+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HMPV F complex with 4I3 Fab | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | human antibodies / RSV and MPV Fusion protein / complex Cryo-EM structure / viral protein and antiviral protein / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
![]() | Wen X / Jardetzky TS | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Potent cross-neutralization of respiratory syncytial virus and human metapneumovirus through a structurally conserved antibody recognition mode. 著者: Xiaolin Wen / Naveenchandra Suryadevara / Nurgun Kose / Jing Liu / Xiaoyan Zhan / Laura S Handal / Lauren E Williamson / Andrew Trivette / Robert H Carnahan / Theodore S Jardetzky / James E Crowe / ![]() 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) infections pose a significant health burden. Using pre-fusion conformation fusion (F) proteins, we isolated a panel of anti-F ...Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) infections pose a significant health burden. Using pre-fusion conformation fusion (F) proteins, we isolated a panel of anti-F antibodies from a human donor. One antibody (RSV-199) potently cross-neutralized 8 RSV and hMPV strains by recognizing antigenic site III, which is partially conserved in RSV and hMPV F. Next, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of RSV-199 bound to RSV F trimers, hMPV F monomers, and an unexpected dimeric form of hMPV F. These structures revealed how RSV-199 engages both RSV and hMPV F proteins through conserved interactions of the antibody heavy-chain variable region and how variability within heavy-chain complementarity-determining region 3 (HCDR3) can be accommodated at the F protein interface in site-III-directed antibodies. Furthermore, RSV-199 offered enhanced protection against RSV A and B strains and hMPV in cotton rats. These findings highlight the mechanisms of broad neutralization and therapeutic potential of RSV-199. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.8 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 18.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 725.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 724.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27990_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27990_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : MPV fusion protein complex with 4I3 Fab
全体 | 名称: MPV fusion protein complex with 4I3 Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: MPV fusion protein complex with 4I3 Fab
超分子 | 名称: MPV fusion protein complex with 4I3 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 45.044461 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCADGPSLIK TELDLTKSAL RELRTVSADQ LAREEQIENP RQSRFVLGA IALGVCTAAA VTAGVAIAKT IRLESEVTAI KNALKKTNEA VSTLGNGVRV LATAVRELKD FVSKNLTRAI N KNKCDIPD ...文字列: LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCADGPSLIK TELDLTKSAL RELRTVSADQ LAREEQIENP RQSRFVLGA IALGVCTAAA VTAGVAIAKT IRLESEVTAI KNALKKTNEA VSTLGNGVRV LATAVRELKD FVSKNLTRAI N KNKCDIPD LKMAVSFSQF NRRFLNVVRQ FSDNAGITPA ISLDLMTDAE LARAVSNMPT SAGQIKLMLE NRAMVRRKGF GI LIGVYGS SVIYMVQLPI FGVIDTPCWI VKAAPSCSEK KGNYACLLRE DQGWYCQNAG STVYYPNEKD CETRGDHVFC DTA CGINVA EQSKECNINI STTNYPCKVS TGRHPISMVA LSPLGALVAC YKGVSCSIGS NRVGIIKQLN KGCSYITNQD ADTV TIDNT VYQLSKVEG |
-分子 #2: 4I3 heavy chain protein
分子 | 名称: 4I3 heavy chain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.376045 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSIS NYYWNWIRQP PGKGLEWIGY FYYSGSTKYN PSLKSRVTIS LDMSKNQFSL KLRSVTAAD TAVYYCARGT MRESGMPDAF DIWGQGTVVT VS |
-分子 #3: 4I3 light chain protein
分子 | 名称: 4I3 light chain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.438607 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SYELIQPPSV SVSPGQTAII TCSGNNLGNK YACWYQQKAG QSPVMIIYQD NRRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISGTQAM DEADYYCQA WDSSVVFGGG TKLTVLGQ |
-実験情報
-構造解析
![]() | 単粒子再構成法 |
---|---|
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 1.8 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 36.522 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 11.445 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |