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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28135 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of L9 Fab in complex with rsCSP | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of L9 Fab in complex with rsCSP | |||||||||
試料 |
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キーワード | PfCSP / malaria / antibody / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Martin GM / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis of epitope selectivity and potent protection from malaria by PfCSP antibody L9. 著者: Gregory M Martin / Monica L Fernández-Quintero / Wen-Hsin Lee / Tossapol Pholcharee / Lisa Eshun-Wilson / Klaus R Liedl / Marie Pancera / Robert A Seder / Ian A Wilson / Andrew B Ward / 要旨: A primary objective in malaria vaccine design is the generation of high-quality antibody responses against the circumsporozoite protein of the malaria parasite, Plasmodium falciparum (PfCSP). To ...A primary objective in malaria vaccine design is the generation of high-quality antibody responses against the circumsporozoite protein of the malaria parasite, Plasmodium falciparum (PfCSP). To enable rational antigen design, we solved a cryo-EM structure of the highly potent anti-PfCSP antibody L9 in complex with recombinant PfCSP. We found that L9 Fab binds multivalently to the minor (NPNV) repeat domain, which is stabilized by a unique set of affinity-matured homotypic, antibody-antibody contacts. Molecular dynamics simulations revealed a critical role of the L9 light chain in integrity of the homotypic interface, which likely impacts PfCSP affinity and protective efficacy. These findings reveal the molecular mechanism of the unique NPNV selectivity of L9 and emphasize the importance of anti-homotypic affinity maturation in protective immunity against P. falciparum. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28135.map.gz | 20.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28135-v30.xml emd-28135.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28135.png | 112.7 KB | ||
その他 | emd_28135_half_map_1.map.gz emd_28135_half_map_2.map.gz | 20.7 MB 20.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28135 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28135 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28135_validation.pdf.gz | 792.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28135_full_validation.pdf.gz | 792.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28135_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28135_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28135 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28135 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8eh5MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of L9 Fab in complex with rsCSP | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of L9 Fab in complex with rsCSP
ファイル | emd_28135_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of L9 Fab in complex with rsCSP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of L9 Fab in complex with rsCSP
ファイル | emd_28135_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of L9 Fab in complex with rsCSP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : trimeric complex of L9 Fab with rsCSP
全体 | 名称: trimeric complex of L9 Fab with rsCSP |
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要素 |
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-超分子 #1: trimeric complex of L9 Fab with rsCSP
超分子 | 名称: trimeric complex of L9 Fab with rsCSP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Circumsporozoite protein
超分子 | 名称: Circumsporozoite protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
-超分子 #3: L9 Heavy chain, L9 Light chain
超分子 | 名称: L9 Heavy chain, L9 Light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Circumsporozoite protein
分子 | 名称: Circumsporozoite protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 30.363354 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MYGSSSNTRV LNELNYDNAG TNLYNELEMN YYGKQENWYS LKKNSRSLGE NDDGNNEDNE KLRKPKHKKL KQPADGNPDP NANPNVDPN ANPNVDPNAN PNVDPNANPN ANPNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN P NANPNANP ...文字列: MYGSSSNTRV LNELNYDNAG TNLYNELEMN YYGKQENWYS LKKNSRSLGE NDDGNNEDNE KLRKPKHKKL KQPADGNPDP NANPNVDPN ANPNVDPNAN PNVDPNANPN ANPNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN P NANPNANP NKNNQGNGQG HNMPNDPNRN VDENANANSA VKNNNNEEPS DKHIKEYLNK IQNSLSTEWS PCSVTCGNGI QV RIKPGSA NKPKDELDYA NDIEKKICKM EKCSSVFNVV NS |
-分子 #2: L9 Heavy chain
分子 | 名称: L9 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.475436 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QVKLVESGGG VVQPGRSLRL SCEASGFIFS TYGMHWVRQA PGKGLEWVAV IWFDGSNIYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTVF MQMDSLRAE DTAVYYCHRN FYDGSGPFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: QVKLVESGGG VVQPGRSLRL SCEASGFIFS TYGMHWVRQA PGKGLEWVAV IWFDGSNIYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTVF MQMDSLRAE DTAVYYCHRN FYDGSGPFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKTH |
-分子 #3: L9 Light chain
分子 | 名称: L9 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.597254 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQFIS RWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSETH FTLTISSLQP DDVATYYCQ EYTSYGRTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQFIS RWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSETH FTLTISSLQP DDVATYYCQ EYTSYGRTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 451712 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |