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- EMDB-27981: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged part... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27981
タイトルSsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities
マップデータ
試料
  • 複合体: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities.
    • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein MCM
    • DNA: DNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium
  • リガンド: water
キーワードHelicase / ATPase / REPLICATION / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex / DNA duplex unwinding / helicase activity / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain ...: / MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Minichromosome maintenance protein MCM
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Meagher M / Myasnikov A / Enemark EJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136313 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098771 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Two Distinct Modes of DNA Binding by an MCM Helicase Enable DNA Translocation.
著者: Martin Meagher / Alexander Myasnikov / Eric J Enemark /
要旨: A six-subunit ATPase ring forms the central hub of the replication forks in all domains of life. This ring performs a helicase function to separate the two complementary DNA strands to be replicated ...A six-subunit ATPase ring forms the central hub of the replication forks in all domains of life. This ring performs a helicase function to separate the two complementary DNA strands to be replicated and drives the replication machinery along the DNA. Disruption of this helicase/ATPase ring is associated with genetic instability and diseases such as cancer. The helicase/ATPase rings of eukaryotes and archaea consist of six minichromosome maintenance (MCM) proteins. Prior structural studies have shown that MCM rings bind one encircled strand of DNA in a spiral staircase, suggesting that the ring pulls this strand of DNA through its central pore in a hand-over-hand mechanism where the subunit at the bottom of the staircase dissociates from DNA and re-binds DNA one step above the staircase. With high-resolution cryo-EM, we show that the MCM ring of the archaeal organism binds an encircled DNA strand in two different modes with different numbers of subunits engaged to DNA, illustrating a plausible mechanism for the alternating steps of DNA dissociation and re-association that occur during DNA translocation.
履歴
登録2022年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27981.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.34716648 - 2.4365666
平均 (標準偏差)0.0077073774 (±0.09850513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27981_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sharpened map

ファイルemd_27981_additional_1.map
注釈sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map A

ファイルemd_27981_half_map_1.map
注釈half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map B

ファイルemd_27981_half_map_2.map
注釈half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged part...

全体名称: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities.
要素
  • 複合体: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities.
    • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein MCM
    • DNA: DNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium
  • リガンド: water

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超分子 #1: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged part...

超分子名称: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)

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分子 #1: Minichromosome maintenance protein MCM

分子名称: Minichromosome maintenance protein MCM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2
分子量理論値: 68.641961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SLEIPSKQID YRDVFIEFLT TFKGNNNQNK YIERINELVA YRKKSLIIEF SDVLSFNENL AYEIINNTKI ILPILEGALY DHILQLDPT YQRDIEKVHV RIVGIPRVIE LRKIRSTDIG KLITIDGILV KVTPVKERIY KATYKHIHPD CMQEFEWPED E EMPEVLEM ...文字列:
SLEIPSKQID YRDVFIEFLT TFKGNNNQNK YIERINELVA YRKKSLIIEF SDVLSFNENL AYEIINNTKI ILPILEGALY DHILQLDPT YQRDIEKVHV RIVGIPRVIE LRKIRSTDIG KLITIDGILV KVTPVKERIY KATYKHIHPD CMQEFEWPED E EMPEVLEM PTICPKCGKP GQFRLIPEKT KLIDWQKAVI QERPEEVPSG QLPRQLEIIL EDDLVDSARP GDRVKVTGIL DI KQDSPVK RGSRAVFDIY MKVSSIEVSG GSGGSSEEDE KKIKDLAKDP WIRDRIISSI APSIYGHWEL KEALALALFG GVP KVLEDT RIRGDIHILI IGDPGTAKSQ MLQFISRVAP RAVYTTGKGS TAAGLTAAVV REKGTGEYYL EAGALVLADG GIAV IDEID KMRDEDRVAI HEAMEQQTVS IAKAGIVAKL NARAAVIAAG NPKFGRYISE RPVSDNINLP PTILSRFDLI FILKD QPGE QDRELANYIL DVHSGKSTKN IIDIDTLRKY IAYARKYVTP KITSEAKNLI TDFFVEMRKK SSETPDSPIL ITPRQL EAL IRISEAYAKM ALKAEVTRED AERAINIMRL FLESVGVDME SGKIDID

UniProtKB: Minichromosome maintenance protein MCM

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分子 #2: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.605356 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-...

分子名称: [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: 08T
分子量理論値: 492.201 Da
Chemical component information

ChemComp-08T:
[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 78.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択詳細: Particles were merged from 3 different datasets that differ in the specific DNA present. The particles for each individual structure were selected in equivalent ways: Particles were selected ...詳細: Particles were merged from 3 different datasets that differ in the specific DNA present. The particles for each individual structure were selected in equivalent ways: Particles were selected from a subset of micrographs with cryoSPARC blob picker. 2D class averages were calculated, selected and used as templates with cryoSPARC template picker.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.31) / ソフトウェア - 詳細: Homo_Refine_New / 使用した粒子像数: 1493596
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.31) / ソフトウェア - 詳細: Homo_Refine_New
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.31) / ソフトウェア - 詳細: Hetero_Refine
詳細: Particles were merged from 3 different datasets that differ in the specific DNA present. The particles for each individual dataset were classified prior to merging. Each of the 3 sets were ...詳細: Particles were merged from 3 different datasets that differ in the specific DNA present. The particles for each individual dataset were classified prior to merging. Each of the 3 sets were classified in an equivalent fashion prior to the final merging. Two major classes of structure are observed. This entry reports the second class.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6mii


Chain - Chain ID: B / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Bond distance and angle restraints for a tetrahedral Zn2+ coordination were applied. Bond distance and angle restraints for a octahedral Mg2+ coordination were applied.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8eam:
SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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