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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28259 | ||||||||||||
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タイトル | Mouse apoferritin heavy chain with zinc determined using single-particle cryo-EM with Apollo camera. | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | bind with iron / METAL BINDING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of ferroptosis / iron ion sequestering activity / autolysosome / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of ferroptosis / iron ion sequestering activity / autolysosome / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen / Neutrophil degranulation / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.66 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Peng R / Fu X / Mendez JH / Randolph PH / Bammes B / Stagg SM | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2023 タイトル: Characterizing the resolution and throughput of the Apollo direct electron detector. 著者: Ruizhi Peng / Xiaofeng Fu / Joshua H Mendez / Peter S Randolph / Benjamin E Bammes / Scott M Stagg / 要旨: Advances in electron detection have been essential to the success of high-resolution cryo-EM structure determination. A new generation of direct electron detector called the Apollo, has been ...Advances in electron detection have been essential to the success of high-resolution cryo-EM structure determination. A new generation of direct electron detector called the Apollo, has been developed by Direct Electron. The Apollo uses a novel event-based MAPS detector custom designed for ultra-fast electron counting. We have evaluated this new camera, finding that it delivers high detective quantum efficiency (DQE) and low coincidence loss, enabling high-quality electron counting data acquisition at up to nearly 80 input electrons per pixel per second. We further characterized the performance of Apollo for single particle cryo-EM on real biological samples. Using mouse apoferritin, Apollo yielded better than 1.9 Å resolution reconstructions at all three tested dose rates from a half-day data collection session each. With longer collection time and improved specimen preparation, mouse apoferritin was reconstructed to 1.66 Å resolution. Applied to a more challenging small protein aldolase, we obtained a 2.24 Å resolution reconstruction. The high quality of the map indicates that the Apollo has sufficiently high DQE to reconstruct smaller proteins and complexes with high-fidelity. Our results demonstrate that the Apollo camera performs well across a broad range of dose rates and is capable of capturing high quality data that produce high-resolution reconstructions for large and small single particle samples. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28259.map.gz | 42.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28259-v30.xml emd-28259.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28259_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28259.png | 180.6 KB | ||
マスクデータ | emd_28259_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-28259.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_28259_half_map_1.map.gz emd_28259_half_map_2.map.gz | 330.9 MB 331 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28259 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28259 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28259_validation.pdf.gz | 641.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28259_full_validation.pdf.gz | 641.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28259_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28259_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28259 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28259 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28259.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.599 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28259_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28259_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28259_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mouse apoferritin heavy chain
全体 | 名称: Mouse apoferritin heavy chain |
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要素 |
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-超分子 #1: Mouse apoferritin heavy chain
超分子 | 名称: Mouse apoferritin heavy chain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Ferritin is a universal intracellular protein that stores iron and releases it in a controlled fashion. |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 506 KDa |
-分子 #1: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
分子 | 名称: Ferritin heavy chain, N-terminally processed / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 20.079594 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: PSQVRQNYHQ DAEAAINRQI NLELYASYVY LSMSCYFDRD DVALKNFAKY FLHQSHEERE HAEKLMKLQN QRGGRIFLQD IKKPDRDDW ESGLNAMECA LHLEKSVNQS LLELHKLATD KNDPHLCDFI ETYYLSEQVK SIKELGDHVT NLRKMGAPEA G MAEYLFDK HTLG UniProtKB: Ferritin heavy chain |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #3: FE (III) ION
分子 | 名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: FE |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2975 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.0 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: DTT are added freshly before use. | ||||||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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ソフトウェア | 名称: Leginon (ver. 3.3) 詳細: leginon are used for automated single particle data collection. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 8192 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8192 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3804 / 平均露光時間: 1.597 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 80.0 µm / 倍率(補正後): 72621 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |