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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29214 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRNA (in the transcription-translation complex) | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of translational competent E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRNA (in the transcription-translation complex) | |||||||||
試料 |
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キーワード | 70S Ribosome / transcription-translation coupling / TRANSLATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / positive regulation of ribosome biogenesis / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / positive regulation of ribosome biogenesis / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia phage Lambda (λファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Florez Ariza A / Wee L / Tong A / Canari C / Grob P / Nogales E / Bustamante C | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: A trailing ribosome speeds up RNA polymerase at the expense of transcript fidelity via force and allostery. 著者: Liang Meng Wee / Alexander B Tong / Alfredo Jose Florez Ariza / Cristhian Cañari-Chumpitaz / Patricia Grob / Eva Nogales / Carlos J Bustamante / 要旨: In prokaryotes, translation can occur on mRNA that is being transcribed in a process called coupling. How the ribosome affects the RNA polymerase (RNAP) during coupling is not well understood. Here, ...In prokaryotes, translation can occur on mRNA that is being transcribed in a process called coupling. How the ribosome affects the RNA polymerase (RNAP) during coupling is not well understood. Here, we reconstituted the E. coli coupling system and demonstrated that the ribosome can prevent pausing and termination of RNAP and double the overall transcription rate at the expense of fidelity. Moreover, we monitored single RNAPs coupled to ribosomes and show that coupling increases the pause-free velocity of the polymerase and that a mechanical assisting force is sufficient to explain the majority of the effects of coupling. Also, by cryo-EM, we observed that RNAPs with a terminal mismatch adopt a backtracked conformation, while a coupled ribosome allosterically induces these polymerases toward a catalytically active anti-swiveled state. Finally, we demonstrate that prolonged RNAP pausing is detrimental to cell viability, which could be prevented by polymerase reactivation through a coupled ribosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29214.map.gz | 7.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29214-v30.xml emd-29214.xml | 70.4 KB 70.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29214_fsc.xml | 14.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29214.png | 66.5 KB | ||
マスクデータ | emd_29214_msk_1.map | 274.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-29214.cif.gz | 13.6 KB | ||
その他 | emd_29214_half_map_1.map.gz emd_29214_half_map_2.map.gz | 220.7 MB 220.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29214 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29214 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29214_validation.pdf.gz | 948.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29214_full_validation.pdf.gz | 948.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29214_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29214_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29214 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29214 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fizMC 8fixC 8fiyC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29214.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of translational competent E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRNA (in the transcription-translation complex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.447 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29214_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 1
ファイル | emd_29214_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 2
ファイル | emd_29214_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRN...
+超分子 #1: Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRN...
+分子 #1: 16S rRNA
+分子 #23: mRNA
+分子 #24: 23S rRNA
+分子 #25: P-site tRNA
+分子 #26: 5s rRNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S20
+分子 #3: 30S ribosomal protein S12
+分子 #4: 30S ribosomal protein S19
+分子 #5: 30S ribosomal protein S13
+分子 #6: 30S ribosomal protein S14
+分子 #7: 30S ribosomal protein S3
+分子 #8: 30S ribosomal protein S10
+分子 #9: 30S ribosomal protein S4
+分子 #10: 30S ribosomal protein S2
+分子 #11: 30S ribosomal protein S9
+分子 #12: 30S ribosomal protein S7
+分子 #13: 30S ribosomal protein S11
+分子 #14: 30S ribosomal protein S6
+分子 #15: 30S ribosomal protein S16
+分子 #16: 30S ribosomal protein S5
+分子 #17: 30S ribosomal protein S8
+分子 #18: 30S ribosomal protein S15
+分子 #19: 30S ribosomal protein S17
+分子 #20: 30S ribosomal protein S18
+分子 #21: 30S ribosomal protein S21
+分子 #22: 50S ribosomal protein L31
+分子 #27: 50S ribosomal protein L2
+分子 #28: 50S ribosomal protein L3
+分子 #29: 50S ribosomal protein L4
+分子 #30: 50S ribosomal protein L5
+分子 #31: 50S ribosomal protein L18
+分子 #32: 50S ribosomal protein L33
+分子 #33: 50S ribosomal protein L6
+分子 #34: 50S ribosomal protein L9
+分子 #35: 50S ribosomal protein L11
+分子 #36: 50S ribosomal protein L32
+分子 #37: 50S ribosomal protein L34
+分子 #38: 50S ribosomal protein L35
+分子 #39: 50S ribosomal protein L36
+分子 #40: 50S ribosomal protein L30
+分子 #41: 50S ribosomal protein L13
+分子 #42: 50S ribosomal protein L14
+分子 #43: 50S ribosomal protein L15
+分子 #44: 50S ribosomal protein L16
+分子 #45: 50S ribosomal protein L17
+分子 #46: 50S ribosomal protein L19
+分子 #47: 50S ribosomal protein L20
+分子 #48: Ribosomal protein L21
+分子 #49: 50S ribosomal protein L22
+分子 #50: 50S ribosomal protein L23
+分子 #51: 50S ribosomal protein L24
+分子 #52: 50S ribosomal protein L25
+分子 #53: 50S ribosomal protein L27
+分子 #54: 50S ribosomal protein L28
+分子 #55: 50S ribosomal protein L29
+分子 #56: 50S ribosomal protein L10
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |