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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28207 | |||||||||
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タイトル | Clostridioides difficile binary toxin translocase CDTb double mutant - D623A D734A | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | translocase / binary toxin / calcium / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein homooligomerization / transferase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Clostridioides difficile (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Abeyawardhane DL / Pozharski E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Calcium-mediated Pore Formation of Clostridioides difficile Binary Toxin 著者: Abeyawardhane DL / Adipietro KA / Ruiz RG / Varney KM / Rustandi RR / Silin VI / Pozharski E / Weber DJ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28207.map.gz | 125.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28207-v30.xml emd-28207.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28207_fsc.xml | 18.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28207.png | 115.3 KB | ||
その他 | emd_28207_half_map_1.map.gz emd_28207_half_map_2.map.gz | 226.3 MB 226.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28207 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28207 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28207_validation.pdf.gz | 1023.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28207_full_validation.pdf.gz | 1023 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28207_validation.xml.gz | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28207_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28207 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28207 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28207.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.889 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28207_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28207_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Single heptamer of Clostridioides difficile binary toxin transloc...
全体 | 名称: Single heptamer of Clostridioides difficile binary toxin translocase CDTb D623A D734A double mutant |
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要素 |
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-超分子 #1: Single heptamer of Clostridioides difficile binary toxin transloc...
超分子 | 名称: Single heptamer of Clostridioides difficile binary toxin translocase CDTb D623A D734A double mutant タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: R20291 |
-分子 #1: ADP-ribosyltransferase binding component
分子 | 名称: ADP-ribosyltransferase binding component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: R20291 |
分子量 | 理論値: 74.591078 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: LMSDWEDEDL DTDNDNIPDS YERNGYTIKD LIAVKWEDSF AEQGYKKYVS NYLESNTAGD PYTDYEKASG SFDKAIKTEA RDPLVAAYP IVGVGMEKLI ISTNEHASTD QGKTVSRATT NSKTESNTAG VSVNVGYQNG FTANVTTNYS HTTDNSTAVQ D SNGESWNT ...文字列: LMSDWEDEDL DTDNDNIPDS YERNGYTIKD LIAVKWEDSF AEQGYKKYVS NYLESNTAGD PYTDYEKASG SFDKAIKTEA RDPLVAAYP IVGVGMEKLI ISTNEHASTD QGKTVSRATT NSKTESNTAG VSVNVGYQNG FTANVTTNYS HTTDNSTAVQ D SNGESWNT GLSINKGESA YINANVRYYN TGTAPMYKVT PTTNLVLDGD TLSTIKAQEN QIGNNLSPGD TYPKKGLSPL AL NTMDQFS SRLIPINYDQ LKKLDAGKQI KLETTQVSGN FGTKNSSGQI VTEGNSWSDY ISQIDSISAS IILDTENESY ERR VTAKNL QDPEDKTPEL TIGEAIEKAF GATKKDGLLY FNDIPIDESC VELIFDDNTA NKIKDSLKTL SDKKIYNVKL ERGM NILIK TPTYFTNFAD YNNYPSTWSN VNTTNQDGLQ GSANKLNGET KIKIPMSELK PYKRYVFSGY SKDPLTSNSI IVKIK AKEE KTDYLVPEQG YTKFSYEFET TEKDSSNIEI TLIGSGTTYL ANLSITELNS TPEILDEPEV KIPTDQEIMD AHKIYF ADL NFNPSTGNTY INGMYFAPTQ TNKEALDYIQ KYRVEATLQY SGFKDIGTKD KEMRNYLGDP NQPKTNYVNL RSYFTGG EN IMTYKKLRIY AITPDDRELL VLSVD UniProtKB: ADP-ribosyltransferase binding component |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 14 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |