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- EMDB-28128: Upper tail structure of Staphylococcus phage Andhra -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28128
タイトルUpper tail structure of Staphylococcus phage Andhra
マップデータ
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: gp15, receptor-binding protein, tail fiber
    • タンパク質・ペプチド: Upper collar protein
    • タンパク質・ペプチド: gp16, tail stem protein
    • タンパク質・ペプチド: SGNH_hydro domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: gp20, portal-proximal core protein
キーワードphage tail / portal / receptor-binding protein / VIRUS
機能・相同性Portal protein Gp10 superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / SGNH_hydro domain-containing protein / Peptidase S74 domain-containing protein / Adhesin / Upper collar protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Kizziah JL / Hawkins NC / Dokland T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI156636 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure and host specificity of bacteriophage Andhra.
著者: N'Toia C Hawkins / James L Kizziah / Asma Hatoum-Aslan / Terje Dokland /
要旨: is an opportunistic pathogen of the human skin, often associated with infections of implanted medical devices. Staphylococcal picoviruses are a group of strictly lytic, short-tailed bacteriophages ... is an opportunistic pathogen of the human skin, often associated with infections of implanted medical devices. Staphylococcal picoviruses are a group of strictly lytic, short-tailed bacteriophages with compact genomes that are attractive candidates for therapeutic use. Here, we report the structure of the complete virion of -infecting phage Andhra, determined using high-resolution cryo-electron microscopy, allowing atomic modeling of 11 capsid and tail proteins. The capsid is a = 4 icosahedron containing a unique stabilizing capsid lining protein. The tail includes 12 trimers of a unique receptor binding protein (RBP), a lytic protein that also serves to anchor the RBPs to the tail stem, and a hexameric tail knob that acts as a gatekeeper for DNA ejection. Using structure prediction with AlphaFold, we identified the two proteins that comprise the tail tip heterooctamer. Our findings elucidate critical features for virion assembly, host recognition, and penetration.
履歴
登録2022年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28128.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.328 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.08902089 - 0.13696823
平均 (標準偏差)0.0016012958 (±0.0051179207)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 679.936 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28128_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28128_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage Andhra

全体名称: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: gp15, receptor-binding protein, tail fiber
    • タンパク質・ペプチド: Upper collar protein
    • タンパク質・ペプチド: gp16, tail stem protein
    • タンパク質・ペプチド: SGNH_hydro domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: gp20, portal-proximal core protein

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超分子 #1: Staphylococcus phage Andhra

超分子名称: Staphylococcus phage Andhra / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1958907 / 生物種: Staphylococcus phage Andhra / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

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分子 #1: gp15, receptor-binding protein, tail fiber

分子名称: gp15, receptor-binding protein, tail fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
分子量理論値: 67.393203 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
配列文字列: MYINNGRINY NNEYGYRRGI YREPFYSDNA DYNTNSKSYY DYLARFNGFI FELCDFVNGL ADDIQKMKDT YEALTLSNTD VTYTVGQKG DFDTLNHCFE HIEDLIVQPK SIRVILLKDY MMREQLFLRD KRYNHITITS ENDIVEAYET ELNRQVEIKT N PIFRVKPL ...文字列:
MYINNGRINY NNEYGYRRGI YREPFYSDNA DYNTNSKSYY DYLARFNGFI FELCDFVNGL ADDIQKMKDT YEALTLSNTD VTYTVGQKG DFDTLNHCFE HIEDLIVQPK SIRVILLKDY MMREQLFLRD KRYNHITITS ENDIVEAYET ELNRQVEIKT N PIFRVKPL FYGINSTFPK IDFKLQNKDF SDTINCGFLM DNTTFEMTER GGSTHFNFIG LCGVNGSHIQ TNYCDFSYNG NR EQLEEYN KDQNMYGDGL RIFNSSLTGN YMTVNRCGEI GIHFSHGASG YIDFTEARFN GHHGLMVTTG SQASARNCKI TDT IDDNVV SYASSDIDLR SSDCSNSQTT YGVIATRSSN INFDKGIANG CGASGIMANR GCSIDATGAT ASRNKWHGVI ASNN SKVDF TSGNANENGL DGIQCTHGST VQARLSTTNG NKRNGVLAYA GDVYCQEINC DGNGRRGLEA TRGGYVAAYG AKVSR SKDD NVLAYGSMIS INEALIERAG RNGIEATRGG QIFADRITIT GSGDFGILAY ASKVFAEASN ISGTKNEPVY ATRGGE VTC FGSNISSNKT VYNVYNGSRI FTDKDHGYST NVDPQTLSSK GLIILG

UniProtKB: Peptidase S74 domain-containing protein

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分子 #2: Upper collar protein

分子名称: Upper collar protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
分子量理論値: 39.219121 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
配列文字列: MSYLDNDYIG KNKDVGLKVE LTEDIDRRIM EHRNRFRRLI FNRYVEFLPL LINYTNQNSV GIDFLQLEIA LRQGYQVVVG KARNGVIMI LGYIQSMYYK NSNDFINNFN LTFNKRLTQD DITFIIPDYL RPDYALEIEY YDNCQSGDFI VLRNKPVNLN N DYQIIEHY ...文字列:
MSYLDNDYIG KNKDVGLKVE LTEDIDRRIM EHRNRFRRLI FNRYVEFLPL LINYTNQNSV GIDFLQLEIA LRQGYQVVVG KARNGVIMI LGYIQSMYYK NSNDFINNFN LTFNKRLTQD DITFIIPDYL RPDYALEIEY YDNCQSGDFI VLRNKPVNLN N DYQIIEHY CDELAEIILS RFSLIMQSKF SKIFLSDIQD ETINQFINKL YNGAPFIKTD KYIDPEEDII DLGSDFVTTA LV EMKREYQ NKVSELSNFL GVNSLAVDKE SGVSDTEAKS NRSFTTSNSN IYLRGRNPFE MLNRRFNLDI HPYYDDEAIS EMD IMNLKT DNFGGGKVE

UniProtKB: Upper collar protein

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分子 #3: gp16, tail stem protein

分子名称: gp16, tail stem protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
分子量理論値: 33.070457 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
配列文字列: LSKHTTTLYE IIESELQRLG LNEFVNNDRI HFNDSKHAFM QKMLYFDDDV KQIVDHMFFK GFMFNDERID RYFKESFTLR FLYREIGRQ TVESFASQVL YITMTHEDYI YRVYGSDMYK YIEQVTDTQS QDLGKAIENA IEQGQTKDRQ QDKGHEEYKD Y EDTITKSF ...文字列:
LSKHTTTLYE IIESELQRLG LNEFVNNDRI HFNDSKHAFM QKMLYFDDDV KQIVDHMFFK GFMFNDERID RYFKESFTLR FLYREIGRQ TVESFASQVL YITMTHEDYI YRVYGSDMYK YIEQVTDTQS QDLGKAIENA IEQGQTKDRQ QDKGHEEYKD Y EDTITKSF DDNRTAESTL PQSKVNIDVD NTVLDYADTN TISRDKNTSE TVSEKTGTKD NTFDSLRNGE SDTKRNTQSQ NE MNRTGLT KQYLIDNLQK LYSMRDTIFK TYDKECFLHI W

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分子 #4: SGNH_hydro domain-containing protein

分子名称: SGNH_hydro domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
分子量理論値: 46.951672 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
配列文字列: LIIKHQMKLH LNELVDWAWR NGVTSEKFHS NNGSYVIFDH SAVVETYIIN KNDLFNVTEE IEITLDKPID YFLEKDMYGN YREHFGIAI NDLLFLNTTV NIWLVNDDNS HILIYKDGKL IDEYMYHQFE YEANQNKHIY PNNKASGTYP HKTEQDVTPP K KQPDTKPL ...文字列:
LIIKHQMKLH LNELVDWAWR NGVTSEKFHS NNGSYVIFDH SAVVETYIIN KNDLFNVTEE IEITLDKPID YFLEKDMYGN YREHFGIAI NDLLFLNTTV NIWLVNDDNS HILIYKDGKL IDEYMYHQFE YEANQNKHIY PNNKASGTYP HKTEQDVTPP K KQPDTKPL PPEEHTPKVR TIKTLNGTVM KDYTPVSSIQ YVKSVGIIGD SVGKGAHASY NFGDYINEKT GAKIQNLSVS SA TMSEVKD NNILNQAKQL KDNELVIIQG TDDDWLFNSN AGVEVGNKIT DTKTYIGAFY KVVETVKENN PKAKIVVITP TKQ AKIDDT GKVIRRDTDK NKKGYTLKTY VDSQVKATKD LGLALYNAYD DSLINPYDEK FRQSSMKDGL HPTKWGHEMM YYRI AETYH KNFD

UniProtKB: SGNH_hydro domain-containing protein

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分子 #5: gp20, portal-proximal core protein

分子名称: gp20, portal-proximal core protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
分子量理論値: 12.303066 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
配列文字列:
MAEEEKIIKE EPTNEETEQP EKIESAEDVV TEPEKEVTEE KSEAFVQLEQ RISSLEQRLN NLESQPQPTQ ESSDPNFEDK TVPTEVDDN QETDGIESSE EIKQMLNL

UniProtKB: Adhesin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 154849
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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