+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29001 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Cascade-PAM complex in type I-B CAST system | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | CRISPR / DNA recognition / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ) / Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang L / Wang S | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Molecular mechanism for Tn7-like transposon recruitment by a type I-B CRISPR effector. 著者: Shukun Wang / Clinton Gabel / Romana Siddique / Thomas Klose / Leifu Chang / 要旨: Tn7-like transposons have co-opted CRISPR-Cas systems to facilitate the movement of their own DNA. These CRISPR-associated transposons (CASTs) are promising tools for programmable gene knockin. A key ...Tn7-like transposons have co-opted CRISPR-Cas systems to facilitate the movement of their own DNA. These CRISPR-associated transposons (CASTs) are promising tools for programmable gene knockin. A key feature of CASTs is their ability to recruit Tn7-like transposons to nuclease-deficient CRISPR effectors. However, how Tn7-like transposons are recruited by diverse CRISPR effectors remains poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of a recruitment complex comprising the Cascade complex, TniQ, TnsC, and the target DNA in the type I-B CAST from Peltigera membranacea cyanobiont 210A. Target DNA recognition by Cascade induces conformational changes in Cas6 and primes TniQ recruitment through its C-terminal domain. The N-terminal domain of TniQ is bound to the seam region of the TnsC spiral heptamer. Our findings provide insights into the diverse mechanisms for the recruitment of Tn7-like transposons to CRISPR effectors and will aid in the development of CASTs as gene knockin tools. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29001.map.gz | 58.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-29001-v30.xml emd-29001.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29001.png | 115.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29001.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_29001_half_map_1.map.gz emd_29001_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29001 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29001 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fd3MC 8fcjC 8fcuC 8fcvC 8fcwC 8fcxC 8fd2C 8ff4C 8ff5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.054 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29001_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29001_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of Cascade proteins, crRNA and PAM only DNA
全体 | 名称: Ternary complex of Cascade proteins, crRNA and PAM only DNA |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ternary complex of Cascade proteins, crRNA and PAM only DNA
超分子 | 名称: Ternary complex of Cascade proteins, crRNA and PAM only DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ) |
-分子 #1: Type I-B CRISPR-associated protein Cas5
分子 | 名称: Type I-B CRISPR-associated protein Cas5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 24.852906 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIAPLILYLD VPFTTFRESH AREMGKTYPV PPPATVYGML LSLVGETNVY RHCGVELAIA MLSSPKKSRI LRQMRRFKNA DFSHPENVI PCYQEILSNL KCLIWVRSDE EKIQPSLRER IQLAFDHPEL VRRFGCLFLG ESDQLIKTIK LAREDYLEGV R QWAIRDNR ...文字列: MIAPLILYLD VPFTTFRESH AREMGKTYPV PPPATVYGML LSLVGETNVY RHCGVELAIA MLSSPKKSRI LRQMRRFKNA DFSHPENVI PCYQEILSNL KCLIWVRSDE EKIQPSLRER IQLAFDHPEL VRRFGCLFLG ESDQLIKTIK LAREDYLEGV R QWAIRDNR GRLTLPYWVD HVGSRNTRFL RYRIEEMDRL SPPDLAWTMV QSPI UniProtKB: Type I-MYXAN CRISPR-associated protein Cas5/Cmx5/DevS |
-分子 #2: Type I-B CRISPR-associated protein Cas6
分子 | 名称: Type I-B CRISPR-associated protein Cas6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 24.945744 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTAILIQSEE YVDLTFKLRG APIPLDNGYL TYAALSRICP PLHELKSIGI HPIAGIPTRN NLLELTAQSR LKIRIYHQQI PLIYPYLAG QAFHIGQNFY QLDIPDYKPL ISSESVYSRL VIIKGFQDST NFIEAVQRQM DNLGIQGKIE LLTRQDGTPQ R RQLTINKE ...文字列: MTAILIQSEE YVDLTFKLRG APIPLDNGYL TYAALSRICP PLHELKSIGI HPIAGIPTRN NLLELTAQSR LKIRIYHQQI PLIYPYLAG QAFHIGQNFY QLDIPDYKPL ISSESVYSRL VIIKGFQDST NFIEAVQRQM DNLGIQGKIE LLTRQDGTPQ R RQLTINKE GKQFKVRGFG VKISELNPED SLTLQEQGIG GKRKMMCGIF VPATRSKEEE ET UniProtKB: Type I-MYXAN CRISPR-associated protein Cas6/Cmx6 |
-分子 #3: Type I-B CRISPR-associated protein Cas7
分子 | 名称: Type I-B CRISPR-associated protein Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 37.298996 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MMTQKKNDSN IPNYYLYGTV LTRYGLASLN HDIRRGNKTI LQKGYWNNGK IHSFVGSSAI RWALRFYLQK QGYLVNRVWD EEEHINRLT SEDFDPEKFY DDDIFGFALL ESAETEEDTS TTKRKKKQTK TSTPNQRMGA LGMNMAVSLT PYDGAVKLGA K SGREKDST ...文字列: MMTQKKNDSN IPNYYLYGTV LTRYGLASLN HDIRRGNKTI LQKGYWNNGK IHSFVGSSAI RWALRFYLQK QGYLVNRVWD EEEHINRLT SEDFDPEKFY DDDIFGFALL ESAETEEDTS TTKRKKKQTK TSTPNQRMGA LGMNMAVSLT PYDGAVKLGA K SGREKDST SLHFTEYHAT RYQYYFGIDA THLKDFSRIL PMIDGIMNLP KVGGSSNIFN YPFCPDSLVF QWTNHFASYI SY CFEYCDP KSKEAKLSQE FIDEVECGQI DPSKLWIGGT IVKDLQQLDN FESSPLNKAH IYRNRNEMIE ALKTVIKRDL GLE ESK UniProtKB: CRISPR-associated protein |
-分子 #4: Type I-MYXAN CRISPR-associated Cas8a1/Cmx1
分子 | 名称: Type I-MYXAN CRISPR-associated Cas8a1/Cmx1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 63.474328 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHI VSTQPKISLS LHAADTTIMH RVGMTGLYMT LKRLEKQYPL SRQRGGHISW FLTADTIELF WEGSDFIALS WLINESFQL DDTGLIHLVG LDNDRIDLRQ KIHIHEGICG VFLRLNKFYQ AGEIINTELR FEEKQVEYQY KSLTWYAHQT F AEKLCEAD ...文字列: MHHHHHHHHI VSTQPKISLS LHAADTTIMH RVGMTGLYMT LKRLEKQYPL SRQRGGHISW FLTADTIELF WEGSDFIALS WLINESFQL DDTGLIHLVG LDNDRIDLRQ KIHIHEGICG VFLRLNKFYQ AGEIINTELR FEEKQVEYQY KSLTWYAHQT F AEKLCEAD TQQLRHDYIQ ITSWLYLGGI VRHARTQNTT KLEEKPEYAL ALLFVPVVCH YCLLHIPSED LKERKPHRYL VV IPEIKDF EDASQRRWRL QQLETKQFHV SSLGEAGLLY YSLDDIQPEV AYYQACQVWL YEKTNKASRQ RTLMSIEEIK IDK NILITY QQVQKYFKTN YQIIKYKQIF IKVNPIRSLI ADNLVKGIHW WSNFWEKLVI EDSKEYLFNQ LFSNREGFII MAEN SEEDK QYLIFIKVFQ QAMKGNFAKI YAKTEEGKDP PIKKKVERLR AELNYCYDEL SFKEYLSDFL VRGGLNKYFN EHQEE IALL IKKSPWQEIR IWSLLAIASY KPKDKLTNRD DSSLSNNQKL EEVNDDSEEE UniProtKB: Type I-MYXAN CRISPR-associated Cas8a1/Cmx1 |
-分子 #5: Type I-B CRISPR-associated protein Cas11
分子 | 名称: Type I-B CRISPR-associated protein Cas11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 16.314365 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAENSEEDKQ YLIFIKVFQQ AMKGNFAKIY AKTEEGKDPP IKKKVERLRA ELNYCYDELS FKEYLSDFLV RGGLNKYFNE HQEEIALLI KKSPWQEIRI WSLLAIASYK PKDKLTNRDD SSLSNNQKLE EVNDDSEEE UniProtKB: Type I-MYXAN CRISPR-associated Cas8a1/Cmx1 |
-分子 #6: RNA
分子 | 名称: RNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 22.876527 KDa |
配列 | 文字列: UUGCUCAAGA GAAGUCAUUU AAUAAGGCCA CUGUUAAACG UAGGUGAGUC GUGGCUUUAU GCCGUUAGGC G |
-分子 #7: Target DNA strand
分子 | 名称: Target DNA strand / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 3.003993 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) |
-分子 #8: Non-target DNA strand
分子 | 名称: Non-target DNA strand / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 13.973018 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG) (DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DG) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 204496 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |