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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28892 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Torpedo nicotinic acetylcholine receptor in complex with etomidate, desensitized-like state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | acetylcholine receptor / nicotinic receptor / Torpedo / Cys-loop receptor / ion channel / muscle-type nicotinic receptor / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR complex / General anesthetic / Inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / neuron projection 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tetronarce californica (エイ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | |||||||||
データ登録者 | Goswami U / Rahman MM / Teng J / Hibbs RE | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural interplay of anesthetics and paralytics on muscle nicotinic receptors. 著者: Umang Goswami / Md Mahfuzur Rahman / Jinfeng Teng / Ryan E Hibbs / 要旨: General anesthetics and neuromuscular blockers are used together during surgery to stabilize patients in an unconscious state. Anesthetics act mainly by potentiating inhibitory ion channels and ...General anesthetics and neuromuscular blockers are used together during surgery to stabilize patients in an unconscious state. Anesthetics act mainly by potentiating inhibitory ion channels and inhibiting excitatory ion channels, with the net effect of dampening nervous system excitability. Neuromuscular blockers act by antagonizing nicotinic acetylcholine receptors at the motor endplate; these excitatory ligand-gated ion channels are also inhibited by general anesthetics. The mechanisms by which anesthetics and neuromuscular blockers inhibit nicotinic receptors are poorly understood but underlie safe and effective surgeries. Here we took a direct structural approach to define how a commonly used anesthetic and two neuromuscular blockers act on a muscle-type nicotinic receptor. We discover that the intravenous anesthetic etomidate binds at an intrasubunit site in the transmembrane domain and stabilizes a non-conducting, desensitized-like state of the channel. The depolarizing neuromuscular blocker succinylcholine also stabilizes a desensitized channel but does so through binding to the classical neurotransmitter site. Rocuronium binds in this same neurotransmitter site but locks the receptor in a resting, non-conducting state. Together, this study reveals a structural mechanism for how general anesthetics work on excitatory nicotinic receptors and further rationalizes clinical observations in how general anesthetics and neuromuscular blockers interact. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28892.map.gz | 71.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28892-v30.xml emd-28892.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28892_fsc.xml | 10.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28892.png | 245.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28892.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_28892_half_map_1.map.gz emd_28892_half_map_2.map.gz | 71.5 MB 71.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28892 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28892 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28892_validation.pdf.gz | 778.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28892_full_validation.pdf.gz | 778.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28892_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28892_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28892 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28892 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.056 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28892_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28892_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of Torpedo nicotinic acetylcholine receptor in ...
+超分子 #1: Cryo-EM structure of Torpedo nicotinic acetylcholine receptor in ...
+分子 #1: Acetylcholine receptor subunit alpha
+分子 #2: Acetylcholine receptor subunit delta
+分子 #3: Acetylcholine receptor subunit beta
+分子 #4: Acetylcholine receptor subunit gamma
+分子 #8: Etomidate
+分子 #9: CHOLINE ION
+分子 #10: CHOLESTEROL
+分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #12: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
+分子 #13: nonane
+分子 #14: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |