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- EMDB-27955: PYD-106-bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in intact conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27955
タイトルPYD-106-bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in intact conformation
マップデータB-factor sharpened map
試料
  • 複合体: Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2C NMDA receptors
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2C
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: methyl 4-[(2~{R})-3-ethanoyl-1-[2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-2-yl]benzoate
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory chemical synaptic transmission / directional locomotion / Synaptic adhesion-like molecules / protein localization to postsynaptic membrane / propylene metabolic process / response to glycine / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / glutamate receptor signaling pathway / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins ...excitatory chemical synaptic transmission / directional locomotion / Synaptic adhesion-like molecules / protein localization to postsynaptic membrane / propylene metabolic process / response to glycine / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / glutamate receptor signaling pathway / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins / NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / glutamate-gated calcium ion channel activity / calcium ion transmembrane import into cytosol / protein heterotetramerization / glutamate binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / glycine binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / monoatomic cation transmembrane transport / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / regulation of neuronal synaptic plasticity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / 長期増強 / monoatomic cation transport / neuromuscular process controlling balance / ligand-gated monoatomic ion channel activity / excitatory synapse / calcium ion homeostasis / synaptic cleft / EPHB-mediated forward signaling / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / long-term synaptic potentiation / postsynaptic density membrane / regulation of synaptic plasticity / brain development / visual learning / negative regulation of protein catabolic process / terminal bouton / response to wounding / シナプス小胞 / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / RAF/MAP kinase cascade / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / calmodulin binding / neuron projection / glutamatergic synapse / シナプス / 樹状突起 / calcium ion binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Chou T-H / Furukawa H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS111745 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH085926 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structural insights into assembly and function of GluN1-2C, GluN1-2A-2C, and GluN1-2D NMDARs.
著者: Tsung-Han Chou / Hyunook Kang / Noriko Simorowski / Stephen F Traynelis / Hiro Furukawa /
要旨: Neurotransmission mediated by diverse subtypes of N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) is fundamental for basic brain functions and development as well as neuropsychiatric diseases and disorders. ...Neurotransmission mediated by diverse subtypes of N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) is fundamental for basic brain functions and development as well as neuropsychiatric diseases and disorders. NMDARs are glycine- and glutamate-gated ion channels that exist as heterotetramers composed of obligatory GluN1 and GluN2(A-D) and/or GluN3(A-B). The GluN2C and GluN2D subunits form ion channels with distinct properties and spatio-temporal expression patterns. Here, we provide the structures of the agonist-bound human GluN1-2C NMDAR in the presence and absence of the GluN2C-selective positive allosteric potentiator (PAM), PYD-106, the agonist-bound GluN1-2A-2C tri-heteromeric NMDAR, and agonist-bound GluN1-2D NMDARs by single-particle electron cryomicroscopy. Our analysis shows unique inter-subunit and domain arrangements of the GluN2C NMDARs, which contribute to functional regulation and formation of the PAM binding pocket and is distinct from GluN2D NMDARs. Our findings here provide the fundamental blueprint to study GluN2C- and GluN2D-containing NMDARs, which are uniquely involved in neuropsychiatric disorders.
履歴
登録2022年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27955.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27955.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.06
最小 - 最大-9.540671 - 16.2164
平均 (標準偏差)0.010208056 (±0.74018556)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 342.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_27955_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_27955_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2C NMDA receptors

全体名称: Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2C NMDA receptors
要素
  • 複合体: Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2C NMDA receptors
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2C
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: methyl 4-[(2~{R})-3-ethanoyl-1-[2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-2-yl]benzoate

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超分子 #1: Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2C NMDA receptors

超分子名称: Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2C NMDA receptors / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95.081688 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSTMHLLTFA LLFSCSFARA ASDPKIVNIG AVLSTRKHEQ MFREAVNQAN KRHGSWKIQL NATSVTHKPN AIQMALSVCE DLISSQVYA ILVSHPPTPN DHFTPTPVSY TAGFYRIPVL GLTTRMSIYS DKSIHLSFLR TVPPYSHQSS VWFEMMRVYS W NHIILLVS ...文字列:
MSTMHLLTFA LLFSCSFARA ASDPKIVNIG AVLSTRKHEQ MFREAVNQAN KRHGSWKIQL NATSVTHKPN AIQMALSVCE DLISSQVYA ILVSHPPTPN DHFTPTPVSY TAGFYRIPVL GLTTRMSIYS DKSIHLSFLR TVPPYSHQSS VWFEMMRVYS W NHIILLVS DDHEGRAAQK RLETLLEERE SKAEKVLQFD PGTKNVTALL MEAKELEARV IILSASEDDA ATVYRAAAML NM TGSGYVW LVGEREISGN ALRYAPDGIL GLQLINGKNE SAHISDAVGV VAQAVHELLE KENITDPPRG CVGNTNIWKT GPL FKRVLM SSKYADGVTG RVEFNEDGDR KFANYSIMNL QNRKLVQVGI YNGTHVIPND RKIIWPGGET EKPRGYQMST RLKI VTIHQ EPFVYVKPTL SDGTCKEEFT VNGDPVKKVI CTGPNDTSPG SPRHTVPQCC YGFCIDLLIK LARTMNFTYE VHLVA DGKF GTQERVNNSN KKEWNGMMGE LLSGQADMIV APLTINNERA QYIEFSKPFK YQGLTILVKK EIPRSTLDSF MQPFQS TLW LLVGLSVHVV AVMLYLLDRF SPFGRFKVNS EEEEEDALTL SSAMWFSWGV LLNSGIGEGA PRSFSARILG MVWAGFA MI IVASYTANLA AFLVLDRPEE RITGINDPRL RNPSDKFIYA TVKQSSVDIY FRRQVELSTM YRHMEKHNYE SAAEAIQA V RDNKLHAFIW DSAVLEFEAS QKCDLVTTGE LFFRSGFGIG MRKDSPWKQN VSLSILKSHE NGFMEDLDKT WVRYQECDS RSNAPATLTF ENMAGVFMLV AGGIVAGIFL IFIEIAYKRH KDANGAQ

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分子 #2: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2C

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.958406 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGTMRLFLLA VLFLFSFARA TGWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK GALVPRGEQG MTVAVVFSSS GPPQAQFRAR LTPQSFLDL PLEIQPLTVG VNTTNPSSLL TQICGLLGAA HVHGIVFEDN VDTEAVAQIL DFISSQTHVP ILSISGGSAV V LTPKEPGS ...文字列:
MGTMRLFLLA VLFLFSFARA TGWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK GALVPRGEQG MTVAVVFSSS GPPQAQFRAR LTPQSFLDL PLEIQPLTVG VNTTNPSSLL TQICGLLGAA HVHGIVFEDN VDTEAVAQIL DFISSQTHVP ILSISGGSAV V LTPKEPGS AFLQLGVSLE QQLQVLFKVL EEYDWSAFAV ITSLHPGHAL FLEGVRAVAD ASHVSWRLLD VVTLELGPGG PR ARTQRLL RQLDAPVFVA YCSREEAEVL FAEAAQAGLV GPGHVWLVPN LALGSTDAPP ATFPVGLISV VTESWRLSLR QKV RDGVAI LALGAHSYWR QHGTLPAPAG DCRVHPGPVS PAREAFYRHL LNVTWEGRDF SFSPGGYLVQ PTMVVIALNR HRLW EMVGR WEHGVLYMKY PVWPRYSASL QPVVDSRHLT VATLEERPFV IVESPDPGTG GCVPNTVPCR RQSNHTFSSG DVAPY TKLC CKGFCIDILK KLARVVKFSY DLYLVTNGKH GKRVRGVWNG MIGEVYYKRA DMAIGSLTIN EERSEIVDFS VPFVET GIS VMVARSNGTV SPSAFLEPYS PAVWVMMFVM CLTVVAITVF MFEYFSPVSY NQNLTRGKKS GGPAFTIGKS VWLLWAL VF NNSVPIENPR GTTSKIMVLV WAFFAVIFLA SYTANLAAFM IQEQYIDTVS GLSDKKFQRP QDQYPPFRFG TVPNGSTE R NIRSNYRDMH THMVKFNQRS VEDALTSLKM GKLDAFIYDA AVLNYMAGKD EGCKLVTIGS GKVFATTGYG IAMQKDSHW KRAIDLALLQ FLGDGETQKL ETVWLSGICQ NEKNEVMSSK LDIDNMAGVF YMLLVAMGLA LLVFAWEHLV YWKLRHSVPN

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #7: methyl 4-[(2~{R})-3-ethanoyl-1-[2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethy...

分子名称: methyl 4-[(2~{R})-3-ethanoyl-1-[2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-2-yl]benzoate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: IWB
分子量理論値: 432.468 Da
Chemical component information

ChemComp-IWB:
methyl 4-[(2~{R})-3-ethanoyl-1-[2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-2-yl]benzoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 57.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

21674

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.2) / 使用した粒子像数: 60635

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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