / Vaccine / IMMUNE SYSTEM / llama / V2 apex / therapeutic / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||
![]() | Gorman J / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Improved HIV-1 neutralization breadth and potency of V2-apex antibodies by in silico design. 著者: Graham T Holt / Jason Gorman / Siyu Wang / Anna U Lowegard / Baoshan Zhang / Tracy Liu / Bob C Lin / Mark K Louder / Marcel S Frenkel / Krisha McKee / Sijy O'Dell / Reda Rawi / Chen-Hsiang ...著者: Graham T Holt / Jason Gorman / Siyu Wang / Anna U Lowegard / Baoshan Zhang / Tracy Liu / Bob C Lin / Mark K Louder / Marcel S Frenkel / Krisha McKee / Sijy O'Dell / Reda Rawi / Chen-Hsiang Shen / Nicole A Doria-Rose / Peter D Kwong / Bruce R Donald / ![]() 要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV can reduce viral transmission in humans, but an effective therapeutic will require unusually high breadth and potency of neutralization. We employ ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV can reduce viral transmission in humans, but an effective therapeutic will require unusually high breadth and potency of neutralization. We employ the OSPREY computational protein design software to engineer variants of two apex-directed bNAbs, PGT145 and PG9RSH, resulting in increases in potency of over 100-fold against some viruses. The top designed variants improve neutralization breadth from 39% to 54% at clinically relevant concentrations (IC < 1 μg/mL) and improve median potency (IC) by up to 4-fold over a cross-clade panel of 208 strains. To investigate the mechanisms of improvement, we determine cryoelectron microscopy structures of each variant in complex with the HIV envelope trimer. Surprisingly, we find the largest increases in breadth to be a result of optimizing side-chain interactions with highly variable epitope residues. These results provide insight into mechanisms of neutralization breadth and inform strategies for antibody design and improvement. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 140.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.1 KB 24.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 82.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 149.9 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 27 MB 9.2 MB 139.3 MB 139.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 867.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 867.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_29264_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: resolve density modified map
ファイル | emd_29264_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | resolve density modified map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_29264_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_29264_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM Structure of PG9RSH DU025 Fab in complex with BG505 DS-SO...
全体 | 名称: Cryo-EM Structure of PG9RSH DU025 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM Structure of PG9RSH DU025 Fab in complex with BG505 DS-SO...
超分子 | 名称: Cryo-EM Structure of PG9RSH DU025 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp41
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #2: Envelope glycoprotein gp120
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 54.086324 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SACTQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ CMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #3: PG9 DU025 Heavy
分子 | 名称: PG9 DU025 Heavy / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 27.163102 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ERLVESGGGV VQPGSSLRLS CAASGFDFSR QGMHWVRQAP GQGLEWVAFI KYDGSEKYHA DSVWGRLSIS RDNSKDTLYL QMNSLRVED TATYFCVREA GGPDYRNGYN (TYS)(TYS)DFDDGYYN YHYMDVWGKG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSK STSGGT ...文字列: ERLVESGGGV VQPGSSLRLS CAASGFDFSR QGMHWVRQAP GQGLEWVAFI KYDGSEKYHA DSVWGRLSIS RDNSKDTLYL QMNSLRVED TATYFCVREA GGPDYRNGYN (TYS)(TYS)DFDDGYYN YHYMDVWGKG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSK STSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDK KVEPK SCDKGLEVLF Q |
-分子 #4: PG9 DU025 Light
分子 | 名称: PG9 DU025 Light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22.832195 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QSALTQPASV SGSPGQSITI SCQGTSNDVG GYESVSWYQQ HPGKAPKVVI YDVSKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEGDYY CKSLTSRSHR VFGTGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列: QSALTQPASV SGSPGQSITI SCQGTSNDVG GYESVSWYQQ HPGKAPKVVI YDVSKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEGDYY CKSLTSRSHR VFGTGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS |
-分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 40 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 63.75 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |