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- EMDB-28757: Structure of SARS-CoV-2 spike with antibody Fabs 2A10 and 1H2 (Lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28757
タイトルStructure of SARS-CoV-2 spike with antibody Fabs 2A10 and 1H2 (Local refinement of the RBD and Fabs 1H2 and 2A10)
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with antibody Fabs 1H2 and 2A10
    • 複合体: Antibody Fab 1H2 heavy chain, Antibody Fab 1H2 light chain, Antibody Fab 2A10 heavy chain, Antibody Fab 2A10 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab 1H2 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab 1H2 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab 2A10 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab 2A10 light chain
    • 複合体: Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Yu X / Zyla D / Hastie KM / Saphire EO
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142790 米国
GHR Foundation 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Potent Omicron-neutralizing antibodies isolated from a patient vaccinated 6 months before Omicron emergence.
著者: Kathryn M Hastie / Xiaoying Yu / Fernanda Ana-Sosa-Batiz / Dawid S Zyla / Stephanie S Harkins / Chitra Hariharan / Hal Wasserman / Michelle A Zandonatti / Robyn Miller / Erin Maule / Kenneth ...著者: Kathryn M Hastie / Xiaoying Yu / Fernanda Ana-Sosa-Batiz / Dawid S Zyla / Stephanie S Harkins / Chitra Hariharan / Hal Wasserman / Michelle A Zandonatti / Robyn Miller / Erin Maule / Kenneth Kim / Kristen M Valentine / Sujan Shresta / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Therapeutic antibodies are an important tool in the arsenal against coronavirus infection. However, most antibodies developed early in the pandemic have lost most or all efficacy against newly ...Therapeutic antibodies are an important tool in the arsenal against coronavirus infection. However, most antibodies developed early in the pandemic have lost most or all efficacy against newly emergent strains of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), particularly those of the Omicron lineage. Here, we report the identification of a panel of vaccinee-derived antibodies that have broad-spectrum neutralization activity. Structural and biochemical characterization of the three broadest-spectrum antibodies reveal complementary footprints and differing requirements for avidity to overcome variant-associated mutations in their binding footprints. In the K18 mouse model of infection, these three antibodies exhibit protective efficacy against BA.1 and BA.2 infection. This study highlights the resilience and vulnerabilities of SARS-CoV-2 antibodies and provides road maps for further development of broad-spectrum therapeutics.
履歴
登録2022年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2023年5月3日-
現状2023年5月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28757.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.94086635 - 1.2151309
平均 (標準偏差)-8.317201e-05 (±0.010179173)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 528.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28757_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28757_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28757_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with antibody Fabs...

全体名称: Structure of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with antibody Fabs 1H2 and 2A10
要素
  • 複合体: Structure of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with antibody Fabs 1H2 and 2A10
    • 複合体: Antibody Fab 1H2 heavy chain, Antibody Fab 1H2 light chain, Antibody Fab 2A10 heavy chain, Antibody Fab 2A10 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab 1H2 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab 1H2 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab 2A10 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab 2A10 light chain
    • 複合体: Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: Structure of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with antibody Fabs...

超分子名称: Structure of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with antibody Fabs 1H2 and 2A10
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Antibody Fab 1H2 heavy chain, Antibody Fab 1H2 light chain, Antib...

超分子名称: Antibody Fab 1H2 heavy chain, Antibody Fab 1H2 light chain, Antibody Fab 2A10 heavy chain, Antibody Fab 2A10 light chain
タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Spike glycoprotein

超分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Antibody Fab 1H2 heavy chain

分子名称: Antibody Fab 1H2 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.783513 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QVQLQQSGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFD DYAMHWVRQA PGKGLEWVSG ITWNSGTIGY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMRSLRAE DTALYYCAKD SGRKLLWGRE DYYMGVWGKG TTVTV

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分子 #2: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 134.065656 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGVKVLFALI CIAVAEAQCV NLTTRTQLPP AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES E FRVYSSAN ...文字列:
MGVKVLFALI CIAVAEAQCV NLTTRTQLPP AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES E FRVYSSAN NCTFEYVSQP FLMDLEGKQG NFKNLREFVF KNIDGYFKIY SKHTPINLVR DLPQGFSALE PLVDLPIGIN IT RFQTLLA LHRSYLTPGD SSSGWTAGAA AYYVGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTS NFRVQP TESIVRFPNI TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVY ADSFV IRGDEVRQIA PGQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAG STPC NGVEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESN KKF LPFQQFGRDI ADTTDAVRDP QTLEILDITP CSFGGVSVIT PGTNTSNQVA VLYQDVNCTE VPVAIHADQL TPTWRVY ST GSNVFQTRAG CLIGAEHVNN SYECDIPIGA GICASYQTQT NSPGSASSVA SQSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPT N FTISVTTEIL PVSMTKTSVD CTMYICGDST ECSNLLLQYG SFCTQLNRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKD FGGFNFSQIL PDPSKPSKRS PIEDLLFNKV TLADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSG WTFGAGPALQ IPFPMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNQN A QALNTLVK QLSSNFGAIS SVLNDILSRL DPPEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAEIRASANL AATKMSECVL GQ SKRVDFC GKGYHLMSFP QSAPHGVVFL HVTYVPAQEK NFTTAPAICH DGKAHFPREG VFVSNGTHWF VTQRNFYEPQ IIT TDNTFV SGNCDVVIGI VNNTVYDPLQ PELDSFKEEL DKYFKNHTSP DVDLGDISGI NASVVNIQKE IDRLNEVAKN LNES LIDLQ ELGKYEQ

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分子 #3: Antibody Fab 1H2 light chain

分子名称: Antibody Fab 1H2 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.796722 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
SYELTQPPSV SVAPGKTARI TCGGSNIGSK SVHWYQQKPG QAPVLVIYYD SDRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSSSDHVVF GG

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分子 #4: Antibody Fab 2A10 heavy chain

分子名称: Antibody Fab 2A10 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.750298 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASEFIVS SNYMSWVRQA PGKGLEWVSL LYSGGTTYYA DSVKGRFTIS RDNSKNTLFL QMNSLRAED TAMYYCARDR GPWLHDYWGQ GTLVTV

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分子 #5: Antibody Fab 2A10 light chain

分子名称: Antibody Fab 2A10 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.920188 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
DIVMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIN KYCNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTFTINSLQP EDIATYYCQ QYDNLPPTFG GGTKVEIKRT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 204842
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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