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万見
- EMDB-28609: Class1 of the INO80-Nucleosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28609
タイトルClass1 of the INO80-Nucleosome complex
マップデータClass1,INO80-Ncp,overall
試料
  • 複合体: INO80-Ncp
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling ATPase INO80
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling complex subunit IES6
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Ino eighty subunit 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードChromatin Remodeler / hexasome / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-Hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


R2TP complex / Swr1 complex / regulation of TOR signaling / telomere maintenance via recombination / Ino80 complex / regulation of metabolic process / 5'-3' DNA helicase activity / box C/D snoRNP assembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 3'-5' DNA helicase activity ...R2TP complex / Swr1 complex / regulation of TOR signaling / telomere maintenance via recombination / Ino80 complex / regulation of metabolic process / 5'-3' DNA helicase activity / box C/D snoRNP assembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / DNA duplex unwinding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / rRNA processing / histone binding / ヘリカーゼ / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / protein stabilization / クロマチンリモデリング / DNA修復 / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA helicase Ino80 / DBINO domain profile. / DBINO domain / DNA結合ドメイン / INO80 complex subunit B-like conserved region / INO80 complex, subunit Ies2 / INO80 complex, subunit Ies6 / PAPA-1-like conserved region / PAPA-1 / Vps72/YL1, C-terminal ...DNA helicase Ino80 / DBINO domain profile. / DBINO domain / DNA結合ドメイン / INO80 complex subunit B-like conserved region / INO80 complex, subunit Ies2 / INO80 complex, subunit Ies6 / PAPA-1-like conserved region / PAPA-1 / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / アクチン / Actin family / アクチン / Helicase conserved C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin-remodeling complex subunit IES6 / Ino eighty subunit 2 / Chromatin-remodeling ATPase INO80 / Actin-related protein 5 / RuvB-like protein 1 / RuvB-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / baker's yeast (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Wu H / Munoz E / Gourdet M / Cheng YF / Narlikar G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Reorientation of INO80 on hexasomes reveals basis for mechanistic versatility.
著者: Hao Wu / Elise N Muñoz / Laura J Hsieh / Un Seng Chio / Muryam A Gourdet / Geeta J Narlikar / Yifan Cheng /
要旨: Unlike other chromatin remodelers, INO80 preferentially mobilizes hexasomes, which can form during transcription. Why INO80 prefers hexasomes over nucleosomes remains unclear. Here, we report ...Unlike other chromatin remodelers, INO80 preferentially mobilizes hexasomes, which can form during transcription. Why INO80 prefers hexasomes over nucleosomes remains unclear. Here, we report structures of INO80 bound to a hexasome or a nucleosome. INO80 binds the two substrates in substantially different orientations. On a hexasome, INO80 places its ATPase subunit, Ino80, at superhelical location -2 (SHL -2), in contrast to SHL -6 and SHL -7, as previously seen on nucleosomes. Our results suggest that INO80 action on hexasomes resembles action by other remodelers on nucleosomes such that Ino80 is maximally active near SHL -2. The SHL -2 position also plays a critical role for nucleosome remodeling by INO80. Overall, the mechanistic adaptations used by INO80 for preferential hexasome sliding imply that subnucleosomal particles play considerable regulatory roles.
履歴
登録2022年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28609.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28609.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Class1,INO80-Ncp,overall
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.030331837 - 1.8638738
平均 (標準偏差)0.0011370418 (±0.02200167)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 400.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Class1,INO80-Ncp,ncp

ファイルemd_28609_additional_1.map
注釈Class1,INO80-Ncp,ncp
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Class1,INO80-Ncp,overall,halfmap1

ファイルemd_28609_half_map_1.map
注釈Class1,INO80-Ncp,overall,halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Class1,INO80-Ncp,overall,halfmap2

ファイルemd_28609_half_map_2.map
注釈Class1,INO80-Ncp,overall,halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : INO80-Ncp

全体名称: INO80-Ncp
要素
  • 複合体: INO80-Ncp
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling ATPase INO80
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling complex subunit IES6
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Ino eighty subunit 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: INO80-Ncp

超分子名称: INO80-Ncp / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Chromatin-remodeling ATPase INO80

分子名称: Chromatin-remodeling ATPase INO80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 56.002078 KDa
配列文字列: IEIDVLCDLT QRQAKLYQVL KSQISTNYDA IENAATNDST SNSASNSGSD QNLINAVMQF RKVCNHPDLF ERADVDSPFS FTTFGKTTS MLTASVANNN SSVISNSNMN LSSMSSNNIS NGKFTDLIYS SRNPIKYSLP RLIYEDLILP NYNNDVDIAN K LKNVKFNI ...文字列:
IEIDVLCDLT QRQAKLYQVL KSQISTNYDA IENAATNDST SNSASNSGSD QNLINAVMQF RKVCNHPDLF ERADVDSPFS FTTFGKTTS MLTASVANNN SSVISNSNMN LSSMSSNNIS NGKFTDLIYS SRNPIKYSLP RLIYEDLILP NYNNDVDIAN K LKNVKFNI FNPSTNYELC LFLSKLTGEP SLNEFFRVST TPLLKRVIER TNGPKNTDSL SFKTITQELL EVTRNAPSEG VM ASLLNVE KHAYEREYLN CIQRGYHPNV SAPPVTIEVL GSSHVTNSIN NELFDPLISQ ALSDIPAITQ YNMHVKKGIP VED FPKTGL FPEPLNKNFS SNISMPSMDR FITESAKLRK LDELLVKLKS EGHRVLIYFQ MTKMMDLMEE YLTYRQYNHI RLDG SSKLE DRRDLVHDWQ TNPEIFVFLL STRAGGLGIN LTAADTVIFY DSDWNPTIDS QAMDRAHRLG QTRQVTVYRL LVRGT IEER MRDRAKQKE

UniProtKB: Chromatin-remodeling ATPase INO80

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分子 #2: Actin-related protein 5

分子名称: Actin-related protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 87.682359 KDa
配列文字列: MSSRDASLTP LKAVVIDDPP LRQTPEPFDE QSAYNPQSPI AIDFGSSKLR AGFVNHATPT HIFPNALTKF RDRKLNKNFT FVGNDTLLD QAVRSQSRSP FDGPFVTNWN LTEEILDYTF HHLGVVPDNG IPNPILLTER LATVQSQRTN WYQILFETYN V PGVTFGID ...文字列:
MSSRDASLTP LKAVVIDDPP LRQTPEPFDE QSAYNPQSPI AIDFGSSKLR AGFVNHATPT HIFPNALTKF RDRKLNKNFT FVGNDTLLD QAVRSQSRSP FDGPFVTNWN LTEEILDYTF HHLGVVPDNG IPNPILLTER LATVQSQRTN WYQILFETYN V PGVTFGID SLFSFYNYNP SGNKTGLVIS CGHEDTNVIP VVDGAGILTD AKRINWGGHQ AVDYLNDLMA LKYPYFPTKM SY LQYETMY KDYCYVSRNY DEDIEKILTL ENLDTNDVVV EAPFTEVLQP QKTEEELRIQ AEKRKETGKR LQEQARLKRM EKL VQKQEE FEYFSKVRDQ LIDEPKKKVL SVLQNAGFDD ERDFKKYLHS LEQSLKKAQM VEAEDDSHLD EMNEDKTAQK FDLL DIADE DLNEDQIKEK RKQRFLKASQ DARQKAKEEK ERVAKEEEEK KLKEQQWRET DLNGWIKDKR LKLNKLIKRR KEKLK LRDE MKDRKSQVSQ NRMKNLASLA EDNVKQGAKR NRHQATIDND PNDTFGANDE DWLIYTDITQ NPEAFEEALE YEYKDI VEL ERLLLEHDPN FTEEDTLEAQ YDWRNSILHL FLRGPRPHDS ENIHEQHQMH LNVERIRVPE VIFQPTMGGQ DQAGICE LS ETILLKKFGS QPGKLSQTSI DMVNNVLITG GNAKVPGLKE RIVKEFTGFL PTGTNITVNM SSDPSLDAWK GMAALARN E EQYRKTVISK KEYEEYGPEY IKEHKLGNTK YFED

UniProtKB: Actin-related protein 5

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分子 #3: Chromatin-remodeling complex subunit IES6

分子名称: Chromatin-remodeling complex subunit IES6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.392762 KDa
配列文字列:
ERLLFLRSVG ERNEIGFPSR FKSAHYKKPT RRHKSARQLI SDENKRINAL LTKANKAAES STAARRLVPK ATYFSVEAPP SIRPAKKYC DVTGLKGFYK SPTNNIRYHN AEIYQLIVKP MAPGVDQEYL KLRGAN

UniProtKB: Chromatin-remodeling complex subunit IES6

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分子 #4: RuvB-like protein 1

分子名称: RuvB-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 48.543805 KDa
配列文字列: VTRTAAHTHI KGLGLDESGV AKRVEGGFVG QIEAREACGV IVDLIKAKKM SGRAILLAGG PSTGKTALAL AISQELGPKV PFCPLVGSE LYSVEVKKTE TLMENFRRAI GLRIKETKEV YEGEVTELTP EDAENPLGGY GKTISHVIVG LKSAKGTKTL R LDPTIYES ...文字列:
VTRTAAHTHI KGLGLDESGV AKRVEGGFVG QIEAREACGV IVDLIKAKKM SGRAILLAGG PSTGKTALAL AISQELGPKV PFCPLVGSE LYSVEVKKTE TLMENFRRAI GLRIKETKEV YEGEVTELTP EDAENPLGGY GKTISHVIVG LKSAKGTKTL R LDPTIYES IQREKVSIGD VIYIEANTGA VKRVGRSDAY ATEFDLETEE YVPLPKGEVH KKKEIVQDVT LHDLDVANAR PQ GGQDVIS MMGQLLKPKK TEITEKLRQE VNKVVAKYID QGVAELIPGV LFIDEVNMLD IEIFTYLNKA LESNIAPVVV LAS NRGMTT VRGTEDVISP HGVPPDLIDR LLIVRTLPYD KDEIRTIIER RATVERLQVE SSALDLLATM GTETSLRYAL QLLA PCGIL AQTSNRKEIV VNDVNEAKLL FLDAKRSTKI LETSANYL

UniProtKB: RuvB-like protein 1

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分子 #5: RuvB-like protein 2

分子名称: RuvB-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 49.019773 KDa
配列文字列: KSLSLIAAHS HITGLGLDEN LQPRPTSEGM VGQLQARRAA GVILKMVQNG TIAGRAVLVA GPPSTGKTAL AMGVSQSLGK DVPFTAIAG SEIFSLELSK TEALTQAFRK SIGIKIKEET ELIEGEVVEI QIDRSITGGH KQGKLTIKTT DMETIYELGN K MIDGLTKE ...文字列:
KSLSLIAAHS HITGLGLDEN LQPRPTSEGM VGQLQARRAA GVILKMVQNG TIAGRAVLVA GPPSTGKTAL AMGVSQSLGK DVPFTAIAG SEIFSLELSK TEALTQAFRK SIGIKIKEET ELIEGEVVEI QIDRSITGGH KQGKLTIKTT DMETIYELGN K MIDGLTKE KVLAGDVISI DKASGKITKL GRSFARSRDY DAMGADTRFV QCPEGELQKR KTVVHTVSLH EIDVINSRTQ GF LALFTGD TGEIRSEVRD QINTKVAEWK EEGKAEIVPG VLFIDEVHML DIECFSFINR ALEDEFAPIV MMATNRGVSK TRG TNYKSP HGLPLDLLDR SIIITTKSYN EQEIKTILSI RAQEEEVELS SDALDLLTKT GVETSLRYSS NLISVAQQIA MKRK NNTVE VEDVKRAYLL FLDSARSVKY VQENESQYID DQGNVQISIA K

UniProtKB: RuvB-like protein 2

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分子 #6: Ino eighty subunit 2

分子名称: Ino eighty subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 3.531075 KDa
配列文字列:
FVKPRRPYNS EGMTRILRRY EEDLFCTF

UniProtKB: Ino eighty subunit 2

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分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22054

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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