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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28129 | |||||||||
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タイトル | Tail knob structure of Staphylococcus phage Andhra | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | phage tail / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Distal tube protein, N-terminal / Caudoviral major tail protein N-terminus / Lower collar protein / Major tail protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus phage Andhra (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Kizziah JL / Hawkins NC / Dokland T | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure and host specificity of bacteriophage Andhra. 著者: N'Toia C Hawkins / James L Kizziah / Asma Hatoum-Aslan / Terje Dokland / 要旨: is an opportunistic pathogen of the human skin, often associated with infections of implanted medical devices. Staphylococcal picoviruses are a group of strictly lytic, short-tailed bacteriophages ... is an opportunistic pathogen of the human skin, often associated with infections of implanted medical devices. Staphylococcal picoviruses are a group of strictly lytic, short-tailed bacteriophages with compact genomes that are attractive candidates for therapeutic use. Here, we report the structure of the complete virion of -infecting phage Andhra, determined using high-resolution cryo-electron microscopy, allowing atomic modeling of 11 capsid and tail proteins. The capsid is a = 4 icosahedron containing a unique stabilizing capsid lining protein. The tail includes 12 trimers of a unique receptor binding protein (RBP), a lytic protein that also serves to anchor the RBPs to the tail stem, and a hexameric tail knob that acts as a gatekeeper for DNA ejection. Using structure prediction with AlphaFold, we identified the two proteins that comprise the tail tip heterooctamer. Our findings elucidate critical features for virion assembly, host recognition, and penetration. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28129.map.gz | 198.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28129-v30.xml emd-28129.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28129_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28129.png | 89.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28129.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_28129_half_map_1.map.gz emd_28129_half_map_2.map.gz | 169.6 MB 169.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28129 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28129 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28129_validation.pdf.gz | 906.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28129_full_validation.pdf.gz | 906 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28129_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28129_validation.cif.gz | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28129 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28129 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28129.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.328 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28129_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28129_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Staphylococcus phage Andhra
全体 | 名称: Staphylococcus phage Andhra (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Staphylococcus phage Andhra
超分子 | 名称: Staphylococcus phage Andhra / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1958907 / 生物種: Staphylococcus phage Andhra / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) |
-分子 #1: Lower collar protein
分子 | 名称: Lower collar protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ) |
分子量 | 理論値: 28.450355 KDa |
組換発現 | 生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ) |
配列 | 文字列: MQKMLYFDDD VKQIVDHMFF KGFMFNDERI DRYFKESFTL RFLYREIGRQ TVESFASQVL YITMTHEDYI YRVYGSDMYK YIEQVTDTQ SQDLGKAIEN AIEQGQTKDR QQDKGHEEYK DYEDTITKSF DDNRTAESTL PQSKVNIDVD NTVLDYADTN T ISRDKNTS ...文字列: MQKMLYFDDD VKQIVDHMFF KGFMFNDERI DRYFKESFTL RFLYREIGRQ TVESFASQVL YITMTHEDYI YRVYGSDMYK YIEQVTDTQ SQDLGKAIEN AIEQGQTKDR QQDKGHEEYK DYEDTITKSF DDNRTAESTL PQSKVNIDVD NTVLDYADTN T ISRDKNTS ETVSEKTGTK DNTFDSLRNG ESDTKRNTQS QNEMNRTGLT KQYLIDNLQK LYSMRDTIFK TYDKECFLHI W UniProtKB: Lower collar protein |
-分子 #2: Major tail protein
分子 | 名称: Major tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ) |
分子量 | 理論値: 68.431773 KDa |
組換発現 | 生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ) |
配列 | 文字列: MADRKLTHFK FFYNTPLTDY QNTIHFSSNN ERDNYFLNEN HFNAIDYKNI PFNFIRDRNM VNLEQMSWQD AQGINYCTFK SDFENRRYY AFVNQIEYVN DHVTRMYLVI DTVMTYTQGN VLSTVQNAFV ERQHLPRDVY NYLLPSLRNN DDVIKASNKY Y LNNYLEQF ...文字列: MADRKLTHFK FFYNTPLTDY QNTIHFSSNN ERDNYFLNEN HFNAIDYKNI PFNFIRDRNM VNLEQMSWQD AQGINYCTFK SDFENRRYY AFVNQIEYVN DHVTRMYLVI DTVMTYTQGN VLSTVQNAFV ERQHLPRDVY NYLLPSLRNN DDVIKASNKY Y LNNYLEQF GGNLVLFQSS ADLSKKFGTK KEPNLESSKG ITYDYITSPV NLYVMNREDF NNFMDKMSKY PWITQNFQKI IL IPATFIN KDDLEAVKTQ EDIKGLMTLK NDKLSNEWEL KELRVPFERL QYMLNSNQDE LKHLVRNEYL TIEIYSWNGD SLL LDAGKI TERTGVKLKT KSIIGYHNEV RIYPVDYNSA PNEKPIKASD NSILIDTGSF LNTAITFDSF AEVPILIDNG LLAQ SQQAN KQKNAQSNLI SNRINNVVNG NDLKSRFYDA VSIGSNLSPT ALFSKFNDEY NYYKELRAEY KDLALQPPTV TSSQM GNAF QIANSINGLT MKIGVPAPFD MDNIQRYYFM LGFETNDQAG TPFPIDSWTV CNYLRMRGTY TIDGIDPMLL EQLKVL LET GVRFWHNDGT NNPMAQNVFK NKFRK UniProtKB: Major tail protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 39.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |