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- EMDB-27891: The open state mouse TRPM8 structure in complex with the cooling ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27891
タイトルThe open state mouse TRPM8 structure in complex with the cooling agonist C3, AITC, and PI(4,5)P2
マップデータFull map, sharpened with B-factor -20
試料
  • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 3-isothiocyanatoprop-1-ene
  • リガンド: nonyl(oxo)di(propan-2-yl)-lambda~5~-phosphane
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated calcium channel activity / TRP channels / thermoception / response to temperature stimulus / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / monoatomic ion channel activity ...ligand-gated calcium channel activity / TRP channels / thermoception / response to temperature stimulus / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / monoatomic ion channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / membrane raft / external side of plasma membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Yin Y / Zhang F / Feng S / Butay KJ / Borgnia MJ / Im W / Lee S-Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01EY031698 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R35NS097241 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Activation mechanism of the mouse cold-sensing TRPM8 channel by cooling agonist and PIP.
著者: Ying Yin / Feng Zhang / Shasha Feng / Kevin John Butay / Mario J Borgnia / Wonpil Im / Seok-Yong Lee /
要旨: The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel is the primary molecular transducer responsible for the cool sensation elicited by menthol and cold in mammals. TRPM8 activation is ...The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel is the primary molecular transducer responsible for the cool sensation elicited by menthol and cold in mammals. TRPM8 activation is controlled by cooling compounds together with the membrane lipid phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP). Our knowledge of cold sensation and the therapeutic potential of TRPM8 for neuroinflammatory diseases and pain will be enhanced by understanding the structural basis of cooling agonist- and PIP-dependent TRPM8 activation. We present cryo-electron microscopy structures of mouse TRPM8 in closed, intermediate, and open states along the ligand- and PIP-dependent gating pathway. Our results uncover two discrete agonist sites, state-dependent rearrangements in the gate positions, and a disordered-to-ordered transition of the gate-forming S6-elucidating the molecular basis of chemically induced cool sensation in mammals.
履歴
登録2022年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2022年10月26日-
現状2022年10月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27891.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map, sharpened with B-factor -20
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.46558595 - 0.9949603
平均 (標準偏差)0.0036976277 (±0.044354476)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27891_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_27891_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Transmembrane channel domain focus refinement, unsharpened

ファイルemd_27891_additional_1.map
注釈Transmembrane channel domain focus refinement, unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Transmembrane channel domain focus refinement, sharpened with B-factor...

ファイルemd_27891_additional_2.map
注釈Transmembrane channel domain focus refinement, sharpened with B-factor -20
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_27891_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_27891_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

全体名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
要素
  • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 3-isothiocyanatoprop-1-ene
  • リガンド: nonyl(oxo)di(propan-2-yl)-lambda~5~-phosphane
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate

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超分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

超分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 131.548312 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASFEGARLS MRSRRNGTMG STRTLYSSVS RSTDVSYSDS DLVNFIQANF KKRECVFFTR DSKAMENICK CGYAQSQHIE GTQINQNEK WNYKKHTKEF PTDAFGDIQF ETLGKKGKYL RLSCDTDSET LYELLTQHWH LKTPNLVISV TGGAKNFALK P RMRKIFSR ...文字列:
MASFEGARLS MRSRRNGTMG STRTLYSSVS RSTDVSYSDS DLVNFIQANF KKRECVFFTR DSKAMENICK CGYAQSQHIE GTQINQNEK WNYKKHTKEF PTDAFGDIQF ETLGKKGKYL RLSCDTDSET LYELLTQHWH LKTPNLVISV TGGAKNFALK P RMRKIFSR LIYIAQSKGA WILTGGTHYG LMKYIGEVVR DNTISRNSEE NIVAIGIAAW GMVSNRDTLI RSCDDEGHFS AQ YIMDDFT RDPLYILDNN HTHLLLVDNG CHGHPTVEAK LRNQLEKYIS ERTSQDSNYG GKIPIVCFAQ GGGRETLKAI NTS VKSKIP CVVVEGSGQI ADVIASLVEV EDVLTSSMVK EKLVRFLPRT VSRLPEEEIE SWIKWLKEIL ESSHLLTVIK MEEA GDEIV SNAISYALYK AFSTNEQDKD NWNGQLKLLL EWNQLDLASD EIFTNDRRWE SADLQEVMFT ALIKDRPKFV RLFLE NGLN LQKFLTNEVL TELFSTHFST LVYRNLQIAK NSYNDALLTF VWKLVANFRR SFWKEDRSSR EDLDVELHDA SLTTRH PLQ ALFIWAILQN KKELSKVIWE QTKGCTLAAL GASKLLKTLA KVKNDINAAG ESEELANEYE TRAVELFTEC YSNDEDL AE QLLVYSCEAW GGSNCLELAV EATDQHFIAQ PGVQNFLSKQ WYGEISRDTK NWKIILCLFI IPLVGCGLVS FRKKPIDK H KKLLWYYVAF FTSPFVVFSW NVVFYIAFLL LFAYVLLMDF HSVPHTPELI LYALVFVLFC DEVRQWYMNG VNYFTDLWN VMDTLGLFYF IAGIVFRLHS SNKSSLYSGR VIFCLDYIIF TLRLIHIFTV SRNLGPKIIM LQRMLIDVFF FLFLFAVWMV AFGVARQGI LRQNEQRWRW IFRSVIYEPY LAMFGQVPSD VDSTTYDFSH CTFSGNESKP LCVELDEHNL PRFPEWITIP L VCIYMLST NILLVNLLVA MFGYTVGIVQ ENNDQVWKFQ RYFLVQEYCN RLNIPFPFVV FAYFYMVVKK CFKCCCKEKN ME SNACCFR NEDNETLAWE GVMKENYLVK INTKANDNSE EMRHRFRQLD SKLNDLKSLL KEIANNIKSN SLEVLFQGPD YKD DDDKAH HHHHHHHHH

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: 3-isothiocyanatoprop-1-ene

分子名称: 3-isothiocyanatoprop-1-ene / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: UL9
分子量理論値: 99.154 Da
Chemical component information

ChemComp-UL9:
3-isothiocyanatoprop-1-ene / アリルイソチオシアナ-ト

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分子 #4: nonyl(oxo)di(propan-2-yl)-lambda~5~-phosphane

分子名称: nonyl(oxo)di(propan-2-yl)-lambda~5~-phosphane / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ULO
分子量理論値: 260.396 Da
Chemical component information

ChemComp-ULO:
nonyl(oxo)di(propan-2-yl)-lambda~5~-phosphane

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分子 #5: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

分子名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: PIO
分子量理論値: 746.566 Da
Chemical component information

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13218 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3486822
CTF補正ソフトウェア: (名称: Gctf, RELION)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

7127


詳細: The EM map for the previously reported apo TRPM8 structure (EMD-7127) was low-pass filtered to 30-Angstrom and used as an initial model without a reference mask.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 28002
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6nr3

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8e4l:
The open state mouse TRPM8 structure in complex with the cooling agonist C3, AITC, and PI(4,5)P2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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