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- EMDB-27902: MicroED structure of triclinic lysozyme recorded on K3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27902
タイトルMicroED structure of triclinic lysozyme recorded on K3
マップデータ2mFo-DFc
試料
  • 複合体: Lysozyme
    • タンパク質・ペプチド: Lysozyme C
  • リガンド: NITRATE ION
  • リガンド: water
キーワードHydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Clabbers MTB / Martynowycz MW / Hattne J / Nannenga BL / Gonen T
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136508 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Electron-counting MicroED data with the K2 and K3 direct electron detectors.
著者: Max T B Clabbers / Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Brent L Nannenga / Tamir Gonen /
要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) uses electron cryo-microscopy (cryo-EM) to collect diffraction data from small crystals during continuous rotation of the sample. As a result of advances ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) uses electron cryo-microscopy (cryo-EM) to collect diffraction data from small crystals during continuous rotation of the sample. As a result of advances in hardware as well as methods development, the data quality has continuously improved over the past decade, to the point where even macromolecular structures can be determined ab initio. Detectors suitable for electron diffraction should ideally have fast readout to record data in movie mode, and high sensitivity at low exposure rates to accurately report the intensities. Direct electron detectors are commonly used in cryo-EM imaging for their sensitivity and speed, but despite their availability are generally not used in diffraction. Primary concerns with diffraction experiments are the dynamic range and coincidence loss, which will corrupt the measurement if the flux exceeds the count rate of the detector. Here, we describe instrument setup and low-exposure MicroED data collection in electron-counting mode using K2 and K3 direct electron detectors and show that the integrated intensities can be effectively used to solve structures of two macromolecules between 1.2 Å and 2.8 Å resolution. Even though a beam stop was not used with the K3 studies we did not observe damage to the camera. As these cameras are already available in many cryo-EM facilities, this provides opportunities for users who do not have access to dedicated facilities for MicroED.
履歴
登録2022年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27902.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27902.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2mFo-DFc
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.29 Å/pix.
x 175 pix.
= 51.292 Å		0.28 Å/pix.
x 172 pix.
= 48.986 Å		0.28 Å/pix.
x 218 pix.
= 59.95 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.2931 Å / Y: 0.2848 Å / Z: 0.275 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-2.2371824 - 12.134751
平均 (標準偏差)-0.0053252387 (±0.9649187)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-128-145-123
サイズ172218175
Spacing175172218
セルA: 51.2925 Å / B: 48.9856 Å / C: 59.95 Å
α: 87.851 ° / β: 108.849 ° / γ: 112.6 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lysozyme

全体名称: Lysozyme
要素
  • 複合体: Lysozyme
    • タンパク質・ペプチド: Lysozyme C
  • リガンド: NITRATE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Lysozyme

超分子名称: Lysozyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 14.4 KDa

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分子 #1: Lysozyme C

分子名称: Lysozyme C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysozyme
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 16.25766 KDa
配列文字列:
MRSLLILVLC FLPLAALGKV FGRCELAAAM KRHGLDNYRG YSLGNWVCAA KFESNFNTQA TNRNTDGSTD YGILQINSRW WCNDGRTPG SRNLCNIPCS ALLSSDITAS VNCAKKIVSD GNGMNAWVAW RNRCKGTDVQ AWIRGCRL

UniProtKB: Lysozyme C

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分子 #2: NITRATE ION

分子名称: NITRATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NO3
分子量理論値: 62.005 Da
Chemical component information

ChemComp-NO3:
NITRATE ION

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 118 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 4.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA PLUNGER
詳細Protein crystal lamellae

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 / 回折像の数: 5600 / 平均露光時間: 0.1 sec. / 平均電子線量: 0.001 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 373 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: REFMAC (ver. 5.8.0267)
Merging software listソフトウェア - 名称: AIMLESS
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 569407 / Number structure factors: 64974 / Fourier space coverage: 87.58 / R sym: 0.073 / R merge: 0.236 / Overall phase error: 30 / Overall phase residual: 0 / Phase error rejection criteria: None / High resolution: 0.87 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 0.87 Å / 殻 - Low resolution: 0.9 Å / 殻 - Number structure factors: 2783 / 殻 - Phase residual: 30 / 殻 - Fourier space coverage: 37.64 / 殻 - Multiplicity: 2.1

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 12.94 / 当てはまり具合の基準: Maximum likelihood
得られたモデル

PDB-8e54:
MicroED structure of triclinic lysozyme recorded on K3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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