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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2901 | |||||||||
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タイトル | Cryo electron tomography of Naip5/Nlrc4 inflammasome | |||||||||
![]() | sub tomogram average of NAIP5/NLRC4 polymer | |||||||||
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![]() | NLRs / NAIP5 / NLRC4 / inflammasome | |||||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type flagellum filament / IPAF inflammasome complex / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process ...bacterial-type flagellum filament / IPAF inflammasome complex / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / perikaryon / regulation of apoptotic process / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / inflammatory response / innate immune response / neuronal cell body / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / protein homodimerization activity / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å | |||||||||
![]() | Diebolder CA / Halff EF / Koster AJ / Huizinga EG / Koning RI | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryoelectron Tomography of the NAIP5/NLRC4 Inflammasome: Implications for NLR Activation. 著者: Christoph A Diebolder / Els F Halff / Abraham J Koster / Eric G Huizinga / Roman I Koning / ![]() 要旨: Inflammasomes are high molecular weight protein complexes that play a crucial role in innate immunity by activating caspase-1. Inflammasome formation is initiated when molecules originating from ...Inflammasomes are high molecular weight protein complexes that play a crucial role in innate immunity by activating caspase-1. Inflammasome formation is initiated when molecules originating from invading microorganisms activate nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat-containing receptors (NLRs) and induce NLR multimerization. Little is known about the conformational changes involved in NLR activation and the structural organization of NLR multimers. Here, we show by cryoelectron tomography that flagellin-induced NAIP5/NLRC4 multimers form right- and left-handed helical polymers with a diameter of 28 nm and a pitch of 6.5 nm. Subtomogram averaging produced an electron density map at 4 nm resolution, which was used for rigid body fitting of NLR subdomains derived from the crystal structure of dormant NLRC4. The resulting structural model of inflammasome-incorporated NLRC4 indicates that a prominent rotation of the LRR domain of NLRC4 is necessary for multimer formation, providing unprecedented insight into the conformational changes that accompany NLR activation. | |||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 562.1 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 1.3 MB 1.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 208.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 207.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | sub tomogram average of NAIP5/NLRC4 polymer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.463 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : NAIP5/NLRC4/FliC-D0L multimer
全体 | 名称: NAIP5/NLRC4/FliC-D0L multimer |
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要素 |
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-超分子 #1000: NAIP5/NLRC4/FliC-D0L multimer
超分子 | 名称: NAIP5/NLRC4/FliC-D0L multimer / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: NLRC4 is the main compound within the complex / 集合状態: multimer / Number unique components: 3 |
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-分子 #1: NLR family CARD domain-containing protein 4
分子 | 名称: NLR family CARD domain-containing protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NLRC4 / 集合状態: multimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | UniProtKB: NLR family CARD domain-containing protein 4 |
-分子 #2: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
分子 | 名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: NAIP5 / 集合状態: multimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e |
-分子 #3: Flagellin
分子 | 名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: FliC-D0L / 集合状態: multimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | UniProtKB: Flagellin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 100 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2mM Benzamidin, 2mM DTT |
グリッド | 詳細: glow discharged Cu 200 mesh quantifoil |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP / 手法: 3 seconds blotting |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GATAN quantum エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 50.0 eV |
日付 | 2013年5月21日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 67 / 平均電子線量: 100 e/Å2 / 詳細: 16 single axis tilt series / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 7.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.5 µm / 倍率(公称値): 18000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -66 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 66 ° |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | filaments were traced by hand along the outer rim, resulting in an initial protomer model. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.57 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 30.9 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET / 使用したサブトモグラム数: 50 |
CTF補正 | 詳細: TOMOCTF |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: SITUS |
詳細 | SITUS collage was used for simultaneous multi fragment refinement of symmetry related NLRC4 monomers. Each NLR constisted of 3 rigid bodies: LRR, NBD-HDI and WHD-HD2. CARD was excluded because it did not follow identical helical symmetry |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-5aj2: |